Le Major Motoko, tout comme la ville de New Shinjuku, est ressortie des ruines des guerres cinétiques et cybernétiques, renaissant grâce à la fusion symbiotique de la chair et de la cybernétique. Après s'être réveillée perdue et désorientée, elle recharge sa mémoire depuis le Réseau et retrouve sa place en tant que chef de la Force d'Intervention Cybernétique. Mais qui ou quoi est cette entité mystérieuse qui prend le contrôle du Réseau et des allégeances des citoyens ? Est-ce une IA super intelligente ? Motoko et la force d'intervention perdront-elles également leurs âmes au profit de l'entité cybernétique mystérieuse, le Prophète Platine, si ils échouent dans leur mission de sauver New Shinjuku ?