I uppföljaren till Batman Ninja har Batman-familjen återvänt till nutiden för att upptäcka att Japan har försvunnit och att den gigantiska ön Hinomoto nu svävar över Gotham City. Högst upp sitter Yakuza, en grupp individer med superkrafter som regerar utan heder eller samvete och som är misstänkt lika Justice League. Nu är det upp till Batman och hans allierade att rädda Gotham!