En el año 2029, el mundo está interconectado por una amplia red electrónica que impregna todos los aspectos de la vida. Esa misma red es un campo de batalla para el Sector 9 de las autoridades de Tokyo, cuya tarea es atrapar al pirata informático conocido como el Marionetista. A la cabeza de la investigación está la comandante Motoko Kusanagi, una agente cíborg como tantos otros en su departamento, muchísimo más poderosa de lo que su apariencia humana sugiere. A medida que el Marionetista, capaz incluso de piratear mentes humanas, deja un rastro de víctimas robadas de sus recuerdos, Motoko comienza a reflexionar sobre la naturaleza de su existencia: ¿es una creación puramente artificial o hay algo más? ¿Qué es exactamente el "espíritu", su esencia, que alberga en el interior de su "cascarón" cibernético?