Vi befinner oss tidlig på 1600-tallet i føydaltidens Japan, og en mann til hest kjemper mot en gruppe samuraier for så å bli tatt til fange. Rundt 400 år senere kommer journalisten April O’Neil hjem fra loppemarkedet med gaver til skilpaddevennene sine – mest helt enkle ting, men mentor Splinter får et gammelt japansk septer. Septeret viser seg å ha magiske krefter, og plutselig befinner våre helter seg i samuraienes Japan, der de havner midt i en krig mellom rivaliserende lensherrer.