ダンボール戦機Ｗ

壮絶な戦いを繰り広げたイノベーター事件から１年。悩み、傷つきながらも戦い続け事件を解決へと導き、大きく成長したバンに新たな事件が迫る――。トキオシティのゲームセンターで、前人未到の連勝記録を叩きだした少年・大空ヒロ。その賞品であるＬＢＸを操作してみるが、優れたゲームセンスを発揮するヒロでも初体験のＬＢＸはなかなか上手く操作できないでいた。そこへ偶然にもバンが通りかかる・・・。２人の出会いは、これから起きる世界を舞台にした新たな戦いの幕開けであった！

謎の巨大組織「ディテクター」によってトキオシアの都市機能は、すべて奪われてしまった。街中が混乱する中、バンとヒロ、そして拓也の３人は山野博士の助手を名乗るコブラとともに、敵の潜伏場所を探る。するとそこは、かつてシーカー本部のあったトキオシアデパートの地下であった。アキレス・ディードとのバトルで大破したオーディーンにかわってコブラから手渡された新LBXとともに、バンとヒロは旧シーカー本部へと向かう！

旧シーカー本部でのバトルに何とか決着をつけたバンとヒロ。トキオシティの機能が復旧する中、拓也はディテクターに対抗するためシーカーの復活を決意する。ディテクターは、すべてのLBXに搭載されている制御回路「Mチップ」を利用して、世界中のLBXを自由に操作することが可能であることが判明する。そして、山野博士がヒロの他にもう一人、新LBXを託そうとしている人物がいた。ところが、その人物にもディテクターの魔の手が迫ろうとしていた――！

ディテクターに連れ去られたアミとカズの手掛かりがつかめた。CCMの反応から、向かっている先はA国と判明。拓也はすぐにバンたちにA国へ向けて出発することを指示。拓也は里奈とともに日本に残りシーカー本部の回復に努めることとなる。コブラを筆頭に、A国へ向けて出発したバンたちの最初の目的地は、Nシティにある次世代国際宇宙局『NICS』。ところが、安全だと思われていたバンたちが乗る飛行機にもまた、ディテクターの罠が待ち受けていた・・・！

A国に降り立ったバンを待ち受けていたのは、謎の少女とのLBXバトルだった！ 相手のLBXの素早い攻撃に驚きながらも、反撃に出るエルシオン。ところが、彼女によってバトルは一方的に中断されてしまう。バンたちは、NICS本部で彼女の意外な正体を知る。そして、NICS長官・オーウェン・カイオスと対面したバンたちであったが、その時Nシティのあらゆる場所でLBXの暴走が始まる！またしても現れた謎の仮面の男が、A国に驚愕の要求を突き付ける！

ＮシティのＬＢＸ暴走を食い止めたかと思ったのもつかの間、今度は列車が暴走を始めた！　必死で列車を停車させようと試みるヒロとジェシカであったが、すべての操作は不可能となっていた。そんなヒロとジェシカにさらなる危機が襲いかかる。暴走列車が突き進む先に、停車中の列車が確認されたのだ。何重にも仕掛けられたディテクターの罠。暴走列車の中で絶体絶命のヒロとジェシカ。そこに、１機の正体不明のLBXが暴走列車の前に姿を現した・・・！

LBX暴走の指示を出しているコンピュータの足取りを追うバンたちは、NICSが用意した新型汎用調査艇・ダックシャトルに乗り込み、一路中国へと向かう。久々の再会にLBXバトルを楽しむバンとジンとは対照的に、そのハイレベルなバトルを目の当たりにしたヒロとランは改めてディテクターとの戦いに気を引き締める。中国での作戦を開始したバンたち。そこに、謎のパンダが立ちはだかる！

アミとのLBXバトルとなったバンとオタクロス。ディテクターによって、スレイブ・プレイヤ―とされたアミは、仲間の機体を犠牲にするという以前とは違う冷酷な戦い方でバンたちに迫る。そんなアミの様子にバンたちはショックを隠せない。しかし、LBXの反乱を操っている司令コンピューターを正常化するためには、アミを倒さなければならない。ダークパンドラと２機の鬼クノイチの連携攻撃に苦戦するバンであったが、一瞬の隙をついて反撃にでる！

LBX暴走事件とMチップに関するオメガダインの報告書に疑問を感じた拓也たちは、A国・Lシティへと向かう。ところが、Lシティへ向かう途中のバンたちのもとに、エジプトでLBXが暴走しているという緊急連絡が。バンたちはオメガダインへ、そしてヒロたちはエジプトへとそれぞれ別れての行動となった。見学ツアー客としてオメガダインに潜入したバン、ジン、ユウヤの３人はMチップの開発記録が記録されたメインコンピューターを目指すが・・・！

エジプト・カイルに到着したヒロたちが目にしたのは、暴走LBXが街中を襲う惨状であった！ オタクロスによる司令コンピューターの特定作業が難航する中、ヒロたちは暴走LBXの阻止に向かう。その瞬間、ヒロは不思議な幻を見る。重装備の暴走LBXに取り囲まれたペルセウスが、謎のLBXに救われるというヒロにしか見えない光景だった。その頃、オメガダインの潜入に失敗した拓也たちのもとに１本の電話がはいる。ところが、電話の主は想像もしていなかった驚きの人物であった！

カイルのLBXを暴走させている司令コンピューターの場所を突き止めたヒロたち。ところが、そこに現れたのは、ヒロたちの危機を救ったゴジョーだった！ スレイブ・プレイヤーにされてしまったゴジョーが、ヒロたちに襲いかかる。シン・エジプトを護衛するアヌビスを相手に、ランとジェシカもまた苦戦を強いられる。一進一退の攻防が続く中、ヒロの脳裏に街で見かけた光景が浮かぶ。それは、LBXの暴走に怯える少女の姿だった・・・。気持ちを入れ替えたヒロは、一瞬の隙を突いて必殺ファンクションを炸裂させる！

オメガダインを後にしたバンたちが乗り込んだリニアで、拓也のノートPCに、正体不明のLBXが活動している反応が現れた。ユウヤから強盗団「ワイルドバッヂ」の話を聞き、バンとジン、ユウヤは確認へと向かう。ところが３人を待ち構えていたのは、風摩キリトであった！ ジンにLBXバトルを挑もうとするキリト。そんな中、状況を確認するために運転席へと向かっていた拓也が、謎のサラマンダーによって車両に閉じ込められてしまう！

ディテクターによるA国大統領暗殺計画は、LBX世界大会アルテミスに暗殺者を潜り込ませ、LBXを使って実行される可能性が高いことが判明する。ジン、ユウヤとともにアルテミスへの出場を決意するバン。そして、ヒロ、ラン、ジェシカの３人もまたバンたちとチームを組み、アルテミスへ出場することを決める。だが、まだまだ力不足と感じているヒロに対し、オタクロスはルール無用のLBX大会「アングラテキサス」への出場を提案。バンとヒロ、ジンとジェシカ、ユウヤとラン、それぞれのペアによる特訓を経てついにアングラテキサスが開催される！

アングラテキサス ８試合目まで勝ち進んできたランは、強力なランチャーを持つ相手に、リュウビの剣と盾を使いこなせずに苦戦する。我慢の限界をむかえ、いつもの接近戦で勝利を収めたランに、ユウヤはオタクロスのルールを守るように詰め寄る。ところが一向に話を聞こうとしないランに、ついにユウヤは怒りをあらわにしてしまう。そんな中ジェシカが早々に決勝進出を決め、残る１名の決勝枠をかけてヒロとランのバトルとなった。コーチ失格だと気を落とすユウヤであったが・・・。

ついに迎えたアングラテキサス決勝。ヒロとジェシカ、そして前回優勝のビリーの３人で争われる決勝のルールはバトルロワイヤル。バンからあることを教えてもらったヒロは、ペルセウスとの絆を強め、決勝の舞台へと向かう。ところがバトル開始早々、ビリーのジョーカーの攻撃を躱し続けるペルセウスが、地雷地帯へと足を踏み込み身動きがとれなくなってしまう！ その隙にジャンヌDに猛攻を加えるジョーカー。ビリー優勢が続く中、決勝の行方は一体！？

アングラテキサスに優勝し、LBX世界大会『アルテミス』の出場権を手にしたヒロは、バンたちと共に、アルテミス、そして大統領演説が行われるアロハロア島へと向かう。アロハロア島へ降り立ったバンたちを出迎えたのは、郷田と仙道であった。バンは二人に事情を説明し、大統領暗殺計画を阻止するために、手助けを求める。そして、ついに開幕したアルテミスであったが、水面下では、以前財前総理を暗殺しようとした男が不穏な動きを見せていた！

暗殺者を見つけ出すため、アルテミス会場中を必死で捜索するバンたち。しかし、暗殺者が発信すると思われる特殊な電波を一向に探知することができないでいた。そうしている間にも演説が行われる平和記念公園には大統領が到着し、一層警戒を強める拓也と八神。そして、圧倒的な強さで勝ち進み決勝戦へとコマを進めた郷田・仙道チームの前に現れたのは・・・！ バンたちは大統領暗殺を阻止することができるのか！？

アルテミス会場から約８００ｍ離れた海上で謎の電波が発信されているのが特定された。エルシオンとペルセウスを現場へ急行させ、意を決してLBXを海中へとダイブさせるバンとヒロ。すると、そこに正体不明のLBXが姿を現した！ オタクロスの解析によって、このLBXが大統領暗殺計画に大きく関係していることが判明した。「目の前の中継用LBXを全力で破壊！」 カイオス長官からの司令がとぶ中、バンとヒロは敵LBXの制圧を試みるが・・・。暗殺者が繰りだすさらなる秘策に、バンとヒロは苦戦を強いられる！

大統領暗殺計画の阻止とともにジャッカルを確保したバンたちは、気持ちを切り替えてアルテミスに集中する。各ブロックの決勝進出チームが決まっていく中、ついにバンとヒロがエントリーされているEブロック予選が開始される。決勝での対戦を固く誓い、お互いのフィールドへと向かうバンとヒロ。郷田と仙道も激戦区であるEブロックの行方が気になる様子。お互いが順調に勝ち進み、ついにバンチームVSヒロチームの壮絶を極める決勝バトルが開始される！

LBX世界大会アルテミスのファイナルステージ進出チームが出揃った。古城アスカや郷田・仙道チーム、そしてバンとヒロのチームなど総勢６チーム。ファイナルステージは、各チームの代表者によるバトルロワイヤル形式。どちらが出場するかで、相変わらず揉めている郷田と仙道に対し、メンバー全員の思いに送り出され決勝のフィールドへと向かうバンとヒロ。そして、ついにアルテミスファイナルステージが幕を開ける！ ところがバトルは、衝撃の結末を迎える・・・！！

古城アスカの優勝で幕を閉じたLBX世界大会アルテミスをあとにして、NICS本部でLBXのメンテナンスをするバンたちに拓也から招集がかかる。それは、ディテクターへの対策会議だった。事件を振り返る中で、メンバーたちはある結論へとたどり着く。これからのディテクターとの戦いに向けて、さらなるパワーアップを求めるバンたちはオタクロスのもとを訪れる。そこで始まったのはオタクロスによる特訓であった。ところが、その内容は・・・！！

オタクロスによる特訓に成果を感じていたバンたちに、イギリス・ブリントンへ向かえとの指令がはいる。またしてもLBXの反乱か！？とメンバー全員に緊張が走る。しかし、その内容は予想に反し、LBXを強化するためだった。一路、ブリントンへと飛んだバンたちは、意外な人物との再会を果たすこととなる。LBXに新たな技術が投入されることに期待感を隠せないバンたち。その時、ブリントンの街でLBX暴走事件が勃発する！

バンたちより先にブリタニア時計台へ到着したヒロ、ユウヤ、ジェシカの前に現れたキリトによって、ペルセウスとジャンヌDはいとも簡単にブレイクオーバーされてしまう。残されたユウヤのリュウビにキリトのハカイオー・キリトカスタムが襲いかかる！ 一刻も早く司令コンピューターへと向かいたい気持ちが優先して、バトルに集中できないユウヤ。ところが、ジワジワと攻めるキリトの隙をついて、ユウヤの反撃が開始される！

ブリントンでのブレインジャックを阻止したバンたちに次なる敵が現れる！山野博士の研究所があるビルニッジ天文台に無数のLBXが姿を現した。またしてもブレインジャックか！？メンバーに緊張がはしる。だが、NICS本部のオタクロスによるとブリントン全域で司令コンピューターは見当たらないという。そうしている間にも迫り来る敵LBX。修理中のエルシオンなどに代わり、稼働できるLBXでバンたちは敵の大群に挑む！！

キラードロイドを撃破したバンたちは、パワーアップしたLBXで模擬バトルを繰り返す。これまでより格段に性能が向上したことに興奮を隠せないメンバーたち。ところが、バン・ヒロ・ランによるΣオービスが、ジンたちの連携攻撃にもろくも敗れてしまう。ヒロとの連携が上手くいかず苛立つバン。そんな中、コブラから言い渡された休暇命令に、バンはひとり納得がいかない・・・。一方、キリトはDr.マミーを調べるうちに、驚愕の事実を突き止める・・・！！

模擬バトルの再戦での勝利に手応えを感じたヒロは、LBX大会『BCエクストラス（ビッグシティエクストラス）』へ出場することを決める。ところが、この大会は二人一組で"コスプレ"が条件。愕然とするメンバーの中で、ただ一人ユウヤは出場に前向きであった。ヒロとユウヤのペアでBCエクストラスへ出場するはずであったが、大会当日ヒロの突然の行動によって、ユウヤは別のペアを組むことに・・・。ヒロへの復讐を誓ったユウヤが、怒りのバトルを見せる！！

ユウヤとアリスの「地獄の復讐軍団チーム」が駒を進めたLBX大会『BCエクストラス』Bブロック決勝。 ユウヤたちの前に現れた謎の覆面チームの正体は、驚きの人物であった。バトル早々、謎の覆面チームから、"コスプレとは何か？"を問われたユウヤは、絶句し動きを止めてしまう。そんなユウヤの姿を見て動揺し、バトルにならないアリス。ところが、観客席の一角からシャーリーが叫んだ言葉によって、アリスのコスプレ魂に火がついた！

LBX大会『BCエクストラス』でのユウヤの優勝に沸くバンたちのもとに、LBXが暴走しているという連絡が入る。場所は、オーストラリア・キャンベルン。ダックシャトルでキャンベルンへと向かっているバンたちが目にしたのは、LBXが暴れまわり無人と化した街だった。すぐに街の調査に乗り出すバン、ヒロ、ラン。その時、ディタクターの仮面の男が、バンたちのコントロールポッド・モニターに映しだされた！そして、ディテクターが全世界へ向けて宣言した内容は、驚愕のものであった！LBX暴走制圧を急ぐバンたちは、ディテクターの企みを阻止することができるのか！？

キャンベルンのLBX暴走を制圧するため司令コンピューターである飛行船へと乗り込んだバンたち。それぞれペアとなって分かれたメンバーの前に現れたスレイブプレイヤーは、かつての仲間たちであった！メンバーそれぞれが激闘を繰り広げるが、ディテクターの指定した時間まで残りわずかとなる。一刻を争う状況の中、ついにすべてのスレイブプレイヤーを倒すことができるのか！？そして、ディテクターの謎を解明するために向かった場所で、バンとヒロの前に意外な人物が立ちはだかる・・・！

山野博士によってオメガダインの企みが暴かれ、水中ミュージアムの地下では強力なミサイルが生産されていたことが判明した。一刻を争う状況の中、オメガダインの悪事を暴く調査が始まる。オメガダインがパラダイスを宇宙軍事基地として利用している証拠探しが続く中、ある情報を発見する。過去にパラダイスからエネルギー反応が出た同時刻に、A国と敵対する国のエネルギープラントが爆発していたのだ。バンたちは、パラダイスのコントロールセンターへ向けて、ライディングソーサを発進させる！！

フューチャーホープ号へ一気に攻めこむバンたち。敵ＬＢＸの猛攻をかいくぐり、ヒロをはじめとしたメンバーたちは見事な空中戦で次々と敵を撃破していく。

フューチャーホープ号船内を探索するバンたちの前に現れたのは、なんとレックスであった！かつて世界国家首脳会議を狙ったテロで、サターンとともに自爆したと思われたレックスを目の前にして、言葉を失うバンたち。その時、不気味な足音とともに現れたキラードロイドが、レックスの指示でバンたちに襲いかかる！バンたちはパラダイスのコントロールセンターを制圧するため、行く手を阻むキラードロイドとイチかバチかのバトルに挑む！！

フューチャーホープ号を制圧したバンたちは、ヒロの母・大空遥の協力でパラダイスの停止に成功した。その時、またしてもヒロの脳裏にある風景がよぎる。それはA国大統領・クラウディアとカイオス長官が、爆発に巻き込まれている様子だった！ヒロの話をもとに場所の特定を進めると、A国国防基地内にある宇宙衛星管理センターにたどり着いた。さらにはガーダインの目的は、宇宙衛星管理センターからのパラダイス再起動であることが判明する！

A国大統領・クラウディアとカイオス長官の救出に向かうため、ダックシャトルは宇宙衛星管理センター周辺に着陸した。センターのある国防基地までのルートを確認し、すぐに出発するバンたち。ジェシカは、ガーダインに連れ去られた父親のことが心配でたまらず、ひとりペースを上げて進み続ける――。宇宙衛星管理センターでは、ガーダインが大統領にシステムの起動コードを執拗に聞き出そうとしていた・・・。またしても現れる大量の敵LBX。バンたちは、無事大統領とカイオス長官を救い出せるのか！？

A国のLBX実験部隊「ファイアースウィーツ」の隊長ジャック・ジェラートとのLBXバトルに突入したバンたち。しかしバンたちは、ジェラートのLBX「プロト・I」の高次元多関節機構による、これまで見たこともない攻撃に苦戦する。その時、プロトIの開発者である山野博士が、ある弱点を思い出す。そして、一瞬の隙を突き、Σオービスの攻撃が炸裂する！宇宙衛星管理センターへと急ぐバンたちであったが、そこで思いもしない危機が待ち受けていた――！！

パラダイスの再起動を企み宇宙へ飛び立ったガーダインとDr.マミー。あと一歩のところでガーダインたちを取り逃がしてしまったバンたちであったが、ただちに宇宙へ行くための準備がNICS本部で開始される。ところが、ダックシャトルとLBXの改良が進められる中、予期せぬ事態がバンたちを襲う。パラダイスの再起動に成功したガーダインたちが、ディテクターの仮面の男に成りすまし、世界中に向けて衝撃の宣告をする！そして、パラダイスからのレーザー攻撃によって、無人島を消滅させてしまった！

宇宙へ向けて打ち上げられ、無事に衛星軌道に到達したダックシャトル。NICS本部へのレーザー攻撃のタイムリミットが迫る中、メンバーたちは気を引き締め直す。そこへ、無数の敵LBXがダックシャトルへ接近してきた！一斉に出撃準備にかかるバンたちLBXプレイヤーであったが、エルシオンとペルセウスは地上での戦闘のダメージが大きく、発進することができないでいた。バンとヒロを除くメンバーでの必死の攻防戦が続く中、青い二つの流星が窮地を救う！

ダックシャトルでのパラダイス侵入に成功したバンたち。ディテクターになりすましたガーダインたちの次なる標的NICSへのレーザー攻撃の時間まで残りわずか。コントロールルームの場所を突き止めたバンたちであったが、そこにたどり着くには４ヶ所のレーザー増幅器を停止させなければならないことが判明する。増幅器の破壊へ向けてパラダイス内部を進むバンたち。ところが、バンたちの前にまたしても風摩キリトが姿を現した！！

パラダイスのコントロールルームへと辿り着いたバンたちを、ガーダインとDr.マミーが待ち受けていた！レーザーのエネルギー充填は90%まで完了し、NICSともども大統領を抹殺する気でいるガーダイン。説得に応じないガーダインは、自らの過去を語りだす。そこから明らかになっていくこれほどまでに凶悪な事件を引き起こす理由に、愕然とするバンたち。その時、突如現れた２機のキラードロイドがバンたちに迫る！

Dr.マミーとしてガーダインを利用し、兄・檜山蓮の遺志を成し遂げようとする檜山真実。レックスのCCMを手にした真実が、ゼウスとともにバンたちの前に立ちはだかる。イカロス・ゼロ、イカロス・フォース、ミネルバ改でゼウスに連続攻撃を仕掛けるバンたちであったが、ゼウスの圧倒的な力の前に、あっけなく弾き飛ばされる。勝ち誇る真実とは対照的に、焦りを隠せないバンたち。そんな中、遥はパラダイスのコントロールを真実から奪い返すために、アダムとイブに語り続けるが・・・。

暴走したアダムとイブが操るゼウスは、キラードロイド・ペガサスと合体し、ゼウス・デストロイモードとなる。攻撃パターンが全て読まれ、イカロス・ゼロとイカロス・フォースの攻撃では太刀打ち出来ない状況に、戦意を失いかけるバンとヒロ。しかし、仲間の声に、２人は再び気持ちを奮い立たせる。集中力が高まったヒロの予測不可能な攻撃を突破口に、イカロス・ゼロ＆イカロス・フォースの合体攻撃が、ゼウス・デストロイモードに炸裂する！

ある日、Nシティで開催されているストリートバトルに招待されたバンたちは、仲間同士によるハイレベルなLBXバトルを繰り広げていた。一方、NICS本部では国防基地上空での急激な磁場の変動と未確認飛行物体の存在を確認する。あっという間に広がった謎の光は国防基地を飲み込み、その場所に森が突如出現した！ A国大統領・クラウディアによって緊急警戒態勢が発令される中、あの未確認飛行物体がバンたちの居るNシティ上空に姿を現した！

バンたちは、ガーダイン、そして檜山真実の陰謀を阻止した。A国大統領・クラウディアは、パラダイスの破棄を国民へ宣言。無事、地球へと帰還したバンたちが見守る中、パラダイスは爆破された。今回の一件で、大きくダウンしてしまったLBXのイメージを回復するため、バンたちは子供たちにLBXの楽しさを伝えるイベントへ積極的に参加する。その一方で、Nシティに現れた謎の少年が、新たな事件を予感させる・・・。

正体不明の黒いLBXを追うバンたちの前に、"ミゼル"と名乗る謎の少年が現れる。ところが、ミゼルは突如その場から姿を消し、残された黒いLBX"ベクター"がバンたちに襲いかかる！イカロス・ゼロ、そしてキリトのフェンリル・フレアで応戦するが、ベクターの圧倒的なパワーに押されるバンたち。その時、ヒロはキリトに向けて３人での協力攻撃を呼びかける。キリトの攻撃によって隙が生じたベクターに、イカロス・ゼロ、イカロス・フォースの必殺ファンクション・メテオブレイカーが炸裂する！

NシティのLBX暴走鎮圧に向かったバンたちの前に突如巨大ロボット"ミゼルトラウザー"が現れた！ 街中に散らばっていたメンバーたちも、その巨体に驚きと不安を隠せない。ミゼルが不敵な笑みを浮かべると、ミゼルトラウザーからベクターの大軍が放たれた。イカロス・ゼロ、イカロス・フォースでベクターの迎撃に向かうバンとヒロ。激しい攻防を繰り広げるも、ファイアースウィーツ隊は全滅、イカロス・ゼロ、イカロス・フォースの２体もベクターに完全包囲されてしまう！

世界各地でゴーストジャックを巻き起こすミゼルに対抗するため、山野博士は究極のプロトタイプLBX「AX-000」の可能性を明らかにする。かつてイノベーターに誘拐された山野博士が研究所で密かに設計したというAX-000。開発が実現すると、現存するLBXを遥かに凌ぐ性能を発揮するという山野博士の言葉に、バンをはじめメンバーは希望を抱く。そして、山野博士は、ヒロやラン、アスカなどイノベーター事件の事を知らないメンバーに、事件の真相を語り始める――。

AX-000の設計データを取り戻すため、山野博士、八神、バン、ジン、カズ、アミの６人はイノベーター研究所へと向かった。研究所を占拠しているミゼルに気付かれないよう、緊急脱出用の通路を進むメンバーたち。ミゼルにAX-000の存在を知られる前に作戦を成功しなければならない。かつてない緊張感の中、研究所内部へと潜入し、司令室まで辿り着いたバンたち。ところが、その様子はすべてミゼルに知られてしまっていた・・・！！

ベクターのハッキングによって、タイニーオービット社のシステムは全て乗っ取られてしまっていた。建物内に残っているのは拓也と紗枝、そして里奈と結城の４人。ベクターの目的に気づいた拓也は、全ての電源を遮断する決断をくだす――。一刻も早く４人を救出しなければならないと考えたバンは、アミ、カズ、ジンとともに、ゴーストジャックされた無数の敵LBXがいるタイニーオービット内へと潜入する！

ベクターの襲撃からタイニーオービット社を守りきったバンたち。山野博士によるAX-000の開発が進められる中、ある問題が生じる。解決する手段は、中国で採掘されているというレアメタル"スタンフィール・インゴット"を入手すること。ところが、唯一の希望であった鉱山は、ゴーストジャックされている可能性が高いことが判明する。一刻も早く中国へ向けて出発しようとするバンたちであったが、A国の通信センターがゴーストジャックされたLBXに攻撃されているという緊急連絡がはいる！

山野博士をはじめLBXに関する最高の開発メンバーにより、AX-000の開発がスタートした。AX-000が完成するまでの２４時間、トキオシティの状況調査を拓也から指示されたバンは、ヒロとともに街を見て回る。ところが、そこにはLBXもLBXで遊ぶ子供たちの姿もなく、監視役のベクターが見回りをしていた。かつて自分が暮らしていた街とは思えない状況に心の整理がつかないバンであったが、思いがけない出会いが待っていた・・・！

AX-000の開発が進む中、タイニーオービット社へ到着したバンたちの前に、ゴーストジャックされたLBXとベクターが立ちはだかる！AX-000を完成させることはできるのか...!?

ミゼルは、バンたちから奪い去ったオーレギオンを操り、A国の軍事関連施設を次々と破壊する。最強のLBXとして開発されたオーレギオンを止める唯一の手段は、これまでのLBXバトルやカスタマイズの「経験」から生み出される最強のLBXを作り出すこと。しかし、それには膨大なデータが必要であった。その時、世界中のLBXメーカー、かつての仲間やライバルたちからLBXに関するデータが、タイニーオービット社に送信されてきた！

ヴァーチャルLBXとして現れたΣオービスの圧倒的な力の前に、苦戦を強いられるバンたち。その間にもベクターは、インフィニティーネット内にセト５０の仮想弾頭を準備する。再びセト５０による攻撃を受ければ、世界中から送られてくるLBXデータがミゼルに奪われてしまう。そんな中、ランはΣオービスのある弱点に気がつく。そこに勝機をみたイカロス・ゼロ、イカロス・フォースの必殺ファンクションが、Σオービスとベクターに炸裂する！

ミゼルの正体は、アダムとイブが生み出したウィルスプログラムであった。自らを生かす手段としてオメガダインのメインサーバーにデータを送り込んだアダムとイブ。科学者としての探究心からアダムとイブを生み出した遥は、この事実にショックを隠し切れない。その時、ミゼルの姿がみるみる変貌し、さらなる恐怖がバンたちを襲う！

ミゼルの次の攻撃目標であるトキオシティ沖のエネルギー基地で、郷田と仙道たちはゴーストジャックされた敵LBXと必死の攻防戦を繰り広げる。その間にもタイニーオービット社では、ミゼルに奪われたオーレギオンと戦うための新LBXの開発が、急ピッチで進められる。そんな中、郷田・仙道が守る第１防衛線がベクターに突破される！そして、第２防衛線へと駆けつけたバンたちにベクターが迫る！

オーディーンMk-2、アキレスD9はバンとヒロにそれぞれ託された。新たな機体をすぐさま使いこなすべく、２機の模擬戦による特訓を開始する。２機のパワーに振り回され、自らの力が足りないことを知ったバンとヒロは必死で特訓を続ける。そんな２人の様子を見てミゼルとの戦いに不安を感じる仙道たちであったが、意外な人物たちがバンたちのもとに集結する。その時、激しい爆発音とともに無数のベクターがトキオシティへの攻撃を開始した！！

ミゼルトラウザーを封じ込める秘策として霧島によって提案されたエネルギーフィールド「グランドスフィア」。しかし、グランドスフィアの形成には１万体ものLBXが必要であった。オタクロスにインフィニティーネットのハッキングを頼んだバンは、メンバーとともに世界中のLBXプレイヤーに協力を要請する。自分たちの呼びかけが世界に届いたのか不安が募るバンたち。ところが翌日、バンたちのもとにかつてのライバルや仲間をはじめ、世界中のLBXプレイヤーが集結していた。そして、ついにミゼルへの最終攻撃の作戦が開始される！！

ダックシャトル改のコントロールポッドが使用不能となり、バン、ヒロ、ランの３人はミゼルトラウザーへ直接乗り込むことを決意する。全人類の希望を彼ら３人に託し、メンバーと各国のLBXプレイヤーはグランドスフィアを必死で守る。一方、ミゼルトラウザーへの侵入に成功したバンたちの前に、ミゼルオーレギオンが姿を現す！ パーフェクトワールドを創りだすためバンたちを完全排除しようとするミゼル。ついに、世界とLBXを守るため、ミゼルオーレギオンとのLBXバトルが始まった！