8.ペイン来襲編
Episode 378

白ゼツにより各戦場は混乱していた。シカマルの部隊は仲間同士での戦闘を避けるため身動きがとれず、医療部隊では白ゼツの侵入を防ぐため負傷者の治療ができない。ネジのいる戦場では味方に化けた白ゼツの攻撃でヒナタが絶体絶命の危機に陥るのだが、そこにナルトが到着した! 各戦場に到着したナルトの感知能力により白ゼツを倒していく忍連合軍。形勢逆転で忍連合の士気が上がる中、誰にも気づかれる事なく穢土転生の術でとある人物が蘇っていた。

我愛羅やオオノキの目の前に現れた穢土転生体は“うちはマダラ”。本物のマダラが現れた事により仮面の男は何者なのか…さらに謎が深まりナルトたちが混乱する中、マダラが攻撃を仕掛けてくる！それを迎え撃つナルト、我愛羅、オオノキたちは前の戦いで消耗し不利な状況だが、マダラを止めるために力を合わせて立ち向かう。伝説と謳われたうちは最強の力で想像を絶する猛攻が戦場をかき乱す中、果たしてナルトはマダラを止めることができるのか!?

マダラの力は想像を遥かに超えていた。忍たちは何人も倒れ、オオノキも重傷を負ってしまう。ナルトもチャクラを使い果たし一人では立てる状態ではない。忍たちは戦意を喪失してしまうが、オオノキはまだ諦めず平和を勝ち取るために立ち上がる！ナルトや我愛羅もその姿に力を振り絞り立ち上がるのだが、マダラは容赦なく冷徹に襲いかかってくるのだった。もはや絶体絶命のその時、綱手や雷影が疾風の如く現れ、ついに現在の五影全員が一つの戦場に集結する!!

五影から勝つことを託されたナルトがついに仮面の男と接触！ビーと共に戦場を走っていた本体のナルトが仮面の男と対峙するが、穢土転生で操られた人柱力たちが襲いかかる。六人もの人柱力が恐ろしい忍術で攻撃を仕掛けてくる中、ナルトはウタカタの姿を見つけて驚愕する。実はかつて出会っていた二人。その時ナルトはウタカタが行方不明になったと聞いていたのだが、今目の前にいるのは穢土転生で蘇った姿。なぜウタカタは命を落とす事になったのか!?

ナルト・キラービーの二人と、穢土転生で蘇った人柱力六人との戦いが始まる! 人柱力の六人はそれぞれ一人でも高い戦闘力を持っている上、輪廻眼で視界が繋がっている強敵。ビーは素早い動きで背後から攻撃をしかけるが、ことごとくよけられてしまう。しかし、かつて戦ったペイン六道が黒い受信機で操られていたことをナルトは思い出し、受信機を見つけて破壊する作戦を打ち立てる。果たして、ナルトとビーは人柱力たちの動きを止める事ができるのか!?

ナルトのピンチにカカシとガイが駆けつけた! 二人が増援に来たことにより、人柱力六人VSナルトたち四人の戦いとなり巻き返しを狙うが、ピンチは続き完全に尾獣化した五尾と残りの人柱力の猛攻がナルトたちに迫る！八尾も完全に尾獣化して応戦するも、さらに四尾と六尾が完全に尾獣化してナルトたちに襲いかかる。巨大な尾獣同士の戦いが繰り広げられる中、カカシやガイも全力を出して人柱力相手に立ち向かうが、絶体絶命の危機にナルトは陥ってしまう。

四尾こと、仙猿の王・孫（そん）に飲み込まれてしまったナルトは精神世界で孫と対面し、鎖の封印を解く約束をする。しかし「人柱力を信じない」という孫の言葉を聞いていた九尾は、かつて自分も無理やりナルトの中に封印されたことを思い出し、憎悪の念を抱いていた過去を振り返る。それは同時に九尾がナルトと過ごした記憶。ナルトが産まれてから現在にいたるまでのことをずっとナルトの中で見続けてきた九尾は、果たして何を思うのか?

孫（そん）に信用してもらうために、鎖の封印を解こうとするナルト。孫の首元にある杭を引き抜けば封印は解けるが、孫は操られているため容赦なくナルトを攻撃する。孫を助けるため、信用してもらうために力を振り絞りナルトは封印を解こうとするが、仮面の男に邪魔されて身動きがとれなくなってしまう。もうだめかと思ったその時、尾獣のために何かしたいなら、そして、尾獣に信用してもらいたいのであれば「行動で示し証明しろ」と九尾が心の中で叫ぶ。

見事に鎖の封印を解き、四尾・孫（そん）から信用してもらったナルト。しかし、完全に封印を解くことは出来ず、孫は外道魔像に吸い込まれてしまう。さらに、仮面の男の手で残りの人柱力が全て巨大な尾獣と化し襲いかかってくるが、ナルトはチャクラを使い果たして動くことができない。もう打つ手無しと思ったその時、九尾がナルトに話しかける。ナルトの行動に心打たれた九尾こと九喇嘛は「力を貸す」と語りかけ、ついに、木ノ葉隠れのナルトと “九喇嘛”のコンビが動き出す!!

“暁”側の戦力は一気に減り、戦況は忍連合軍の優勢となっていた。各戦場の忍たちは残党退治を終え、ナルトと仮面の男が戦っている最前線へと向かって移動を開始する。しかし、忍の中にはうちはマダラが想像を絶する力で戦場を壊滅させている事を知り、不安を抱いている者もいる。そんな中、ナルトが仮面の男を凄まじい力で押さえていると知ったシカクは、ここで一気に全ての忍たちの士気を上げ、ナルトに増援を送り巻き返しを計る作戦に打って出る!

ほとんどの忍が戦争に駆り出されている木ノ葉隠れの里では、サスケが立ち上げた小隊“鷹”のメンバーの一人・香燐（カリン）が囚われの身となっていた。一方、同じく“鷹”のメンバーである水月（スイゲツ）と重吾（ジュウゴ）はサスケを捜すため大蛇丸のアジトに潜入していたが、そこでこの戦争に関わる重大なある物を発見する。そして第四次忍界大戦が大詰めの中、“暁”のアジトで安静にしていたサスケは外に出て戦争の事を知り、ついにナルトのもとへと向かう決意をする。

本物のうちはマダラの相手をする五影たち。一瞬で森を作り出すほどの木遁忍術を使うマダラの圧倒的な攻撃に、五影たちは苦戦を強いられていた。その戦いの中で五影たちは倒れ、オオノキは一時あきらめかけてしまうが、かつてマダラと戦った時のこと、そして子供の頃、当時の土影に言われた言葉を思い出して再び闘志を取り戻し、それに呼応するかのように五影たちも立ち上がる! 一方、戦場へ向かおうとしたサスケはある人物を発見し…。

綱手だけが使用できる禁術・百豪(びゃくごう)の術を使い、強敵・うちはマダラに挑む綱手。それに続いて雷影、オオノキ、水影、我愛羅の五影たちが力を合わせ攻撃をしかける。しかし、五影たちの猛攻でマダラを封印までに追いつめるが、意表を突かれた攻撃で綱手は致命的なダメージを負ってしまう。一方、カブトの居場所をつき止めたイタチはカブトと接触し、そこにサスケも合流する。穢土転生の術を止めるため、イタチ＆サスケVSカブトの戦いが始まろうとしていた。

穢土転生の術を止めるため、兄弟であるサスケとイタチがタッグを組んでカブトに挑む! 二人は強力な瞳術・須佐能乎(スサノオ)で攻撃するが、素早い動きのカブトになかなか攻撃を当てることができない。カブトはかつて、ナルトが修業した妙木山（みょうぼくざん）と並ぶ伝承の地“龍地洞(りゅうちどう)”で新たな力を手に入れていて、自然エネルギーを使うことによって感知能力が飛躍的に上がっていた。その力に対抗するためにイタチとサスケは、かつて二人で行った猪退治の任務のことを思い出す。

仲間を殺してでも木ノ葉隠れの里を守ろうとしたイタチの意に反して、木ノ葉隠れを潰そうとするサスケの行動はイタチに敵対している上、かつて大蛇丸が成そうとした“木ノ葉崩し”の意志を継ぐ自分と目的が同じだとカブトは語り、サスケを仲間に引き込もうとする。だがサスケは木ノ葉を潰すのは自分の意志だとカブトを否定し、再び戦闘が始まる。同じスパイとして生きてきたカブトにかつての自分を重ねたイタチは、自分を見つめ直せと説得するが…。

ついにカブトの過去が明かされる。幼い頃、ケガをして記憶を失っていたカブトは、木ノ葉隠れの里で孤児院を営む“ノノウ”という女性に拾われ、“カブト”と名づけられた。資金難で運営に苦しむ孤児院のために、ノノウから教わった医療忍術で忍を治療する仕事をしているとき、カブトは初めて大蛇丸と出会う。その後、三代目火影・ヒルゼンの幼馴染でもあり、暗部養成部隊“根”を組織するダンゾウが援助金の話のため、大蛇丸と共に孤児院に姿を現す。

カブトはこれまで自分が何者なのかを知るために、君麻呂や音の四人衆、そして尊敬する大蛇丸の能力と情報でさえも己の中に蓄積して生きてきた。さらにうちは一族の能力と情報を欲するカブトは、イタチを取り込もうと攻撃を始める。しかし、そうして取り込むだけでは決してその存在になれる訳ではないとカブトの行動を否定するイタチは、うちはの禁術と言われている瞳術をしかけるために反撃する。相手の運命を握り、運命を決めるという究極の瞳術とは!?

“イザナミ”は体の感覚によって術中にハメる瞳術で、かつてうちは一族の間で起こった“イザナギ”による都合のいい結果を奪い合う争いを止めるために作られた術だった。イザナミにかかったカブトの意識は、幻のイタチと無限に戦わせられるループの中に閉じ込められている。しかし、そのループは自分の運命を受け入れると解かれるようになっており、昔の自分と重なるカブトにイタチは、自分が間違っていることに気づいて欲しいと願ってイザナミをかけたのだった。

マダラとの死闘を続ける五影たちは、その圧倒的パワーに苦戦するも力を合わせマダラを封印へと追いつめる。しかしマダラは山ほども巨大な“完成体須佐能乎（スサノオ）”を発動し、逆に五影たちを絶望へと追い込むのだった。一方、カブトにイザナミをかけて動きを止めることに成功したイタチは、ついに穢土転生の術を解く印を発動させる。それは同時に穢土転生体であるイタチ自身が消えることを意味し、サスケとの別れの前にイタチは真実と自分の想いを語り始める。

忍連合軍を苦しめた穢土転生の術は、イタチの活躍によって解かれた。それによりナルトに立ちはだかった人柱力たちや、チヨバア、デイダラといった手練の忍たちが次々と光に包まれて消えていく。“完成体須佐能乎”で五影を苦しめるマダラの体も光に包まれ今まさに消えようとしている。にも関わらず、マダラは五影たちに最後の攻撃をしかけ綱手を追いつめる。しかしついにマダラの体から魂が分離し勝利を確信したそのとき、何故か魂は再びマダラの体に戻り…?

サスケと合流した水月(スイゲツ）と重吾（ジュウゴ）。水月が手に入れた巻物を見たサスケは会わなければならない奴がいると言い、大蛇丸（オロチまる）を復活させようとする。大蛇丸は危険だと大反対する水月だが、サスケは、みたらしアンコの呪印を利用して印を解放し、見事に大蛇丸を復活させた! 里を守ろうとしたイタチの気持ちは何なのか、自分がどうあるべきで、どう行動すべきなのかを知りたいというサスケに大蛇丸は協力を約束し、ついに“鷹”のメンバーと大蛇丸が行動を開始する!!

外道魔像（げどうまぞう）は十尾の素体だった。そして九体の尾獣のチャクラを手に入れた今、外道魔像はついに十尾復活へと変化を始める。十尾復活を阻止するためナルト、ビー、カカシ、ガイの四人は肉弾戦で仮面の男に攻撃をしかけるがなかなか当てることができない。吸い込む術とすり抜ける術を巧みに使い攻撃をことごとく避ける仮面の男に対し、成す術のないナルト！渾身の一撃も避けられてしまった様に見えたが、突如、仮面の男の面に一筋のヒビが入る!

仮面の男の能力は“すり抜ける”ではなく、体の一部が時空間へと移動し、あたかもすり抜けるように見せているものだった。更に、その時空間はカカシの“神威（かむい）”の時空間と繋がっていることに気づく。現実を、そしてナルトに託されてきたものを否定する仮面の男。それに対し、ナルトと九尾は託されたものが正しいと証明するために全力で攻撃をしかける! そんな時、ナルトの螺旋丸（らせんがん）が仮面の男の面に炸裂し、ついに仮面の男の正体が明かされる！！

仮面の男はかつて、神無毘橋（かんなびきょう）の戦いで死んだはずのカカシの友・オビトだった！さらに穢土転生（えどてんせい）の術に逆らったうちはマダラが登場！ついにこの第四次忍界大戦を起こした元凶がナルトたちの前に姿を現す。マダラは計画がうまくいっていないことに対しオビトに苦言を呈するが、それは死んだと思われていたオビトがマダラと以前から”月の眼計画”を企てていたことを意味する。なぜオビトは生きていたのか!? そしてうちはマダラとオビトの関係とは!?

神無毘橋（かんなびきょう）の戦いで死んだと思われていたオビトを救ったのは、同じく千手柱間との戦いで死んだとされていたうちはマダラだった。カカシとリンに早く再会したいオビトはマダラの元でリハビリに時間を費やし、何とか自由に動けるまでに回復する。そんな時、カカシとリンが霧隠れの忍たちに囲まれ、危険だという報せが入った。それを聞いたオビトは二人を助けるためにマダラのアジトから飛び出し二人のもとへ駆けつけるのだが、そこでオビトが見た光景は……。

カカシがリンを殺す瞬間を見てしまったオビトは絶望し、その場にいる忍たちを皆殺しにする。リンの死を受け入れられずオビトは幻術で夢の中に思い通りの世界を作り出すマダラの計画を思い出し、リンの居る世界を作るためマダラの意志を継ぎ、自分を“うちはマダラ”と名乗り活動を始めるのだった。手始めに“暁”を結成する前の弥彦や長門に接触するオビト。輪廻眼を持つ長門を闇に引き込もうとするが、弥彦たちは里を平和へと導く活動に燃えていた。

かつて自来也の教え子だった弥彦、長門、小南の三人は雨隠れの里を変えようと活動していた。次第にメンバーが増えてきたその組織は“暁”と名乗り、戦で苦しむ地域を回って平和活動を開始する。しかし、その活動の中で長門は輪廻眼の力で外道魔像を口寄せしてしまい自分の力に恐怖するのだった。“和”によって五つの大国をまとめる事が目的の雨隠れの長・半蔵の耳にも“暁”の活動が耳に入り、同じ目的を持った組織が現れた事を嬉しく思っていたのだが…。

木ノ葉隠れの里の未来のため、岩隠れとの和平交渉を阻止しようと暗躍していたダンゾウの言葉によって疑心暗鬼に陥った半蔵は“暁”を壊滅せんと弥彦らを罠にはめるため会合へと呼び出す。罠とは知らずその会合へと向かってしまう弥彦や長門。しかし、仲間たちは会合が罠だと気づき救出へ向かうのだが、オビトがそれを阻止するのだった。平和を求める弥彦たちの想いとは裏腹に、平和など存在しないというオビトの思惑通りに全てが闇に向かって動き出す。

ナルトは雷影の説得に成功し、いよいよ戦場へと向かって動き出した! 誰に変化しているのか分からない白ゼツに対処するにはナルトの感知能力に頼るしかない。さらに白ゼツのデータからマダラが不死だという事が判明する。シカクはこれから戦いに参加するナルトにそれらの情報を伝えると共に、マダラは平和など望まない憎しみを利用する危険な敵だと忠告する。しかし、それを聞いたナルトは「この戦争はオレが止める!」と一層決意を固めるのだった。

歴代影たちを引き付けていた我愛羅第四部隊の戦いが始まる! その一人、我愛羅の父である四代目風影は息子が風影になった事、そして忍連合の連隊長を務めている事に驚愕し、息子にその価値が本当にあるのかを確かめるため磁遁で砂金を操り襲いかかる。その激しい戦いの末、我愛羅が自分を超え、成長したと感じた父は自分がかつて息子にしてしまった過ちを後悔し、砂を操る力と我愛羅を生んで死んでしまった母・加瑠羅(カルラ)の真実について語り始める。

戦場へと進むナルトとビーの前に、穢土転生体であるイタチと長門（ナガト）が現れた! 九尾の力をコントロールするナルトの姿に成長を感じる二人だが、カブトの術により戦闘を始めてしまう。サスケが今どうしているのかナルトに確認しつつも強力な口寄せや写輪眼を駆使し、圧倒的な力で二人を追い詰めるイタチと長門。戦いながら改めてナルトにサスケを託そうとイタチが決意した瞬間、万華鏡写輪眼が発動してしまった。その時、ナルトの体に異変が起こる。

最強幻術“別天神(ことあまつかみ)”の力によって、イタチは穢土転生の術から解き放たれた!　一方、長門は完全に意識を乗っ取られてしまい、輪廻眼の力でナルトたちに襲いかかる。恐るべき輪廻眼の術の前に手も足もでないナルトとビー。もはや絶体絶命のピンチ…! という所で自由に動けるようになったイタチがその危機を救う! しかし、さらに長門が放つ大術、一度捕らえられたら二度と抜け出す事のできない“地爆天星（ちばくてんせい）”により三人は成す術なく窮地に追い込まれてしまう。

歴代影たちと戦う第4部隊。我愛羅の活躍によって二代目水影と三代目雷影を封印するにまで追い詰めたのだが、あと少しの所で破られてしまう。二代目土影・ムウと戦うオオノキに加勢するため名も無き忍たちに二代目水影を託してその場からいなくなる我愛羅。勝つ気のない二代目水影は名だたる忍がいない状況で自分と戦う事になってしまった忍たちのために自分の忍術や弱点をレクチャーしながら戦わせるのだが、それでも太刀打ちできない忍たちに次第に苛立ってゆく。

風遁を駆使して三代目雷影と戦うテマリ。雷遁を使う三代目には風の忍術が有効なハズなのだが、いくら攻撃してもダメージを与えられない。テマリもかなりの風遁使いだが、雲の忍・ドダイはさらに強力な風遁使いがいなければ勝目はないと言う。その場にはテマリ以上の使い手はいないが…そこに突如、ナルトが駆けつけた! ナルトの“螺旋手裏剣（らせんしゅりけん）”は風遁系の中でも超強力忍術! 果たしてナルトは、三代目雷影の動きを止める事ができるのか!?

二代目水影の蜃気楼を破った我愛羅とオオノキ。しかし、これまで協力的だった二代目水影はバトルが楽しくなってきてしまい、さらなる忍術で攻撃してくる。それは二代目土影も手を焼いたという無限爆破忍術・蒸危暴威(ジョウキボーイ）！広範囲に渡って何度も水蒸気爆発を起こすその大技に我愛羅たちは苦戦を強いられてしまう！しかし、その容赦のない攻撃はただ戦いを楽しむためではなく“自分に勝てないようではマダラに勝つ事などできない”と二代目水影が我愛羅たちを思っての事だった。

白ゼツが紛れ込んでいるかもしれないという疑念の中、休息をとるシカマルたち。一方、違う戦場では戦いを続けているネジやキバ。その離れた戦場で同時に意外な敵の忍が現れた。それはかつてのサスケ奪還任務の時、追いかけるナルトたちを阻止するべく立ち塞がった強敵・音の四人衆! カブトの穢土転生の術によって復活したのだ。かつてシカマルやネジたちを恐ろしい力で窮地に追い込んだ因縁の音の四人衆。彼らが復活したその目的とは一体何なのか!?

それぞれの戦場で木ノ葉の面々に倒されてしまった音の四人衆たち。だがそれは、四人衆の作戦だった! 四人の体が朽ちていくと共に発動した忍術、それは時空術式―黄泉転身（よみてんしん）の術。肉体から魂だけを結界へと転移させ、閉じ込めてしまう結界忍術だったのだ。その術で魂を結界に閉じ込められてしまったシカマルたち。この結界忍術を破り、早く魂を肉体に戻さなければ死を迎えてしまうのだが音の四人衆たちは復讐のため容赦なく攻撃をしてくるのだった。

四人衆を倒せたとしても結界が解かれる事はないと知ったシカマルたち。このままでは命尽きるのも時間の問題だが、いのやシノが必死に肉体にチャクラを送り命を繋ぎとめていた。しかし、二人のチャクラも残りわずか。そして本部にいるシカクは息子のピンチにも関わらず、唯一の希望であるナルトに「助けに行くな」と命令する。まさに絶体絶命の状況の中、復讐に燃える音の四人衆は呪印状態2よりもさらに力を上げ、シカマルたちに襲いかかる!

戦場で白ゼツと交戦するネジとヒナタ。ネジは死角を突かれ襲わてしまうのだが、そのピンチをヒナタが救う。「ネジ兄さんは私が守る」と気合い充分のヒナタ。それは綱手が火影に就任し、サスケがまだ里にいた頃―同じようにネジが自分を守ってくれた時の事を思い出したからだった。数日後にある花火大会へナルトと行く事になり嬉しいヒナタ。しかし、ネジとの厳しい稽古により、視力を使いすぎ目が見えなくなってしまう。ネジはそれに責任を感じ…?

木ノ葉の元暗部・卯月夕顔（うづきゆうがお）と死んでしまった中忍試験の試験官・月光（げっこう）ハヤテはかつて恋人同士だった。夕顔はすでに暗部を辞め、今は医療忍者たちが慌しく走り回る医療部隊テントの手伝いをしている。一方、カブトの元では穢土転生の術によりハヤテが蘇っていた。そして、死体を奪うようカブトから命令されてしまったハヤテは、夕顔がいる事など知るはずもなく医療部隊テントへと出撃してしまうのだった。

思いもよらぬハヤテとの再会に戸惑う夕顔だが、敵の情報を誰よりも知っているとして無情にもハヤテを追うよう命令されてしまう。追いかけるも脳裏に二人で過ごした思い出が次々と浮かぶ中、ついにハヤテと対面する。カブトの穢土転生の術により操られ斬りたくないという意思とは裏腹に連合の忍たちに斬りかかってしまうハヤテは自分を「斬ってくれ」と夕顔に頼むのだが、かつてハヤテが死んだ時以来夕顔は、刀を持つ事ができなくなっていたのだった。

戦場へと向かい疾走するナルトは、戦闘をする忍連合の忍たちと遭遇する。それはカルイを主とする小隊なのだが相手は穢土転生体の侍、タテワキという男。実はナルトとこの侍は、とある任務で出会った事があったのだった! それは3年前、任務で訪れた“此（こ）の国”での出来事。ナルトたちは城にいる若殿を連れ出す任務を受けていたのだが、若殿の側には常に護衛のためタテワキがいる。果たして、ナルトはタテワキの目をかいくぐり無事任務を果たす事ができるのか!?

此の国で人質として扱われている若殿・シュウとナルトを入れ替える作戦が成功した! あとは無事、若殿を“彼（か）の国”まで送り届けるだけなのだが、シュウは町を見て回りたいと言い出す。一方、シュウに変化しているナルトはタテワキに正体を見破られてしまい、すごい剣幕で迫るタテワキと侍たちに取り囲まれ絶体絶命の大ピンチに。だが突如、シュウのいる城下町の方で爆発が起こった! 立ち上がる噴煙の中、“暁”のデイダラとサソリがその不敵な影と共に姿を現す。

「ROAD TO NINJA」の前夜に起こった物語をアニメ化！仮面の男・マダラが新しい忍術、“限定月読”をかける相手をナルトに定めていた頃。木ノ葉の里では各班の面々が任務から帰りクタクタに疲れていた。一方、任務のなかったナルトは休日を一人寂しく過ごしていたのだが…そんな寂しそうなナルトを目撃したリーは、皆に声をかけナルトも一緒に銭湯に行くよう誘い出す。銭湯でリフレッシュするナルトたちだが、突如、女湯の屋根が崩れ落ちた!

次々と素早い人影にやられていく忍たち。そこに駆けつけたガイが見た人影の正体は、穢土転生体のチェン老師という老人だった。見た目は弱そうなのだが、かつて木ノ葉の英雄と言われた最強の体術使い。そんな相手と戦える事にガイは感激するが、苦戦を強いられてしまう。そのガイのピンチにリーが駆けつけるのだが、チェンが死んだのはリーが生まれる前の事。にも関わらずリーはこの老人と会った事があると言うのだった。果たして二人の過去に一体何が!?

猪鹿蝶の三人とサクラ、そしてキバはそれぞれ違う戦場にいる。にも関わらず、同じ姿をした少年の穢土転生体が各戦場に同時に現れた。その少年は天気を操り烈な雨や雪、雷で攻撃をしかけてくる。苦戦しながらもそれに立ち向かうシカマルやキバたち。しかし、その少年は突然みんなの名前を口にする。なぜこの少年が自分たちの名前を知っているのか…と不思議に思う面々だが、この少年と子供の頃に出会っていた事を少しずつ思い出す。

みんなの前に現れた穢土転生体はヨタという少年だった。まだナルトとサクラが知り合うよりも前にヨタはどこからともなく現れ、泣くと雨が降り、笑うと風が吹く天気を操る術でたちまちみんなの人気者に。その頃のナルトは一人寂しく過ごしていたが、不思議な雰囲気のヨタとすぐ友達になりそのおかげでサクラやシカマルたちと仲良くなる事ができた。しかし、何故みんなはヨタの事を忘れていたのか？そして何故、ヨタは穢土転生の術で蘇る事になったのか!?

ナルトたちはヨタを完全に思い出した。しかし、それは悲しい思い出―子供の頃、ナルトやシカマルたちと仲良くなったヨタだが、敵のスパイだと疑われ里の大人たちに捕まってしまう。ナルトたちはそれを何とか助け出しヨタを安全な場所まで逃がそうとするが、激しく流れる川がそれを拒む。意を決し川に飛び込むナルトたち。しかし、激しい流れに足を取られ溺れてしまう。その時、ヨタの命懸けの行動により逆にみんなが助けられたのだった。

忍連合軍に手駒を減らされたカブトは封印された穢土転生体を取り戻すべく、大蛇丸と各地を回った時に集めた失敗作とも呼べる穢土転生の忍たちを大量に蘇らせ、忍連合軍を数で攻める作戦に出る。かつてダンゾウの護衛役で穢土転生体となったトルネがそれを指揮するのだが、トルネ以外は皆弱く次々と連合軍の忍に封印されてしまう。中には死ぬ前に言えなかった想いを伝え出す者も現れる戦場は混乱するのだが、その混乱に乗じてトルネは一人単独行動をとるのだった。

白ゼツと戦い続けるキバたちだがその最中、シノの蟲が何かを感知した。キバたちに白ゼツを託し、戦場を離れ感知した場所に駆けつけるシノ。するとそこには大量の毒蟲を培養し、禁術の準備をするトルネの姿があった。シノとトルネは同じ油女一族で幼少時代二人は兄弟のように過ごした。しかし、ダンゾウによりトルネが“根”に引き取られて以来会う事はなかった。久々に再会した二人だが、トルネを封印すべく、強力な毒蟲に対しシノはどう挑むのか!?

戦場に向かっていたビーが休憩していると、そこに雲隠れのモトイが合流した。カブトの口寄せ・穢土転生の術により二人の目の前にかつて八尾の人柱力だった忍・フカイが現れ二人の身を案じ逃げろと言うが、カブトに操られ力を発動してしまう。意外にもフカイから放たれるのはビーの中に居るはずの八尾のチャクラ! そしてフカイの体はみるみる尾獣化し恐ろしい力で襲いかかる! それに立ち向かうべくビーも尾獣化し、人柱力VS人柱力の激闘が始まる!!

ミフネと共に戦うカンクロウの前に、穢土転生で操られている傀儡使い・チヨバアが襲いかかる。迎え撃つカンクロウが使う傀儡はチヨバアの孫でもあった“人傀儡のサソリ”。そのサソリを目の前にしたチヨバアは後悔の過去を思い出す。サソリが幼かった頃、彼の両親が死んでしまった事を言い出せなかったチヨバア。最も辛く愛情を欲していたサソリから距離を置いてしまった事でサソリの心は歪み“人傀儡”に興味を持ち始めてしまった。

忍連合本部にオモイが戦場から脱走したと報せが入った。オモイに信頼をよせていた雷影はその事に動揺し、共に戦っていた仲間たちにも衝撃が走る。しかし、オモイが向かったのは“雷雲隊（らいうんたい）”と呼ばれる部隊がいる戦場。その部隊は12、3歳の子供たちで編成されているのだが、大量の白ゼツに囲まれて孤立し、絶体絶命の危機に陥っていた。それを知ったオモイは命令違反にも関わらず救出に向うのだが…果たして、雷雲隊は助かるのか!?そしてオモイの運命は!?

ナルトたちにある任務が下された。その任務とは“火の国国境近くの神聖域にあるトニカ村で起こった村人惨殺事件。その犯人を突き止め、然るべき制裁を与えよ”というものだった。久々の任務に張り切るナルトだが、その村に訪れて目に入った光景は、多くの家々が無残にも破壊された激しい戦闘の跡。何故この村は襲われたのか？そしてこの村を襲った人物は一体誰なのか? ＴＶアニメ放送５００回突破を記念した、全６話のオリジナルストーリー!

村で調査を進めるナルトたちの前にカブトが現れた。穢土転生の術でデイダラや木ノ葉の忍・ハヤテが襲ってくる中、カブトを捕まえようとナルトたちは奮闘するのだがからくも逃げられてしまう。一方、近くの町に逃げ延びていた小太りの男・ドックと子供たち。幼いミィナはいつも何故か不思議なメロディを口ずさんでいる。ナルトたちもその町を訪れてトニカ村の「ホール」の伝承と「力」について知るのだが、カブトの出現はその伝承と「力」が関係するのか?

村の生き残りであるドックたちを守るため、ナルトとサクラはシセルの家で寝泊りする事に。ナルトと子供たちは一緒に過ごす事で仲良くなってゆくのだが、村の襲撃で親を亡くした彼らは寂しさに絶えきれず泣きだしてしまう。ドックとシセル、二人の存在がそんな彼らを家族へと繋いでゆく中、ナルトは息が上がってしまう程に体調を崩してしまうのだった。皆は心配そうに見守るのだが、そんなナルトにミィナは何故か「出てけッ!」と何度も叫びだす。

ナルトの体の中から出現したのは、九尾化したナルトのクローンなのか!? それを操ろうとするカブトは九尾のチャクラが手に入る事に歓喜し、クローンは「力」を求めて空気が振動する程に激しく咆哮する！ 圧倒的な力の前に倒れるナルト。成す術のないドックと子供たち。もはや絶体絶命! というところに、カカシやガイ、リー、ヒナタ、シカマルなど木ノ葉の仲間たちが駆けつけた! 強大な力で町を破壊するそのクローンを、果たして止める事が出来るのか!?

クローン九尾に敗れ、祭壇の奥の部屋に閉じ込められてしまったナルトとドック。その二人の前にカブトと意外な人物が現れた。カブトたちの目的は古代の遺産「さえずり」と、その鍵となる「音」。全ての「音」が揃った時、「ホール」の伝承にある強大な「力」がカブトたちのものになってしまう。いくつかの「音」はまだ行方不明だったのだが、ドックを助けに子供たちだけでやってきたレオはカブトと取引をするために残りの「音」を持ってきてしまうのだった。

伝承にあった「天の矛」が出現し、世界を滅ぼす「力」を放出し始めた。その「力」によりクローン九尾はさらに凶悪な姿へと変貌し、強大な「力」で大地を抉り「ホール」を破壊する。その「力」の前に成す術のないナルトは放たれた攻撃で体を貫かれ死に瀕してしまうのだが、薄れる意識の中「力」を貸すと言う九尾の囁きと共に、ある人物の声が聞こえてくるのだった。果たして、壮絶なる戦いの行方は? そしてドックたちは無事生き残る事ができるのか!?

ナルトが外に出てきた事を知ったマダラがついに動き出す……! 戦場ではダンを結界に閉じ込める事に成功。さらにヒザシや角都も打ち倒す事ができ封印するだけの状態となった。そして何百もいた白ゼツもいよいよ残り１人となり忍達を勝利のムードが包み込む。が、しかしその戦場に静かに現れたマダラの口寄せの術により突如巨大な外道魔像が姿を現す。恐るべき力で大地を踏み砕き激しい衝撃で大地を削りその場にいる忍たちを次々と吹き飛ばしてゆく。

満月が浮かぶ夜、戦場に向かう森を駆け抜けてゆく九尾チャクラモードのナルトとキラービー。突如、精神世界の九尾がナルトに話しかけ「お前が本当に皆の憎しみを消し、受け止める事ができるのか」とナルトに問い詰める。サスケ１人救えなかったお前に何ができると言われたナルトはサスケと初めて出会った子供の頃の事を思い出し、憎しみに囚われたサスケをいまだに助け出せていない事を再確認する。そんなナルトをさらに九尾は追い詰めるが……。

医療部隊テントのサクラとシズネは戦場で負傷した大勢の忍達の治療に追われていた。そんな医療部隊の元に白眼を使いすぎ、力を使い果たしたネジがやってくる。サクラの治療を受け一時の休息をとるネジ。しかし、チャクラでの本人確認が徹底されているにも関わらず、次々と上忍医療忍者が何者かに暗殺されてゆく。仲間の中にスパイがいるかもしれないという疑念により医療忍者たちが混乱する中、この目にかけて犯人を見つけ出すとネジは決意するが……?

キバ、シノ、ヒナタ達のいる部隊にも白ゼツが現れた。部隊の周囲には結界が張られ簡単には侵入できないはずだが、近くの炭鉱で結界が漏れている場所があるらしい。そこへ探索に来たキバたちは侵入してきた白ゼツに襲われ、戦いで起こった爆発によりはぐれてしまう。何とか無事再会した三人であったが“この中にニセモノがいる可能性がある”というシノの言葉によりお互いを信用できなくなったキバたちは、再び別々に行動することになってしまう。

夜を迎え、第五部隊の侍たちが見張るカンクロウの傀儡の中にデイダラは捕らえられたままだった。捕虜となったデイダラと交渉するため訪れた黒ツチにより、デイダラはかつての戦いでサスケが死んでいない事を知らされる。それにショックを受けたデイダラは、侍に扮した白ゼツの協力により傀儡から逃げ出す。デイダラを追いかける黒ツチ、ミフネ、カンクロウ。だが、さらなる超究極芸術を完成させるため、逃げるデイダラの目の前に意外な人物が現れる。

第四次忍界大戦により忍たちが出払ってしまった木ノ葉の里では、木ノ葉丸が里の留守を守ろうと躍起になっていた。しかし、里に残った母親たちはいつも通りにしていればいいと言う。それでいいのだろうか……? と疑問に思う木ノ葉丸の元に次々と木ノ葉の里を狙っている恐ろしい忍たちの目撃情報が入ってくる。里を守るため、火の意志を守るため、木ノ葉丸は立ち上がる! がしかし、里の母親たちはそんな木ノ葉丸の言葉を信じようとはしないのだった。

戦場へと走るナルトとビーの前に、二人を止めるため綱手と雷影が現れる。ナルトを行かせてやってくれと雷影を説得するビー。皆が死んで自分だけ生き残っても意味がないと自分の思いをぶつけるナルト。がしかし、行かせるくらいならばお前を殺す! と繰り出す雷影の拳を、ナルトをかばってビーが受け止める。ぶつかり合う二人の拳。“拳を合わせてもオレの心が読めなくなっちまったのか?”と言うビーの言葉に雷影は、二人が出会った頃の事を思い出す。

ナルトを行かせまいとする雷影との戦闘が始まってしまう。しかし、綱手はナルトを行かせる事を決意し、ビーはブラザーからもらった捨てられない言葉がある限りマダラにやられはしないと訴える。そしてナルトは父と母から未来を託された。「だから絶対に負けはしない!」と雷影に思いをぶつける。が、チャクラをマックスモードにしナルトを試すため殺す気で拳を繰り出す雷影。ナルトは雷影を認めさせ、仲間の元へ向う事ができるのか!?

夜が訪れると共に姿を消した忍刀七人衆だが、カカシ第三部隊の面々はいつ襲ってくるかもわからない敵に警戒しながら休息を取っていた。疲弊しきった封印班の代わりに“根”の封印術が使えるサイにこれからの封印を頼むカカシ。しかしその術は失敗すると自分自身を封印してしまうため、サイはそれを使う事をためらう。そして夜が明ける頃、再び穢土転生の術により通草野餌人が現れ、鈍刀“兜割”によって次々と忍たちが倒されてしまう。

忍刀七人衆を撃破するために分散した小隊の１つ、オモイと封印班のマキがいる部隊はかつて大刀“鮫肌”を扱った西瓜山河豚鬼と爆遁の使い手・ガリと遭遇してしまう。ガリと奮戦するその小隊の隊長だが、突如放たれた灼遁の術により命を落としてしまう。そんなマキ達の前に現れた灼遁の使い手パクラは、マキにとっての砂隠れの英雄であり忍としてのかつての師でもあった。霧隠れの忍を恨み操られているパクラを止めるべく、マキの戦いが始まる。

ナルトと綱手が厚い信頼で結ばれていると感じたビーは、そのいきさつが気になっていた。一方、本部へと戻る雷影もまた“私はナルトに賭ける!”という綱手の言葉にある事を思い出す。それはナルトと綱手が出会う前。綱手はとある繁華街で最愛の人を失った痛みから立ち直れず賭け事と酒におぼれていた。一方、数人の部下と共にそこへ任務で赴いていた雷影。二人は実はそこで出会っていたのだった！ナルトをきっかけに語られる、綱手と雷影の過去とは!?

雷影の部下・カライが敵の忍術により命の危機に陥ってしまった。早く治療しなければ爆発してしまうが、アマイの医療忍術では治す事ができない。部下を見捨てる事のできない雷影は、この街にいる医療のエキスパート・綱手に助けを求め、腕相撲でお前が勝ったら協力するという申し出に雷影は見事勝利した! 雷影に協力する事になった綱手だが“軒猿衆”の術でやられたと聞いて驚愕する。綱手は血液恐怖症。果たして、部下を無事救う事ができるのか……!?

カカシ第三部隊に忍刀七人衆が襲いかかる! 七人衆が現れたとの情報をうけ、その場に駆けつけたカカシの目の前に長刀“縫い針”を操る栗霰串丸と、爆刀“飛沫”を振り回す無梨甚八が立ちはだかる。殺戮を楽しむ非情な二人に怒りをあらわにするカカシだが、一人では太刀打ちできず追い詰められ、危機に陥ってしまう。しかし、そんなカカシの元にさっそうと気高き“碧い猛獣”マイト・ガイが駆けつけて、友情コンビＶＳ非情コンビの激闘が始まる!

忍刀七人衆、雷刀“牙”の使い手、林檎雨由利がオモイの部隊に迫り来る! 雨由利の攻撃で仲間のユルイを殺されたオモイは反撃に出ようとするが、部隊を指揮するヌルイはそれを許さず撤退命令を出す。ただひたすらに逃げるだけのオモイたち。それに嫌気のさしたオモイは命令を無視して、ユルイの仇をとるため雨由利と戦闘を始めてしまう。しかし、雷刀“牙”から繰り出される雷撃に手も足も出ないオモイは、かつてビーから教わった剣術を繰り出すが!?

ナルトたちは海での長旅を終え、ついに目的の島にたどり着いた。　いよいよ大ガマ仙人の予言のタコに会えると大喜びのナルトだが、島に到着して早々、現れた化け物イカにナルトが捕らえられてしまう。それを助けてくれたのは、タコならぬ八尾の人柱力・キラービーだった。キラービーが尾獣を完全にコントロールした人柱力であると聞いたナルトは、自分も九尾の力をコントロールするために修業をつけてもらおうとするが、キラービーはあっさり拒否。仕方なく島での世話役・モトイにキラービーの修業についてたずねると、モトイはナルトを「真実の滝」と呼ばれる場所に連れてゆく。

モトイから、今のままでは尾獣を操るための修業に進むことができないと聞かされたナルトは、何かのヒントになるかもしれないと、キラービーについて詳しく話を聞くことにする。　ナルトの気持ちを察したモトイは、かつて自分がキラービーに対して抱いていた気持ちと、自分が犯した過ちについて話し始める。キラービーとモトイがまだ子供だった頃、八尾はほかの尾獣同様、人間には従わず、暴走を繰り返し、そのせいで多くの犠牲者が出ていた。そんな中、モトイの父親が犠牲者のひとりとなり……。

キラービーという新たな師匠を得たナルトは、早速、尾獣の力をコントロールするための修業に取りかかる。　キラービー、ヤマトとともに真実の滝の奥にある遺跡にやってきたナルトは、尾獣と対話できるシステムになっているという領域で、自らに封印された九尾と対峙。自来也から託された封印のカギを開ける。九尾の力をコントロールするためには、戦ってそのチャクラを自分のものにしなければならないのだ。　ナルトと解放された九尾の戦いが始まった。

九尾の力をコントロールするため、自らの精神世界で戦いを繰り広げるナルト。それを現実世界で見守るキラービーとヤマトは、ナルトに現れた変化に焦りを隠せないでいた。憎しみの塊である九尾の影響を受け、一度はおさえ込んだはずの「闇」の感情が再びナルトの心の中に甦ってきたのだ。
必死で抵抗するナルトだが、憎しみや絶望の感情は徐々にナルトを飲み込んでゆき……。　だがそのとき、ナルトの前に思いがけない人物が現れる。

時はさかのぼり、木ノ葉隠れの里の長が、四代目火影だった頃。　四代目火影・ミナトとその妻・クシナの間には、まもなく子供が生まれようとしていた。　だがこの出産は、喜びと同時に大変な危険が伴うものでもあった。　出産が迫ったある日、クシナは、三代目火影・ヒルゼンの妻に案内され、里から少し離れた場所に移動させられる。　厳戒態勢の中、夫・ミナトに付き添われ、出産へとのぞむことになるのだが……。　ときを同じくして、木ノ葉隠れの里に不吉な影が近づいていた。

突如現れた「仮面の男」に生まれたばかりの息子・ナルトを人質に取られ、強引に「飛雷神（ひらいしん）の術」で別の場所へと移動させられたミナトは、安全な場所にナルトを避難させ、クシナのもとへと急ぎ戻る。仮面の男のターゲットはクシナだったのだ。　瀕死のクシナを救い出し、仮面の男との戦いに突入するミナト。だが、強力な結界と厳重な警備をくぐり抜けるほどの力を持つ男との戦いは熾烈を極める。　同じ頃、木ノ葉隠れの里では、封印を解かれた九尾の妖狐の襲来を受け、多くの忍たちが死闘を繰り広げていた。

里への被害を最小限に抑えるため、自らの時空間忍術を使い、九尾ごと別の場所へと移動したミナトだったが、使えるチャクラは残り少なくなっていた。そんなミナトに、やはり残されたチャクラの少ないクシナが力を貸す。クシナは九尾を道連れにして死ぬことで、夫や息子を救おうとしていたのだ。だがミナトにはクシナの覚悟が納得できない。　生まれたばかりの息子を思う気持ちと互いを思い合うがゆえの言い争いの末に、ふたりはひとつの決断を下す。

ナルトが九尾のチャクラをコントロールするための修業に挑んでいることを聞いたガイは、自分も何か手助けできないかと真実の滝へとやってきた。　そんなガイの前に突然、奇妙な虫のようなものが現れる。それは大刀・鮫肌と同化した“暁”の鬼鮫だった。鬼鮫は、鮫肌と同化することでキラービーに近づき情報を集めていたのだ。集めた情報を“暁”に届けるため逃走する鬼鮫。その鬼鮫にガイが追いすがる。鬼鮫はこれまで何度となく戦いを繰り広げ、その実力を知るガイに対し強力な術を発動するが、ガイにも隠された大技があった。

ガイとの激闘の末、ついに捕らえられた鬼鮫。アオバはその鬼鮫から“暁”の情報を抜き取ろうと記憶の中へと入り込む。かつての鬼鮫は、霧隠れの里で、仲間殺しなど裏の仕事をこなしてきた。仲間にとって敵なのか味方なのか、どこに向かっているのかもわからない自分を「偽りの存在」であると考えていた鬼鮫は、密かに霧隠れに潜入していたマダラに誘われるまま、“暁”のメンバーとなる。　そして、自分と同じ同胞殺しのイタチとコンビを組むことにするのだが、鬼鮫の心には、いつかイタチの言った一言が印象深く残っていた。

木ノ葉隠れの里で出会ったナルトに希望を託し、長門と弥彦の亡骸とともに、故郷である雨隠れの里に戻った小南の前にマダラが現れた。マダラは、力を得るために長門の輪廻眼を狙っていた。　マダラが自らの野望のため、いずれ自分の前に現れるであろうと予想していた小南は、このときに備えて周到な秘策を用意していた。　仲間の亡骸とその思いを守るため、世界を混沌に陥れようとするマダラの野望を阻止するため、小南、決死の戦いが始まった。

やっとのことで追い詰めたものの、禁術を使い致命傷を免れたマダラに衝撃を受ける小南。そのときふいに、奇跡のような光景が目の前に広がる。やむことのなかった雨隠れの雨がやみ、美しい虹が現れたのだ。それを目にした小南の心に、再び希望がよみがえる。　平和な世の中を目指して戦い、死んでいった仲間たちの思いを受け継ぎ、つないでゆけるのはナルトしかいないと考える小南は、その妨げになるであろうマダラを葬り去るため、さらなる戦いを挑む。

鬼鮫に情報を盗まれ、自分たちの居場所が特定されてしまうと危惧するヤマト達。ナルトとビーを移動させたいが、戦争の事を知られないよう、“動物たちの生態調査の極秘任務”として騙している以上、外に出す訳にはいかない。「移動はさせるがこの島にいてもらう」と言うモトイの秘策に従い、アオバはさらにＳ級ランクの極秘任務をナルトに与えて騙そうとする。一方、情報が盗まれたと報告を受けた忍連合本部は、敵がナルトを奪いにくると予測し、増援を島に送る事にする。その増援に名乗りを上げた人物とは……?

ヤマトたちがいる場所は、雲隠れが昔から飼っている島ほどもある巨大な大亀だった。その甲羅の中で、Ｓ級任務だと思い込み生態調査を続けるナルト。しかし、外ではナルトを奪いに来たカブトとデイダラ、それを阻止しようとする土影たちとの戦いがすでに始まっていた。大亀をひっくり返してしまう程のカブトの激しい攻撃と、デイダラの爆弾攻撃に苦戦する土影たち。激しい戦いが繰り広げられる中、黒ツチの活躍によりカブトを捕らえる事に成功するが……?

ナルトを守り抜いた土影たちだったが、ヤマトが敵の手に捕らえられてしまう。外の事が気になり始めるナルトだが、ビーの機転により、尾獣のチャクラコントロールの修業に集中し始める。　一方、マダラの居場所を突き止めた忍連合軍は先手を打つため、各部隊に召集をかけ大勢の忍たちを一箇所に集結させる。マダラ率いる“暁”も大量の白ゼツを用意し、手だれの忍たちを穢土転生で蘇らせ戦いの準備を進めていた。

ナルトとサスケ、二人が出会った頃。ナルトには両親がおらず、里の人々から九尾の化け狐と毛嫌いされ、孤独な日々を送っていた。一方サスケも、両親を殺した兄、うちはイタチへの復讐を胸に、孤独な日々を送っている。違うようで、似たような気持ちを抱えた二人。仲が悪いながらも、サクラやカカシという仲間と出会い、絆が芽生えてゆく。しかし、サスケは“うちは”の血を引く天才忍者。サスケとの実力の差に、ナルトは焦りを感じはじめていた。

ケンカばかりのナルトとサスケだが、死の森での中忍試験では力を合わせ合格を目指す。しかし強敵、大蛇丸を前に足がすくんでしまったサスケは、信じられない力を発揮して戦うナルトを見て焦りを感じる。　雨隠れの忍との戦いでも力を合わせて立ち向かうが、ナルトの予想以上の実力でピンチを切り抜ける。急激に成長していくナルトの存在を、無視することができなくってきたサスケはナルトに負けたくないという想いとともに、自分は復讐者であることを改めて心に誓う。

サスケは仲間のために尾獣化した我愛羅と戦うが、力でも憎しみの強さでも太刀打ちできなかった。さらにイタチが現われ復讐に燃えるサスケだが、まったく歯が立たず、イタチへの復讐を果たすためだけに生きてきたサスケは絶望に打ちひしがれてしまう。　自分の知らないところで異常なまでに強くなってゆくナルトに、自分の弱さを見せつけられるサスケ。さらなる力を求め、心が復讐の闇に染まり始めてゆくサスケの前に、大蛇丸からの使いが現れる。

木ノ葉を抜け、大蛇丸のもとへ向かってしまうサスケ。仲間だと信じ、命がけで助けようとサスケを追いかけるナルト、シカマル、チョウジ、キバ、ネジの５人だが、大蛇丸の使いである音の四人衆がそれを阻止しようと立ちはだかる。サスケのために傷つき倒れてゆく仲間たちの想いを胸に、サスケに追いついたナルト。ナルトは友であるサスケを止めるために。サスケはさらなる力を手に入れてイタチへの復讐を果たすために、終末の谷で、２人の想いが激突する!!

それぞれの想いを胸に、テラスの上に立つ各部隊の隊長たちを見つめている戦闘大連隊の８万もの忍たち。一方、潜入偵察小隊がマダラのアジトを監視する中、ついに穢土転生部隊と１０万もの白ゼツの大軍が出撃する。　しかし、戦闘が始まるのは時間の問題というさなか、集結した各里の忍たち同士によるいざこざが起こってしまう。まだお互いを信用しきれていない忍たち。その対立の波紋が広がってゆく中、連隊長兼、第４部隊長の我愛羅が演説を始める。

上空から敵の領地内に入ったカンクロウを隊長とする奇襲部隊のサイやオモイたちは、森の中に本拠地を設営する。一方、領地内から逃げている潜入偵察小隊は“暁”側の奇襲部隊、デイダラとサソリたちの襲撃を受けていた。命からがら逃げ延びてきた偵察部隊のムタがカンクロウたちの前に現れるが、デイダラたちもやってきてしまう。味方の忍を操り、さらに穢土転生でかつての味方を蘇らせて攻撃してくる“暁”。奇襲部隊同士の激突により、戦争の幕が切って落とされる!

穢土転生部隊との戦いを繰り広げる奇襲部隊のカンクロウやサイたちの前に、蘇ったサイの兄・シンが立ちはだかる。傀儡使い同士カンクロウはサソリと戦い、サイは不死身のシンの体を利用したデイダラの爆弾攻撃にかつてない怒りを見せる。戦いのさなか、サイの絵を見て少年時代を思い出すシン。幼い頃から生活を共にさせ兄弟のように育ててから、最後に殺し合いをさせて感情を殺す「根」のシステムの中で生きてきたサイとシンの過去が語られる。

九尾チャクラモードのコントロールに慣れてきたナルトは、ビーの指導により人柱力が使う最強の術を覚えるため、尾獣の修業の最終段階を迎えていた。一方、みたらしアンコを生かしていたカブトを信用していないマダラは、穢土転生の術には本当に生きた体が必要なのか、その術のすべてを説明しろとカブトに問い詰める。輪廻眼を手にしたマダラを相手にするのは不利だと悟ったカブトは自分の思惑を胸に、穢土転生の術の説明を始める。

上空をゆくサイとオモイたちを白が襲撃し、穢土転生で蘇った砂のパクラ、岩のガリ、そして桃地再不斬の血継限界の忍達が迎え撃つ。そんな強敵を相手に窮地に陥るサイたちだが、カカシ小隊とサクラたちが駆けつける。カブトに操られている白は、もう一度私達を止めて下さいとカカシに頼むが、大蛇丸のチャクラを手に入れ強化されたカブトの力により意識が完全に縛られたかつての強敵、再不斬と白がカカシ達に襲いかかる!

敵の手の内を読み反撃に出ようとするカカシたちだが、カブトの穢土転生の術により歴代のどの忍よりも強いとされる者から選ばれた霧隠れ忍刀七人衆が出現し暴れまわる! カカシ小隊にも犠牲者が出る中、過去に決着のついたはずの再不斬と白との無意味で悲しい戦いに終止符をうつため、想いをぶつけあった彼らの死に様を守るため、カカシは決死の作戦をたて完全に意識を縛られた再不斬と白に挑み、かつての戦いの光景が再現される。

我愛羅率いる第四部隊が待機する砂漠の一角に、カブトの穢土転生によって二代目土影、二代目水影、三代目雷影、四代目風影の歴代の影を冠する４人の忍が出現する。さらに臨戦態勢のダルイ第一部隊がいる海岸線には大量の白ゼツとともに、かつての仲間、かつての強敵が現れる。それを感知した忍連合軍本部は困惑し総大将の雷影自ら出撃しようとするがシカマルの父、奈良シカクがそれを阻止し冷静な分析と高い頭脳によって戦況を見極め的確な作戦を立てる。

海沿いの戦場ではダルイ第一部隊と数百もの白ゼツたちがダルイの放った嵐遁（らんとん）の術を合図に一斉に戦いを始める。無数のクナイが飛び交う中、大量の白ゼツに紛れて蘇った木ノ葉の忍・ダンや日向ヒザシ、アスマたちが襲いかかってくる。かつて知り合いだった者や因縁のある者同士、チョウザはダンとアスマを、日向ヒアシは弟・日向ヒザシを迎え撃ち戦場が混沌と化していく中、さらに追い討ちをかけるように最強最悪の大罪人、金角銀角兄弟が立ちはだかる!

雷影も驚愕する程の金角銀角兄弟が戦闘に加わり、雲隠れの忍のアツイとサムイ、そしてダルイがそれに立ち向かう。しかし金銀兄弟は六道仙人の宝具と呼ばれる五つの忍具を操り、過去に二代目火影を瀕死にまで追い込んだ恐ろしい強さをもつ忍だった。果敢に金銀兄弟に立ち向かうアツイとサムイだがその忍具の前に打ち倒されてしまう。１人残され窮地に追い込まれたダルイは強敵を相手に死闘を繰り広げるが、金銀兄弟にはさらに恐るべき秘密が……。

死闘の末、銀角を封印する事に成功したダルイだったがそれに激怒した金角が恐るべき姿に変身する。それはまさに九尾化した人柱力の姿だった！忍連合本部の綱手も驚愕し、どう金角を押さえるか手をこまねくが雷影には秘策があるという。それは金銀兄弟の宝具を逆に利用し封印する作戦だった。しかしそれだけでは封印するのは難しいと悟ったシカクは瞬時に作戦を考え、ある忍たちに指令を送る。その指令を受けたのは木ノ葉の忍、猪鹿蝶の３人だった。

突如、空中から現れて落ちていくサクラ。偶然それを目撃したいのが助けるも、森に落ちた衝撃でサクラは記憶を失ってしまう。里の事もナルトの事も忘れてしまってはいるが、ぼんやりとしたイメージだけは覚えているらしい。サクラが記憶喪失になった事を聞きつけた里の仲間達は、その微かな記憶を頼りにサクラの記憶を取り戻そうと一致団結するが……?

森を逃げる奇襲部隊員たちを蘇ったチヨバアと君麻呂、半蔵らが追撃する。一気にケリをつけようと半蔵が放った毒をくらい追い詰められるカンクロウだが第五部隊の侍と共に侍頭領ミフネが助太刀に現れる。かつては圧倒的な差でミフネを打ち負かした半蔵だが、今は全く太刀打ちする事ができない。それは“貴殿が己の信念を曲げたからだ”と言うミフネの言葉に半蔵はかつての自分を思い出し、侍と忍、互いの信念と信念を懸けた熱き思いが火花を散らす。

いの、シカマル、チョウジたちの目の先には忍連合の忍と戦うかつての師・アスマの姿があった。アスマの元部下でありアスマの事なら誰よりも知っている猪鹿蝶に一番勝機があると見たシカクは３人に過酷な指令を下す。アスマが命を落とした時の最後の言葉を思い出し戦う覚悟を決める３人。アスマと対峙し再会を懐かしむ間もなく戦闘が始まり果敢に挑むが、覚悟が鈍り攻撃する事ができないチョウジはかつてアスマと組手をした事を思い出す。

アスマに叱咤激励され勇気を振り絞り殴りかかろうとするが、戦意を喪失し攻撃する事ができないチョウジ。いの、シカマル、父のチョウザはそんなチョウジを奮い立たせるために自分の思いやアスマが託したもの、そして猪鹿蝶の一族に代々伝わる“耳飾のしきたり”の事を思い出させる。いのやチョウザが自分のために身を挺して戦う中、アスマを殴らない事は優しさではない、そして自分はまさに今変わらなきゃいけないと決意したチョウジは……?

チャクラを遮断する部屋で修業をしているにもかかわらず、ナルトはチャクラモードにより金角の九尾のチャクラを感じ取った。外の事が気になり始め、部屋から出ようとするが意外な人物・イルカがそれを止めようと現れる。かつて自分を認めてくれた人物の説得でもナルトは止まろうとせず外に飛び出てしまうがその瞬間、仙人モードの感知能力によって各地で戦う仲間達のイメージが意識の中に流れ込み、ついにナルトは戦争の事を知ってしまう。

綱手より第四次忍界大戦の開始が近い事を告げられるサクラ。迫り来る戦争の気配を察しているチョウジに、開戦が近い事を告げるシカマル。木ノ葉の面々それぞれが、来るべき戦争を前に、守るべきものの為、静かに覚悟を決めていく。その頃、雲隠れの里では五影が集まり、今後の方針を相談していた。全体決定として人柱力を隠す条件を飲む代わりに、綱手が雷影に願った事とは…。

「人柱力を隠す」という作戦をナルトに気取られぬよう、建前上ナルトに極秘任務を与えて旅立たせる綱手。予言のタコ探しに胸を躍らせつつ、ヤマト、ガイ、アオバとともに船旅に出るナルトだが、突如その前に難題が持ち上がる。出航する湾の出口に船を襲う化物が出現する為、船乗り達が船を出さないのだという。先を急ぐ為、化物退治を引き受けるナルトたちだが――その最中、ナルト達は化物に果敢に立ち向かおうとする一人の青年に出会う。

なれない船旅のせいで船酔いになってしまったナルト、ヤマト、ガイ、アオバの一行。特にひどいのはガイで、一行はひとまず付近の無人島に立ち寄ることにする。ナルトたちはその島で、サクラ、いの、チョウジと出会う。この島は薬草の宝庫といわれる島で、サクラたちは綱手の指示で薬草を集めに来たのだ。ナルトはガイが回復するまでの間、サクラたちの薬草集めを手伝うことにするが、行く先々で見つかるはずの薬草が見つからない。それもそのはずで、薬草はすでに紅州（ベニス）という小国の商忍たちがあらかた採集したあとだった。手ぶらで里に帰ることもできないサクラたちだが、商魂たくましい商忍たちもまた、より多くの薬草を手に入れようとあらゆる手段を駆使してくる。

たちこめる濃霧のために、ナルトたちが乗る船は、海上で立ち往生を余儀なくされていた。暇をもてあました一行は、なぜか怪談話で盛り上がるが、お化けや幽霊の話が大嫌いなナルトは、強がってはみるものの怖くてたまらない。そんな中、霧の中から一隻の船が現れる。ナルトはそれが、さきほどの怪談話で聞いた幽霊船ではないかと思いおびえるが、乗っていたのは幽霊ではなく、ヒシャクという名前の少年水夫だった。だが、それなりの大きさの船でありながら、その船にはヒシャク以外の乗組員がひとりもいない。不審に思ったヤマトがその理由をたずねてみると――。

航海の途中、突然、砲撃にさらされるナルトたちの船。砲撃は巨大な戦艦を思わせる島からのもので、そのあまりの激しさについにナルトたちの船は大破してしまう。この島は、付近の海を荒らしまわる海賊たちのすみかだったのだ。金になるものは鉄くずから人間まで根こそぎ奪い去ろうとする海賊たち。その追っ手から逃れるため、ヤマトが木遁で作り出した即席の潜水艇で海中を進む一行は、偶然、見つけた海底洞窟に、一旦、身を隠すことにする。そこでナルトたちは驚愕の光景を目にする。非道な海賊に怒るナルトは、ヤマトたちとともに奇策を使って海賊に挑む。

相変わらず船酔いがひどいガイが、飛んできた巨鳥に連れ去られた。ガイを助けるため、巨鳥が飛び去った方向にある島へと上陸するナルト、ヤマト、アオバ。早速、ガイの捜索を始めようとするが、そのとき三人はひとりの女性を見かける。話を聞こうと声をかけるアオバ。だが、なぜか女性は逃げるようにその場から立ち去ってゆく。思わず後を追ったアオバは、たどり着いた廃墟にあった資料から、この島に隠された恐ろしい秘密を知る。　一方、アオバと別れ、別の方向を進んでいたナルトとヤマトは、次々と現れる巨大生物やバケモノたちを相手に悪戦苦闘していた。

それは昔、ガイの愛弟子・リーが、必殺技・裏蓮華を習得したお祝いをした翌日のことだった。あまりの喜ばしいできごとに、ハメをはずして飲みすぎたガイは、途中から記憶をなくしていた。それはなぜか夕べ一緒にいたリーも同じで、ふたりとも必死で記憶の糸をたぐりよせる。そしてガイは、漠然と思い出した記憶の中からある結論にたどり着く。どうやら自分はお祝いの席に選んだ店で、酔っ払った挙句、大暴れをするという醜態をさらしたらしい。何とかして師匠の面目を保ちたいガイは、リーの記憶が戻らないようにと、いきあたりばったりのでたらめな修業に巻き込み、気をそらそうとする。

水と食料の補給のため、ナルトたちの船はとある港に立ち寄った。ヤマトの指示で食料調達に向かったナルトは、そこでひとりの野菜売りと出会い、すすめられるまま珍しいキノコを買う。ところが、港での補給を終え、次の航海へと出発した船をとんでもない悪夢が襲う。 はじまりは急に体調を崩したヤマトが倒れたことだった。その後、食糧倉庫に見たこともない毒々しいキノコが大繁殖し、食料はおろか水までもが浸食されていることが判明。だが現在いる海域の特殊な海流のせいで、先を急ぐことも陸に立ち寄ることもできない。ナルトたちのサバイバル生活が始まった!?

数日間続く嵐に翻弄されているナルト達。ナルトは影分身を動員して膨大な仕事を片付けていくが、散々いいようにこき使われ、挙句上から目線の本体ナルトの態度に、影分身達の不満が一気に爆発。本体ナルトを監禁し、待遇改善を要求すべく反乱を起こしてしまう。慌てて影分身を解こうとするナルトだが、術はなぜか解けず――仕方なくヤマト、アオバ、ガイら上忍による救出作戦が開始されるが…

大戦を控え、仲間達の命を預かる責任を重く感じているシカマル。その考えを見透かしたように、シカクはシカマルを遠方の任務に送り出す。それは航路の途中の藻屑島にて、ナルト達と合流し、物資を補給する任務だった。無事目的を果たし、島を出ようとする一行だが、突如船は霧に包まれ、羅針盤の動きが狂い始める。そして襲い掛かる幾つもの危難――なんとかやりすごして海域から脱出しようとするナルト達だが、船は同じ場所を回るばかり。しかもこの現象は幻術ではなかった。

日向一族の集まりに召集されるヒナタ。当主のヒアシは集めた面々に、第四次忍界大戦に向けた一族の体制について説明する。ヒアシは後詰め、ハナビは若すぎるとの理由から、前線ではネジが一族を纏めるよう指示するヒアシ。宗家の嫡子を飛び越えての人選にざわめく日向家の面々をよそに、紅の見舞いに向かうヒナタ。見送るネジの脳裏には、この三年間ヒナタとともに行った修業の日々が蘇っていた…。

海からはなれ、久しぶりに陸を進むナルト、ヤマト、ガイ、アオバの前に「木ノ葉隠れのうずまきナルト」を名乗る盗賊が現れた。しかしその見た目は当のナルトには似てもに似つかない。本人を前に正体がバレ、やぶれかぶれでナルトに戦いを挑む盗賊。そこへ盗賊を追っているという忍者が現れた。実はこのふたりは仲間で、出世を夢見て名前を売るため、あちこちで自作自演の大捕り物を繰り返していた。そんなこととはつゆ知らないナルトたちは、現れた男に盗賊の身柄を渡し先を急ぐ。だが、「盗賊・うずまきナルト」のウワサは思いのほか広がっており、そのせいでナルトをかたるふたりは窮地に立たされる。

大戦を前に、木ノ葉隠れの里は準備に追われていた。　緊張感の高まる里の様子にいつになく気持ちがたかぶり、自分も先輩忍者たちとともに戦場で敵と戦い手柄を立てようと意気込む木ノ葉丸。だが、まだ若く、見習いの身である下忍の木ノ葉丸が戦場にかりだされるはずもない。そこで、仲間のウドンやモエギを巻き込んで、どうしたら手柄を立てられるかについてサクラやシマカルたち先輩忍者の話を聞こうとする。だが、誰ひとりとして取り合ってくれず悔しい思いをするのだった。ウドンとモエギは功を焦る木ノ葉丸のことを心配するが……。

とある港にたどり着いたナルトは、女性ばかりの忍者の里・撫子（なでしこ）の里の次期里長・シズカとその従者・トキワと出会う。聞けばふたりは自来也の弟子を探しているという。撫子の里では、里長になるくノ一が、自分と戦って勝った男を婿にむかえるというならわしがあり、数十年前には自来也が、先代里長の婿候補となったことがあった。だが、そのときは戦いの決着がつかず、ふたりは勝負を自分たちの弟子に託した。　師匠たちの勝手な取り決めにより、シズカと戦うことを強要されるナルト。だが、お互いの気持ちを無視した婿選びのやり方に納得がいかず……。

木ノ葉隠れの里で忍者アカデミーの生徒たちを指導するシノは、生徒の質問に答えるため、自分がまだ下忍だった頃の思い出を話し始めていた。あるときシノたち第八班は、ターゲットの盗賊忍者を追い詰めたものの取り逃がしたことがあった。その原因のひとつは、シノが敵に弱点をつかれたことだった。気を落とすシノを心配するキバとヒナタ。そんな三人に恩師の紅は、里の温泉地に行くよう指示する。温泉地でキズを癒しながら、キバやヒナタと修業に励み、苦手だった接近戦にも対応できるようになってゆくシノ。そんなとき、シノたちが取り逃がした敵が近くにいるとの報せが入る。だが、自分のいたらなさで任務に失敗したことを気にするシノは、キバやヒナタの仲間として戦うことにまだ迷いがあった。

大戦に備え、リーの八門遁甲を強化する修業に付き合うテンテン。テンテンが放った金属人形を持ち上げるべく、滝つぼに飛び込むリーだが、なかなか水面に浮上してこない。「さっさと上がってきなさいよ、リー！」仲間の力を信じ、声の限りに激励するテンテン。滝つぼを見つめるテンテンの脳裏には、少女時代に描いていた夢と、努力と熱血で走り続けたこれまでの日々が蘇っていた。

束の間の休息に、復興途中の里の散策をするサイ。壊れた民家に咲く見事な梅の花に誘われ、敷地内に入って行くと、縁側に詰まれた古い白地の襖が目に入った。その解体を待つ屋敷のふすまを前に、思いついて墨と絵筆を構えるサイ。サイはサクラやナルトと過ごした今までの日々、そして第七班の本当の仲間となった、とある任務の事を思い出していた。

偶然出くわした子供達のけんかを、見事な連携で止めるいの、チョウジ、シカマル。すると一部始終を見ていた老下忍のコスケが三人の連携を褒める。以前、コスケはアスマ率いるいのシカチョウの連携術に危うい所を救われた事があったのだ。当時を懐かしむシカマル達に、コスケは木ノ葉崩しの最中にコスケの命を救った、もう一つの「フォーメーションいのシカチョウ」の話を聞かせるが…。

いつの間にか大きく開いてしまった『里の英雄』ナルトとの差に、歯がみするキバ。差を縮めるべく赤丸と共に修業に励むが、なかなか成果が出ない。思い余って、通りかかったカカシに修業を願い出るが、生憎カカシは所用に追われていた。しかしキバの思いを汲んだカカシはキバの修業相手とするために八忍犬を口寄せする。拍子抜けするものの、早々に八忍犬を倒し、カカシ本人に修業をつけてもらおうと意気込むキバはパックン達に挑んでゆくが――

最後の補給地を前に、旅の終わりが近い事を感じるナルト達。ここまで来ればもう安心だと安堵するガイとアオバだが、油断は禁物だと注意を促すヤマト。噂では最近、チャクラまでもコピーする変化の術があるという。気を引き締め、見張りに立つガイだったが――その晩、うたた寝しているガイの元に現れたのは…。

水の国領内の小島にて最後の補給を行うナルト達。同じ頃、土隠れの赤ツチと黒ツチは水影宛の書状を携え、土影の使者として同じ島に降り立っていた。しかしそこへ突如、霧隠れの忍たちが襲い掛かる。通りかかったナルト、迎えに来た長十郎が助太刀に入るが、仲間の一人が深手を負ってしまう。この襲撃を企てたのは霧の上忍、巌流。巌流はヨスガ峠の悲劇と呼ばれる、ある事件の生き残りだった…。

跡形もなく崩壊した木ノ葉の様子に唖然とする雲隠れのサムイ小隊。ともかく雷影より預かった書状を火影に渡そうとするが、現れたダンゾウは自分が新たな火影である事を告げ、書状を受け取るのだった。一方、駆けつけたキバにより、倒れた綱手のかわりにダンゾウが火影になった事、さらに抜け忍としてサスケを始末する許可を出した事を聞くナルトとサクラ。憤り、ダンゾウに撤回させようとするふたりだが、カカシは逸る二人を制止する。

雲隠れのカルイ、オモイに連れられ、サスケについての情報を渡せと迫られるナルト。二人が師匠を想う気持ちに打たれ、一度は情報を渡す事を了承したものの、やはり仲間を売ることはできないと思いとどまる。その代わり、気がすむまで殴ってくれと申し出るナルトに向かって、容赦なく拳を叩き込んでいくカルイ。無抵抗に殴られ続けるナルトを見つめる、サイの胸中にあるものとは――。一方、火影となったダンゾウは五影会談に出席する為、根の者の中から手練れの護衛を呼び出すのだった。

各里の人々に見送られ、五影会議へと旅立っていく五影たち。同じく議場へと向かうダンゾウは、道中、謎の忍達の襲撃を受ける。戦闘にてこれを殲滅するダンゾウは、なんとしても今回の会談を成功させ、火影としての足場を固めようと考えていた。一方、雷影にサスケの助命嘆願をするため、ヤマト、カカシと共に旅立つナルト。五影会談の開催前に雷影に接触すべく、サムイ達の尾行を開始するが…

雷影と対面するナルト、カカシ、ヤマト。サスケ抹殺に始まる復讐の連鎖を食い止めるべく、土下座してサスケへの処分撤回を嘆願するナルトだが、雷影はまったく取り合わなかった。無力感の中、涙を流しうなだれるナルト。一方、五影会議開催国である鉄の国に次々と到着する五影たち。それぞれの思惑を腹に抱えたまま、互いを訝る剣呑なの空気の中、五影会議が幕を開ける。

暁に対抗する為、忍連合軍の結成を呼びかけるミフネ。連合軍の指揮を火影に持たせたいと提案するが、それはダンゾウの策略によるものだった。ダンゾウは右目に人を意識下で操る瞳術の使い手であった、うちはシスイの瞳を隠していたのだ。一方、木ノ葉の里ではサクラの元をサイが訪れていた。告げられたナルトの行動に驚くサクラに、サイはサスケ同様、サクラもまたナルトを苦しめているのではないかと問いかける。

突如、ナルトの前に現れたマダラ。カカシとヤマトは戦闘に突入するが、ナルトに興味が出てきたと語るマダラは、ナルト達にイタチの身に起きた真実を語り始める。一方、鉄の国ではサスケ達の侵入に気付いた侍たちと鷹の面々の戦いが繰り広げられていた。次々と侍達を薙ぎ払いながら、標的であるダンゾウを探すサスケだが――その眼前に、怒りを滾らせた雷影と雲隠れの忍達が立ちはだかる。

マダラからイタチの真実を聞かされ、茫然とするナルトたち。更にマダラは伝説の六道仙人とその後継者である二人の息子に端を発する、永劫に続く憎しみの呪いとうちは一族の関係を明かすのだった。一方、鉄の国ではダンゾウを狙うサスケと迎え撃つ雷影が、互いの身を削る、激しい死闘を繰り広げていた。『天照』の黒炎をものともせずに攻撃を仕掛ける雷影だが――突如、両者の間に風影・我愛羅が割って入る･･･

我愛羅、テマリ、カンクロウ、ダルイによる総攻撃を『須佐能乎』で防ぎ、フロアそのものを破壊するサスケ。感知能力を持つ香燐を引きつれダンゾウのいる会場を目指すが、襲撃の混乱の中、ダンゾウ一行は会場から姿を消してしまう。すぐさま追おうとするサスケだったが、その前に水影が立ち塞がった。水影と土影の二人を前に、サスケは新たな戦いへと突入する。

突如、目の前に現れたうちはマダラに驚く四人の影たち。マダラは救い出したサスケを時空間忍術で隔離すると、自らが掲げる『月の眼計画』の詳細について語り始める。マダラは九匹の尾獣のもととなった化物『十尾』を復活させ、自らその人柱力となり、世界を幻術にかけるつもりだという。「残り二匹の尾獣を差し出せ」との要求を拒否する四人の影達に、マダラは第四次忍界大戦を宣戦する。

マダラの宣戦布告を受けた影達は雷影を長とし、忍連合軍を結成。早速、大名の承認を求める事になる。その頃、鉄の国の宿屋ではナルトの元にサクラたち一行が到着していた。サクラがナルトに切り出した「大事な話」の内容に驚くナルトだが――。また同じ頃、遠方の地では演歌忍者キンちゃんに弟子入りしているキラービーの元に招かれざる客、暁の干柿鬼鮫が到着していた…

八尾入手の為にやってきた鬼鮫との死闘を繰り広げるキラービー。尾獣のチャクラをまとい戦うが、大食いの鮫肌は次々とビーのチャクラを喰らい、刀身を巨大化させてしまう。鮫肌は敵対する者のチャクラを奪い、刀の持ち主のスタミナにする能力を持っていたのだ。鮫肌より強大なスタミナを得た鬼鮫は、『尾のない尾獣』の真の実力を見せ付ける。一方その頃、逃げたダンゾウを追う青は、ダンゾウ配下のフーが仕掛けた恐るべき罠に捕らえられていた。

サイの墨分身からサクラが言えなかった真実を聞くナルト達。サスケを想うが故に、一人でサスケを殺す事を決意したサクラの壮絶な覚悟にナルトはただ絶句する。そこに到着し、五影会談で起きた事件のあらましを伝える砂の三兄弟。我愛羅は自らの方針を伝え、「サスケの友としてナルトがすべき事」を問いかける。一方その頃、追っ手から逃れ先を急ぐダンソウたちの前に、突如マダラが現れた。

風影達からの情報を受け、今後の行動を決めるカカシ達。カカシがサクラを止めに向かい、ヤマトとナルトは先に里に戻る事になるが、一連の出来事に苦悩するナルトは過呼吸の発作を起こし、倒れてしまう。その頃、サスケは因縁の敵ダンゾウと対峙していた。ダンゾウの右手から現れたあまたの写輪眼に激怒するサスケは「イタチにうちは一族を抹殺させたのは本当か」と真実を確かめようとする。

攻撃が通じない、ダンゾウの不可思議な術に翻弄されるサスケ。途中ダンゾウの呪印に動きを封じられるも、須佐能乎を完成させ、さらなる攻撃を仕掛ける。その中にできた一瞬のヒントに注目し、ダンゾウの術分析を始める香燐。間違いないと確信を得るマダラ。ダンゾウが用いているのはうちは一族の中でも禁術とされていた瞳術イザナギ――代償と引き換えに幻と現実の狭間をコントロールできる究極の幻術だったのだ。

ぶつかり合い、互いに刺し違えたかのように見えたサスケとダンゾウ。勝負はイザナギを使うダンゾウの勝利に見えたが、ダンゾウは一瞬の隙を突いたサスケの幻術に落ちていた。イザナギの有効時間が既に尽きていた事を知らず、深手を負うダンゾウ。そして制御できなくなった初代火影の細胞が暴走を始める。目的の為何とか生きのびようとするダンゾウは、香燐を人質に取るが――

仲間達とともにサスケの行方を捜すサクラたち。鋭い嗅覚でサスケの居所を突き止めるキバ。するとサクラは突如、皆を眠り玉で眠らせようとする。サクラが始めからサスケを一人で倒す気でいた事を知り、憤るキバとリー。しかしサイがカカシの命によりサクラ、リー、キバをその場にとどめようとした事から仲間割れが起きてしまう。だがその隙を突いて動き出すサクラ。サスケの元にひた走るサクラの胸に、懐かしい思いが蘇る。

過呼吸の発作から、宿での休息を余儀なくされるナルト。友としてサスケにすべき事はなんなのか。じっと考え込むナルトの脳裏に、少年時代から続く、さまざまな出来事が思い起こされる。今は何も知らなかった少年時代とは違う。大切なモノを得た喜びと、それを失う痛みを経験したナルトが導き出す答とは――。ナルトは宿を抜け出し、サクラとカカシの後を追ってサスケの元に走り出す。

サスケの元に辿りつき、サスケに同行して里を抜けると宣言するサクラ。その行動を疑うサスケは「自分の望みは木ノ葉を潰すこと」と伝えた上で、瀕死の香燐に止めをさしたならサクラの行動を信じると提案する。代わり果てたサスケの言動に息を呑むサクラ。クナイを握り締め、香燐を前に逡巡するその背中に、突如、殺意のこもったサスケの千鳥が襲い掛る。――しかし、間一髪でカカシが駆けつける。

あわやという所で、サスケからサクラを奪い返すナルト。サスケの行動をとがめるナルトに、サスケは自らの手でダンゾウを殺めた事を告げる。うちは一族を穢した木ノ葉の全てを殺しつくし、うちはを浄化すると宣言するサスケ。その闇の深さに言葉を失うサクラ。カカシは師である者の勤めとして二人を逃がしサスケと闘おうとするが――隙を突かれてナルトに止められてしまう。制止を無視して、サスケ目掛けて突っ込んでいくナルト。迎え撃つサスケ。今、渾身の螺旋丸と千鳥がぶつかりあう。

「一流の忍同士なら拳を交えただけで互いの心の内がわかる」かつて終末の谷でのサスケの言葉のままに、サスケの心の内を読み取るナルト。それはサスケも同様だった。自分達は一流の忍となったと告げるナルトは自分達が戦えば二人とも死ぬのだと告げる。死の覚悟を持って憎しみの全てを自分にぶつけろと語るナルト。苛立ちを噛み締めるサスケの問いかけに対する、ナルトの答とは――

雷影に連れられ、雷の里に帰還するビー。感涙するオモイとカルイと久々の対面を果たす。ビーに懐き、側を離れようとしない鮫肌だが…その行動の影には暁の思惑があった。一方その頃、香燐を連れ、眠らせた仲間達を回収して木ノ葉へ向かおうとするナルト達。しかし目覚めたサイの舌からは呪印が消失していた。ダンゾウが死んだため、術が解けたのだ。同じ理由でダンゾウの死に気付く木ノ葉の根の者達。木ノ葉に静かな動揺が広がってゆく

中継会談で忍連合軍を承認する五大国の大名たち。影たちはそれぞれの里への帰還し、すぐさま戦争の準備へと動き出す。上役達に召集をかけ、これまでの経緯を説明する我愛羅。五影会談に容易く潜入した暁の力と、ダンゾウの死の報告に戦慄する忍達。我愛羅はマダラの抱く野望を語り、この戦いに勝たねば世界は終わると告げる。同じ頃、木ノ葉に到着するナルト達。ナルトは出迎えるシカマルに、仲間達を集めるよう頼む。

集めた仲間達にサスケは自分一人で倒すと宣言するナルト。釈然としない仲間達だが、ナルトはそれ以上を語らない。一方そのころ、カカシは火影不在の事態を打開する為、木ノ葉の上役たちから正式に火影就任の打診を受けていた。そこへカカシを永遠のライバルと呼ぶガイがやってくる。久々に真剣勝負をカカシに持ちかけるガイ。しかしそれは深い覚悟故の事だった。激しく火花を散らす、上忍ふたり。その勝負の果てに待ち受けるものとは――？

妙木山にて、自来也より託された四象封印の鍵をどうするべきか話し合う、ガマ寅、フカサク、大ガマ仙人。鍵であるガマ寅がナルトに蔵入りするのが自来也の遺言ではあったが、それは九尾が暴走しかねない危険な行為でもあった。答を得る為、ナルトを呼び寄せ、予言を与える事にするが…。その頃、昏睡から目覚めた綱手は事態を把握し、戦争への準備を開始する。

妙木山にて予言を受け、ガマ寅を自分の中に蔵入りさせる事になるナルト。しかし、蔵入りを前に不安を覚え、思わず手を止めてしまう。九尾のチャクラには憎しみの塊である九尾の意志がついてくるものであり、自分を強く保とうとしてもそれを制するのは容易ではない。ナルトが負ければ、この世に九尾が完全復活してしまうのだ。恐れ、逡巡、後悔、決意。そしてナルトが選び取る選択とは――？　一方その頃、遠方の地ではマダラとカブトが接触を果たしていた

ペイン戦で瓦礫の山と化してしまった木ノ葉の里。復興の為、アカデミー跡地を片付けようとするイルカは、校門前にあったブランコのついた木が無事である事に気付く。それはいたずらっ子だったアカデミー時代のナルトがよく乗っていたものだった。イルカは当時のことを懐かしく思い出す。当時新米教師だったイルカは、火影・ヒルゼンより押し付けられた問題児ナルトに手を焼いていた。九尾に両親を殺された過去を持つイルカだが、憎しみを押さえ込み、あくまで一生徒として距離を置いてナルトに接しようとするが…

ことあるごとに優等生のサスケに噛み付き、逆にクラスの笑いものになる日々を送っているナルト。しかしイルカは自分の両親を奪った16年前の九尾襲撃事件のトラウマから、ナルトに教師としてうまく接する事ができないでいた。たわいない悪戯を上手にいさめる事ができず、ついにナルトは「もうアカデミーにはいかない」と宣言し、学校に来なくなってしまう。自信を失い、三代目に担任を外してくれるよう頼みにイルカだが…。しかしヒルゼンはそんなイルカを冷たく突き放すのだった。

木ノ葉の森では昨晩、侵入しようとした他国の忍との戦闘があった。まだ森が危険な状態にあるとも知らず、ナルトはクラスメイト達の「仲間」に入れてもらうため、忍者の死体から戦利品を奪おうと森に入ってしまう。すぐに追いつき、連れ帰ろうとするイルカだが、ナルトは激しく拒絶する。ナルトの抱える孤独を垣間見、ハッとするイルカだったが…。その時、仲間の密書を探していた敵の忍達がナルトとイルカに襲い掛かる…！

ペイン戦直後、火の国の大名殿では、大名の前にご意見番、ダンゾウ、シカク、などの重役が集まり、木ノ葉の里復興の為の会議が行われていた。ダンゾウは倒れた綱手に代わる新たな火影を選出すべきと提案するが…。一方、木ノ葉の里ではカカシとナルトが綱手の見舞いに訪れていた。意識が戻らない綱手を案じるナルト。その横顔を目にしたカカシは第7班結成直前の、とある出来事を思い出す。

手分けして、里の復興作業に取り掛かる忍達。ヤマトの木遁忍術で更地に建物を建築してゆくも、再生までの道のりは遠く思えた。そんな中、ナルトとサクラは懐かしい人物に遭遇する。それはかつて波の国で出会った大工、タヅナとイナリだった。二人は他の大工仲間と共に、木ノ葉復興の為、駆けつけたのだという。再会を喜ぶナルト達は波の国の任務直後に起こったある事件に想いを馳せる。

イナリ、タヅナと久々の再会を喜び合うナルトとサクラ。二人は波の国の任務のすぐ後に巻き込まれたある出来事を思い出す。約三年前、「逃げ出したダチョウを捕まえて連れ戻す」というＤ級任務を終えた第七班が立ち寄ったとある宿場町では、無念の死を遂げた親戚の仇を討つべく、ツカドという男が犯人の男（カタズ）に仇討ちを仕掛けようとしていた…。

木ノ葉壊滅の報は砂の国にも届いていた。自国に有事が起こった場合に備え、一人黙々と傀儡を仕込むカンクロウ。するとそこに我愛羅とテマリがやってくる。同盟国である木ノ葉の惨状を案じるカンクロウとテマリに、「あの里にはうずまきナルトがいる」と呟く我愛羅。その脳裏に、木ノ葉崩し後にナルト達木ノ葉の第七班と共同で行った、ある任務での出来事が蘇る…

綱手の看病をしているサクラの元を訪れるナルト。戦いでの疲れを微塵も感じさせないナルトの元気な様子に、サクラは昔里で起きたある騒動の事を思い出す。三年前、サクラが突如高熱に襲われ、倒れた事があった。その症状はある村で発生した「忍のチャクラを熱に変えてしまう謎のウイルス」による症状と酷似しており――最後にサクラと接触したナルトには、その村を訪れた記録があったのだ…

里の復興の為、必要な忍具を調達しに「木ノ葉忍具研究所・分室」を目指すテンテンとネジ。人里離れた山中にある施設を目指す二人は、かつて研究所を訪れたときに起きたある事件の事を懐かしく思い出す。当時、怪我の治療の為任務につけないリーの代わりにナルトを加えた三人一組で研究所に赴いたテンテンとネジは、風変わりな忍具研究者イオウとその助手ショウセキに迎えられるが…

とある森の中、ひしめく子供ダチョウを前に立つ風格ある一羽のダチョウ――名はコンドル。コンドルはかつてナルト達第七班が捕獲したダチョウである。しかし逃亡を繰り返し、修業を重ねたコンドルは今では人語を操る忍ダチョウに成長していた。興味津々の子ダチョウ達を前に、コンドルはナルトと繰り返した闘争の歴史を語り始める…

中忍試験で我愛羅戦に受けた傷が癒えず、ロック・リーが入院生活を余儀なくされている頃。ふとしたことから、ナルトはリーのためにガイが作成した特性青春ドリンクを飲み干してしまう。慌ててガイにドリンクの追加作成を依頼するが、そのために必要な薬『徐福草』の在庫は切れてしまっていた。次の任務の行き先が徐福草の生息地だと知ったナルトは、リーのため、徐福草の入手を決意するが…

里を抜けたサスケを取り戻す為、暁から己を守る術を身につけるため、自来也と共に修業の旅に出たナルト。写輪眼が得意とする幻術への対抗策を身につけさせようと考える自来也は、昔世話になったという村へナルトを連れて行く事にする。村を囲む樹海には特殊な磁場があり、脳内のチャクラに影響を与え人々を幻術に似た状況に陥れるのだ。到着した自来也は顔見知りの少年タニシと再会するが…。

村は雨隠れの半蔵の右腕であった忍、カンダチによって人質を取られ、完全に支配下に置かれていた。村を救おうと立ち上がるナルトと自来也だが、雨忍の報復を恐れたタニシがナルト達の正体をばらし、作戦を台無しにしてしまう。怒り狂い、人質を口寄せの生贄にしようとする雨忍達。力を合わせ、村人達を救おうとするナルトと自来也だが、カンダチの口寄せ・貝螺王の能力に追い詰められていく――

猫科の肉球スタンプを集めた書『肉球大全』を完成させるため、サスケ達第七班に最後の一枚を取ってくるよう依頼する武器商人の猫バア。Ｄランク任務の為、カカシ抜きの７班が任務に向かう事になるが、その最後のターゲットというのは忍猫界の裏を仕切る超大物・猫又だった。難攻不落の砦に守られ、数多の忍猫を従える猫又の元に潜入する為、ナルト達がとった秘策とは。そしてその任務には衝撃の秘密が隠されていた…

ヤマの隊に参加し北の国境パトロールに赴く事になる。しかし隊には、とても忍には見えない鉄鍋を背負った老人がいた。名はコスケ。万年下忍の異名をとるコスケは五十年も下忍として働いているのだという。夜営を続けながら警戒を続けるナルト達だが――襲撃をかけてきた敵の規模は、予想を遥かに超えるものだった。

任務帰りのナルト達第七班は、暗部に引っ立てられて行く美しい女性を目撃する。名はハナレ。女芸人に扮して木ノ葉の情報を探ろうとしていたくノ一だという。ハナレの任務内容と背後にある里を調べるべく、早速情報部の面々によって、ハナレの尋問が開始されるが、強情ハナレはけして口を割ろうとしない。ならばといのいちが直接ハナレの脳内に探りを入れると、そこにはなぜか幼い頃のカカシの姿が映りこんでいた…。

中忍試験本選の最中、ナルトに敗北したネジは医務室で傷を癒していた。気遣ったテンテンが見舞いに訪れたその時――大蛇丸による木ノ葉崩しが勃発する。里が混乱の坩堝と化す中、客席に駆けつけるネジとテンテンは傷つき倒れた日向の長老を発見する。長老は試合観戦に来ていた雲の忍二人組によってヒナタが連れ去られた事を告げ、ネジに白眼の奪還を命じる。テンテンと、キバと赤丸が任務に加わり、基本小隊でのＡランク任務がスタートする。

自主練を終えた帰り道、岩に張られた奇妙なお札を発見するナルト。深く考えずに剥がして帰るが、その晩寝ていると、枕元に男の幽霊が現れる。ビックリするナルトだが、幽霊のほうも自分がお化けになっている事に驚いている様子。なんと幽霊は記憶喪失だったのだ。お札に残っている文字から幽霊の名が「寄介」である事はわかったが――。一方その頃、木ノ葉の里では新たな警備網を実現すべく、重大な会議が行われていた。

大名の妹が大切にしている黄金像を取り戻す為、盗賊を追う第七班。二手に分かれる必要があるため、連絡手段を残してカカシが去った所で、件の盗賊団が目の前に現れた。指示通りカカシに連絡しようとするサクラだが、功を焦ったナルトとサスケが飛び出してしまう。結果、黄金像は取り戻せたものの、連絡手段は奪われ、サクラが人質となってしまった。更にまずい事に、敵の術によってナルトとサスケの手はゴムボールに包まれ、完全に繋がってしまい…。

長年盗賊団の被害に悩まされているとある村に派遣される、第七班と第十班の面々。断崖にあり、天然の要塞と化した盗賊のアジトを叩く為、上忍のカカシとアスマは潜入ルートの確保に出向く。残された下忍たちだが――その目前で、寝返った元盗賊団のトウフウが敵にさらわれてしまう。のっぴきならない事態に緊張する下忍達。知将と呼ばれるバジ率いる数十人の盗賊と、人質、頑強な砦を前に「策士」シカマルが打った手とは――

ナルトの驚異的な成長に焦りを覚えるサスケ。イタチに歯が立たなかった己のふがいなさに苛立ち、ナルトとの対立を深めつつあった。このままでは任務に支障をきたしかねないという綱手の判断で、サスケとナルトに別々の任務を与えて、冷却期間を設ける事に…。ナルトとサクラは大名縁者の娘ナホを村まで送るという任務につくが、何故かナホは護衛をサスケに頼みたいと駄々をこねる。一方、火の国領内に入り込んだ忍の偵察に出るサスケとカカシは、とんでもない事実に突き当たっていた。

任務から帰ったナルトはイタチとの遭遇時に起こった不可解な出来事を回想していた。既に死んだとされるイタチが何を言いたかったのか。考え込むナルトのもとに、突如尋ねてくるカカシ。有無を言わさず火影邸への呼び出しを受けるナルトに告げられた衝撃の知らせとは――。一方、その頃サスケは捕らえた八尾をトビに引き渡していた。傷を癒し、木ノ葉に向かうと宣言するサスケの背に、トビはサスケと交わしたある会話を思い出していた。

自来也を失った深い悲しみの中、木ノ葉の町をさ迷い歩くナルト。深い喪失感から立ち直れずに、自来也との懐かしい思い出を辿っていく。失意の中にいるナルトを立ち直らせたものとは…。一方、綱手もまた盟友の死に衝撃を受けていた。しかしフカサクより自来也が遺したペインの情報を託され、ペイン攻略の手がかりを掴む事を誓うのだった。

自来也の遺した暗号の解読に取り組むナルト達。ナルトが持っていた情報をきっかけとして、遂に自来也の遺したメッセージにたどり着くナルト達。さっそくフカサクを呼び出すが、その情報だけではペインの謎を解く事は難しかった。雨忍の尋問と持ち帰ったペインの死体の解剖を待つ事になる一同だが…。自来也の仇を討つという決意を滲ませるナルトに対し、フカサクは意外な提案を持ちかける。

妙木山にて、フカサクより仙術の修業を受けるナルト。その第一の課題は『動くな』と言うものだった。自然エネルギーを取り込むには膨大な時間がかかるという。修業時間の制限があるナルトが難色を示すと、フカサクは時間短縮のための秘策を提案。しかしその修業法にはとんでもない危険が潜んでいた。ナルトは無事修業を続けることができるのか。そして仙人になれる者の条件とは…

妙木山にて仙人修業を続けるナルト。しかしなかなかはかどらない修業に業を煮やしたフカサクは、ナルトに次なる修業を提案する。それは若き日の自来也もこなしたという過酷な修業だった。俄然やる気になるナルトだが、果たして仙人モードを完成させる事ができるのか…。一方その頃、遠方では八尾を狩り終えた鷹の面々が休息を取っていた。しかしその行動は雷の国の忍・ジェイにより監視をうけていた。弟の八尾をさらわれたと知り、激怒する雷影だが…。

自来也が持ち帰った情報の解析を待つシカマル達。情報解析を進める木ノ葉の面々だが、その時、里の各地で異変が起きる。白昼堂々、木ノ葉の結界を破ってペイン六道が襲撃を開始したのだ。突然の来襲に事態が飲み込めず、騒乱に飲み込まれてゆく木ノ葉の住人達。忍達も反撃を開始するが、ペイン達の攻撃はあまりにも強力だった。一方その頃、妙木山ではナルトがフカサクより無敵にみえる仙人モードが抱える、重大なリスクについての説明を受けるが…。

ペインと小南の激しい攻撃にさらされる木ノ葉の里。暁による襲撃の報を受けた綱手は、フカサクに連絡をとろうとする。しかしダンゾウに炊き付けられたご意見番のホムラとコハルはナルトを呼び戻す事に強く反対するのだった。あくまでナルトを戦争抑止の道具とみなそうとするホムラたちの言動に激怒する綱手は反対を押し切り、木ノ葉を守る一人の忍として、うずまきナルトを呼び戻す事を決めるが…。

里の一角でペイン天道との戦いに突入するカカシ。しかし天道の不可思議な攻撃を前に苦戦を強いられる。更にそこに修羅道が加わり、二対一の不利な戦いに追い込まれていくが、窮地を救ったのは駆けつけた秋道チョウザ率いる小隊だった。闘いの中で天道の能力は『引力』と『斥力』である事を見抜くカカシはチョウザ、チョウジ親子と連携して、二体のペイン攻略作戦を決行する。カカシが見抜いた天道の術がもつ弱点とは――

暁の猛攻にさらされる木ノ葉の里。その地下ではダンゾウが己の野望の為、行動を開始していた。一方、情報部にて雨忍の脳内を探っていた山中いのいちは、重大な情報を掴もうとしていた。駆けつけたシズネが持つ情報と照らし合わせ、ペインの正体の謎に迫ろうとするが、突如、畜生道と人間道が情報部の襲撃を開始する。ペインの正体に迫る為、暗号部のもとへ急ごうとするいのいちとシズネに代わり、イビキ率いる暗部の精鋭が畜生道の前に立ち塞がる。

故郷の惨状に衝撃を受ける木ノ葉丸とモエギとウドン。しかし下忍としての責務――人々を安全な場所に誘導する――を果たす為、それぞれ走り出してゆく。瓦礫の下から里人を救出する木ノ葉丸だが、その先でペインの一人、地獄道と鉢合わせしてしまうことに。地獄道の恐ろしい術に度肝を抜かれる木ノ葉丸。しかしその危機に駆けつけたのは、木ノ葉丸の師であるエビスだった。木ノ葉丸を逃がす為、命を賭して戦うエビス。その姿を見た木ノ葉丸の胸に、ナルトと交わしたある約束が蘇る…

火影邸の屋上にてペイン天道と対峙する綱手。九尾を渡すよう迫るペインの要求を拒否する綱手だが、ペインは遠く離れた人間道の能力を使い、ナルトの居所は妙木山であることを看破する。次々と増えてゆく木ノ葉の犠牲に歯がみする綱手。しかし大国である木ノ葉の思い上がりを責めるペインは、真の痛みを思い知らせる為――木ノ葉に壊滅的ダメージを与えることを選択する。

異変を察知し、フカサクと共に妙木山から駆けつけるナルト。しかしそこで目にしたのは原形をとどめることなく破壊しつくされた木ノ葉の里の姿だった。あまりに甚大な被害に我を忘れ、激昂する綱手だが、既にそのチャクラは里人の命を救うカツユの術によって底をついてしまっていた。仙術の力によって遠く離れたカカシの死を感知したナルトは極限の怒りと悲しみを胸に――遂にペインとの闘いに身を投じてゆく！

仙術により完成した、風遁螺旋手裏剣を叩きつけるナルト。ペイン人間道を倒す事に成功するが、残りの複数のペイン達がナルトの前に次々と立ちはだかる。シカマルら仲間達はナルトの戦いに気づくが、加勢しようにも、仙術を身につけたナルトの側で戦う事は足手まといに他ならず、静観を余儀なくされてしまう。畜生道の巨大口寄せ動物の攻撃をガマブン太、ガマヒロ、ガマケンが迎え撃ち、フカサクとシマが輪廻眼の繋がりを断ち切るために動き出すが――そんな中、ナルトの仙人モードが切れる瞬間が刻一刻と迫りつつあった…。

ガマブン太たちが倒され、ついにペインに押さえ込まれてしまうナルト。仙人モードで対抗しようとするが、餓鬼道にチャクラを吸収され、仙人モードを強制解除されてしまう。フカサクは自来也の時同様に、ペインの輪廻眼の繋がりを断ち切るため、シマと共に幻術の準備を始めるが…。一方、シズネの死に報いる為にも、ペインの本体を見つけ出す事を固く誓うシカマル達。更なる情報収集を始めようとしたその時、山中いのいちが気付いた重大な事実とは…。