glee/グリー

マッキンリー高校のスペイン語教師ウィルは、かつて同校のグリー部に在籍し、優勝した経験を持っていた。今やすっかり落ちぶれたグリー部の顧問がクビになったことを知った彼は、校長に掛け合い自腹で部を存続させることになる。しかし部員募集に集まってきたのはクセのある生徒ばかり。レッスンでもまとまりがなく、中でもレイチェルは自己主張が強くウィルは頭を抱えてしまう。そんなある日、フットボール部のクォーターバック、フィンの歌声を偶然聞いたウィルは彼の才能に惚れ込みフィンを入部させる。日増しにグリー部に夢中になるウィルだが、その矢先に妻テリの妊娠が発覚。ウィルは生活のため仕方なく教師を辞める決意をするが、音楽への未練が断ち切れずにいた。そんな彼の耳にひたむきに練習しているグリー部員たちの歌声が響いてくる……。

州大会優勝が部の存続の条件となっているグリー部だが、州大会出場には最低12人のメンバーが必要だった。ウィルは部員を集めるため新たな曲を全校生徒の前で披露することにするが、彼が選んだ曲に不満だった部員たちは、勝手にセックスをテーマにした曲に変更してしまう。生徒たちには大うけしたが、グリー部を敵視しているチア部の顧問スーはこれを糾弾。問題山積のグリー部に加え、部の活動にいい顔しない妻テリのプレッシャーもあり、ウィルは苛立ちを募らせる。そのテリは産婦人科で自分が想像妊娠だったと知らされるが、事実をウィルに言えずにいた。一方フィンの恋人でチアリーダーのクインは、フィンをレイチェルに奪われるのではないかと危機感を募らせ、スーに相談する。スーは彼女たちをスパイとしてグリー部に入部させ、内部崩壊を画策するのだった。

グリー部に入部したクインたちの策略で、レイチェルに新たな振付師を雇うよう提案されたウィル。自信を失くした彼はスクール・カウンセラーのエマに相談する。エマはウィルのことが好きだったが、彼を諦めるためフットボール部のコーチ、ケンと付き合うようになっていた。そんな時、偶然教師仲間たちの歌声を聞いたウィルは、自信を取り戻すため仲間たちとアカフェラスというボーカル・グループを結成。ステージは大好評でウィルは夢中になるが、次第に彼はアカフェラスの活動を通して、自分はやっぱり教師なのだと再確認するのだった。その頃、メルセデスはクインたちに唆され、ゲイのカートに恋をしてしまう。レイチェルたちは忠告するが彼女は聞き入れない。メルセデスの気持ちを知ったカートは、自分には他に好きな人がいると言い、彼女に初めてカミングアウトする。

父親にアメフト部に入部したと嘘をついてしまったカートは、フィンに頼んで入部テストを受ける。音楽に合わせて踊りながらキックをする独特のスタイルで思いがけない威力を発揮した彼を、コーチのケンは即刻キッカーとして採用。フィンはチームにもダンスを習わせ連敗脱出を図ろうとする。一方、ソロの座をティナに奪われたレイチェルは、スーの策略で職場復帰した元グリー部顧問サンディが募集するミュージカルのオーディションを受ける。部員を奪われ悩むウィルの元に今度はフィンが、クインが妊娠したと相談にやってくる。だが実は父親はフィンではなく彼の親友パックだった。その話を聞いたテリは、こっそりクインに接近する。フットボールの試合はカートの活躍で大勝利する。喜ぶ父親にカートは勇気を出してゲイだと告白。そんな彼を父親は優しく受け入れるのだった。

グリー部の公演が決まるが、レイチェルは部を辞めミュージカルを選ぶ。部員たちは彼女なしでは大会に勝てないとウィルに訴える。ウィルもそのことは十分に理解していたが、彼女の扱いの難しさに躊躇していた。その矢先、昔の教え子が今は別の高校で留年しながら未だにグリー部にいると聞いた彼は、同じ手を使ってかつてグリー部のスターだったエイプリルをグリー部に入部させる。彼女は落ちぶれた生活を送っていたが、歌の実力は昔のままだった。一方レイチェルは自分に思わせぶりな態度を取るフィンの気持ちにほだされグリー部に戻る気になっていたが、クインの妊娠を知り激怒する。公演当日、酔って現れたエイプリルは1曲だけ歌って会場を去ってしまう。ウィルは公演中止を決めるが、その危機を救ったのはスターの座よりも仲間を選んだレイチェルだった。

地区大会が2週間後に迫る中、部員たちはレッスンに身が入らなくなっていた。そんな彼らを奮起させようと、ウィルは部員を男女チームに分け、歌で対決させることに。なかなかグリー部を潰せないことで苛立ちを募らせていたスーは、テリに近づき彼女の不安を煽ることでウィルを陥れようとする。まんまとスーの策略にハマったテリは、校長を騙して資格もないまま看護教諭の職に就く。男子チームはテリからもらった薬でハイになり、パワフルなパフォーマンスで女子チームを驚かせる。カートから秘密を聞いた女子たちは自分たちも薬を飲み対抗する。その頃ウィルは職場で自分にまとわりつくテリに疲れを感じていた。そんな時にエマがケンにプロポーズされたと聞き複雑な心境に。さらにテリの薬が問題となり、校長命令でグリー部の副顧問にスーが着任することになってしまう。

ウィルはスーの提案で2チームに分かれて、それぞれ1曲仕上げることになる。そこでスーが選んだのはマイノリティの生徒たちだった。スーの策略に気付いたウィルは仕返しにチアリーダーの生徒たちを全員落第させて部活禁止にする。その頃フィンは子供のことで自分の気持ちを尊重してくれないクインに対して、ついレイチェルを見習えと言ってしまう。それに腹を立てたクインは仲間を唆しスーのチームに移してしまう。そんな彼女にレイチェルは本当の仲間を見失うなと忠告する。スーとウィルのバトルは激化。うんざりした生徒たちは2人を突き放して去っていく。反省はしたウィルはスーに和解を申し込み、スーは副顧問を辞め相談役になることでまとまる。安心した矢先、クインの妊娠がとうとうスーにバレてしまう。落ち込む彼女を慰めたのはグリー部の仲間たちだった。

クインの妊娠が知れ渡ったことで、人気者の座から転落してしまったフィンとクイン。アメフト部の仲間にまでバカにされ、フィンとクインはなんとか地位を回復しようとする。ウィルはエマとケンから結婚式のダンス曲のミックスとダンスレッスンを頼まれる。しかし放課後、楽しそうに練習するエマとウィルの姿を見たケンは、嫉妬からグリー部の練習時間にまでアメフトのメニューを組み込み、生徒たちにグリーかアメフトか選択を迫る。その頃密かにレイチェルとパックのロマンスが進行していた。さらにスーまでがローカル・ニュースのキャスターに恋をし、ウィルにダンスを教えて欲しいと頼む。結局パックたちがグリーを選んだのに対し、フィンだけがアメフトを選ぶ。だが本当の気持ちを偽っているのに耐えかねた彼は、ケンに正直な気持ちを話し、グリー部に戻ってくるのだった。

校長から地区大会への移動手段に障害者用のバスは使えないと言われたウィルはバスの資金集めにカップケーキを焼いてカフェテリアで売ろうと提案するが、生徒たちは乗り気じゃない。そこでウィルは生徒たちに実際に車椅子で生活させ、その大変さを理解させようとする。一方、カートはソロのオーディションを提案するが、あっけなく却下されて落ち込む。それを知った父親が学校に不当を訴え、カートはレイチェルと対決することになる。だが自分がゲイだということで父親が嫌がらせを受けていると知った彼は、オーディションでわざと音を外してしまう。その頃、ウィルの手腕に感激した校長は、スーにもクインの抜けた穴をオーディションで決めるよう指示。そこでスーが選んだのはダウン症の少女だった。何か裏があると勘ぐるウィルだが、スーが彼女を選んだのには理由があった。

地区大会の課題曲にバラードが加わったため、ウィルは2人ペアでバラードを歌うよう生徒たちに課題を出す。そこでウィルは病欠のマットの代打でレイチェルと組むことになる。その気になりやすいレイチェルは歌っているうちにウィルに恋してしまう。ウィルには過去にも同じ経験がありトラウマになっていた。エマのアドバイスで困惑の気持ちを歌に込めて返すがなかなかレイチェルには通じない。浮かれるレイチェルの前に、以前ウィルを追い掛け回していたスージーが現れ、ウィルから手を引くように警告する。一方、カートはペアになったフィンの悩みを聞くことで、彼と親しくなろうとする。カートに勇気付けられたフィンは、クインの両親との食事会の席で歌に乗せて子供が出来たことを告白する。だが娘の妊娠を知った父親は冷たく彼女を家から追い出すのだった。

スーが地区大会のセットリストをライバル校に渡そうとしていると気付いたウィルは、自ら相手高校に赴きスーが何かしてないか確認する。その流れでライバル校の歌を聞くことになったウィルは、想像以上の実力に不安を覚える。ウィルは彼女たちに対抗するためより派手なパフォーマンスの“ヘアー作戦”を思いつく。家を追い出されたクインはフィンの家で暮らしながら将来に不安を感じていた。気持ちが揺れ始めた彼女はパックにもチャンスを与えることにする。その間フィンの気をそらすため、レイチェルを彼好みに変身させようとカートを唆す。だがレイチェルからフィンへの想いを聞いた彼は、嫉妬からフィンの好みとは逆のアドバイスをしてしまう。クインはパックの女好きなところに幻滅し、結局フィンを選ぶ。そんな2人の姿をレイチェルとカートは切なく見つめるのだった。

学校アルバムの撮影日が近づくが、毎年落書きされるグリー部はスーの策略でページがなくなることに。かろうじて2人分のスペースを確保したウィルは、代表を選ぶよう生徒たちに告げる。気乗りのしない生徒たちは満場一致で一人やる気のレイチェルに決める。彼女は副部長にフィンを選び、2人はグリー部の代表としてアルバム撮影をすることになるが、アメフトの仲間にバカにされたフィンは結局撮影に現れなかった。レイチェルはグリー部の地位向上のため、ローカル CMの話を決めてくる。ウィルはとうとうテリの妊娠が嘘だと知ってしまう。ショックを受けたウィルに追い討ちをかけるように、CMを見たスーが校則違反だと糾弾。グリー部は廃部の危機に陥るがクインがスーの弱みをタテに彼女を脅し、窮地を救う。だがウィルは責任を感じてグリー部から身を引くのだった。

レイチェルがクインの子供の父親はパックじゃないかと疑い始めた。仲間たちは適当にごまかすが、クインにカマをかけ確信を得たレイチェルは、フィンに真実を話してしまった。ショックを受けたフィンはグリー部を辞めてしまう。そして地区大会本番。スーの策略によってライバル校にセットリストが渡り、予定していた曲が使えなくなってしまった生徒たち。彼らの苦境を知ったウィルは、この窮地を救えるのはフィンしかいないと彼を説得。会場に現れたフィンと共にグリー部は新たな曲で地区大会に優勝する。セットリストの件を問題視した校長はスーを停職に。ウィルの顧問復帰も認める。一方、結婚式より地区大会を優先したエマはケンに振られてしまう。学校を辞めようとする彼女を引きとめようとするウィル。その時彼は初めて自分のエマへの想いに気付くのだった。

地区大会で優勝した喜びも束の間、ウィルは校長から改めて州大会で優勝しなければ廃部だと宣告されてしまう。さらに停職したはずのスーが早くも職場復帰。彼女はさらに卑怯な手段を使って校長を脅していたのだ。地区大会の後、レイチェルと付き合うようになっていたフィンだが、クインのことも吹っ切れずにいた。舞い上がるレイチェルとの付き合いに疲れた彼は、とうとう別れを告げる。落ち込むレイチェルは、偶然出会ったライバル校のスター、ジェシーに急速に惹かれていく。フィンは自分の気持ちに気付いて彼女に謝るが、既にレイチェルはジェシーと付き合いだしていた。それを知った仲間たちはジェシーがスパイではないかと疑い、交際に猛反対する。一方、エマと付き合いだしたウィルは、彼女のある告白を聞いて及び腰に。結局2人は少しの間距離を置くことになってしまう。

ウィルは偶然グリー部女子の恋愛話を聞き、彼女たちがあまりに男子たちに軽んじられていることにショックを受ける。ウィルは彼女たちに自信をつけさせるためにマドンナの曲を課題曲にする。カートとメルセデスは課題のため、ミュージック・クリップを再現しようと考える。偶然、スーの中にも女心があると知った 2人はスーを主役に使おうと決める。サンタナはマドンナを心底敬愛するスーから、彼女を見習って年下の男と付き合えと命令され、数日だけ年下のフィンを誘う。始めは戸惑うフィンだが、レイチェルが未だにジェシーと付き合っていると知り、彼女の誘いに乗ることにする。そのレイチェルはジェシーといいムードに。その頃ウィルもエマから一夜を共にする決意ができたと告げられる。それぞれの一夜が過ぎたあと、なんとジェシーがレイチェルのために転校してくる。

チア部に入部したメルセデスとカートだが、メルセデスはスカートをはくのを拒否していた。しかしスーの命令で5kg体重を落としてスカートをはかなければクビだと宣告される。スーの嫌がらせで1週間講堂が使えなくなり困っていたウィルは、街のローラースケート・バーでエイプリルと再会。彼女はひょんなことから大富豪の老人の愛人になって、このバーを経営していた。一方、サンタナとブリトニーに減量の相談をしたメルセデスは、無理なダイエットを始め、幻覚まで見るように。そんな彼女を見かねたクインに優しく諭されメルセデスはありのままの自分でいいのだと気付く。その頃フィンはカートから母親が自分の父親と付き合っていると聞かされる。当初は反対していたが思いがけずスポーツの話でカートの父親と意気投合。そんな2人の姿を見てカートは切なくなる。

スーが“フィジカル”を踊る映像がインターネットに流出し、学校中の笑いものに。復讐に乗り出したスーは、まずグリー部員の格付けリストが校内に出回っていることを校長に直訴。これを問題視した校長はウィルに犯人を探して処分しなければ廃部にすると命令する。スーの映像流出事件も合わせてグリー部の評判が下がったと言うウィルは悪評を吹き飛ばすため、ダサいと思われている曲の魅力を引き出すよう生徒たちに課題を出す。しかし生徒たちはさらに悪評を煽ろうと行動。カートたちは騒音禁止の図書室で踊りまくり、レイチェルはセックス・アピールを強調したミュージック・ビデオを作るがそれが原因でジェシーにフラれてしまう。怒りが収まらないスーはエマをたきつけ、ウィルとの交際を破局に追いやる。それでも収まらない彼女の元に、思いがけない電話がかかってくる。

人気者の座から転落してしまったパックは今までイジめてきた同級生から復讐される。人気復活を目指す彼は今やチア部に入って人気者のメルセデスに狙いをつける。一方、レイチェルは州大会を1ヵ月後に控えてもやる気を見せない仲間たちに苛立ち一人奮闘した結果、上手く歌えなくなってしまう。焦るレイチェルを心配したフィンは、ある友人のところへ彼女を連れて行く。カートは自分の父親がフィンと仲良くなっていることに不安を覚え、父親の気を引く為に男らしい自分を演出。そんな彼にありのままの自分でいいのだと父親は言うのだった。その頃、パックのアプローチが功を奏して彼はメルセデスと付き合うことに。しかし人気者に返り咲いたとたん、同級生をイジメ出したパックを見たメルセデスは、人気者でいるために自分を偽るのは嫌だと気付き、チア部をやめてしまう。

理事会の新メンバー、ブライアンがカリキュラムの監査にやってくる。彼はウィルのグリー部時代の仲間だった。しかし夢破れた彼は今やグリーを憎み、グリー部を廃部にしようと考えていた。生徒たちにも夢を見るなど無駄だと力説するブライアン。その時アーティの夢がダンサーだと知ったティナは、彼の脚を治すためにいろいろ調べ始める。レイチェルは自分の産みの母親の事を知りたがっていた。彼女の元に戻ってきたジェシーの協力で母親のメッセージ・テープを見つけるレイチェル。実はそのテープは彼女の母親から頼まれジェシーが仕込んだものだった。一方、ウィルはブライアンを説得しようと飲みに誘う。そこでもう1度彼の夢に火をつけたウィル。だが地元劇団のオーディションでブライアンと役を取り合うハメになり、結局ウィルはグリー部のために彼に役を譲るのだった。

突然校長からゴス・ファッションを止めなければ停学もあり得ると宣告され、自分らしさを表現するファッションを探して途方に暮れるティナ。その矢先、レイチェルがライバル校のグリー部、ボーカル・アドレナリンがレディ・ガガの曲をフィーチャーすると聞きつける。ウィルは自分たちもガガの曲をやろうと提案。だが男子メンバーは猛反対し、独自のアイデアを形にする。その頃、フィンは母親と一緒にカートの家に引っ越すことに。納得がいかない彼はついカートに辛く当たってしまう。一方、ボーカル・アドレナリンの偵察に行ったレイチェルは、顧問のシェルビーが歌ったとたん、それが母親の声だと気付く。ぎこちない親子の再会を果たした2人。だが2人の関係を知り、レイチェルを心配したウィルから忠告されたシェルビーは、親子としては付き合えないとレイチェルに告げるのだった。

マッキンリー高校の講堂に、突然ボーカル・アドレナリンのメンバーが現れた。そこにはジェシーの姿も。彼はレイチェルに元の高校に戻ったと冷たく言い放つ。仲間を傷つけた彼らを許せないフィンとパックは、相手校に忍び込み車のタイヤをパンクさせるという報復に打って出る。ウィルはボーカル・アドレナリンの弱点がファンクだと突き止め、音楽で借りを返そうとする。そのためにスーを弄んで曲のアイデアを得ようという突飛な発想から彼女を誘惑する。不覚にも彼にほのかな恋心を覚えてしまったスーは、ウィルに騙されたことに想像以上のダメージを受け、学校まで休んでしまう。ウィルはスーの家に謝りに行き、復活したスーは見事チア部を全国大会優勝に導く。そしてグリー部もボーカル・アドレナリンの前でファンク・ナンバーを披露し、彼らを不安に陥れるのだった。

州大会直前のグリー部に衝撃のニュースが走る。なんとスーが審査員の一人に選ばれたというのだ。望みを失い落ち込む部員たち。そんな彼らを見たフィンは、レイチェルにリーダーとしてみんなを奮起させようと提案。その時、2人の心は再び通い合う。大会当日、様々なプレッシャーを乗り越え、ジャーニー・メドレーで会場を沸かせた部員たち。全力を出し切った彼らは笑顔で控え室に戻る。その矢先にクインが産気づき急遽病院へ。そんな騒動の中、ボーカル・アドレナリンのパフォーマンスが始まり、さすがの実力を見せ付ける。審査員室では優勝を巡って意見が分かれ、スーは思わずグリー部の味方をしてしまう。だが結果はボーカル・アドレナリンの優勝だった。廃部が決定し落ち込むウィルの前にスーが現れる。そして「校長を脅してもう1年続けさせることにした」と告げるのだった。

新学期早々、メンバーのマットが転校してしまったため、新たに部員を募集することになったグリー部。生徒たちは転入生のサムと留学生のサンシャインという逸材を発見、彼らを勧誘するが、サンシャインの実力を恐れたレイチェルは彼女の入部を妨害しようとする。その頃校長はアメフト部強化のために新コーチ、ビーストを雇う。そのためにチア部の予算を削られたスーは、ウィルをそそのかしビーストを辞めさせるための嫌がらせを始める。

エマに未練たっぷりのウィルは彼女の気を引こうと奮闘。しかしエマには歯科医のカールという新しい彼氏ができていた。グリー部では生徒たちがブリトニー・スピアーズの曲を歌いたいと希望するが、ウィルは即座に却下。そんな時、ひょんなことからカールに虫歯の治療をしてもらうことになった彼らは、治療の麻酔中にブリトニーの夢を見る。夢のおかげで自分に自信を持てるようになったレイチェルたちはイメチェンを試みるが……。

ある日、ホット・チーズサンドの焦げ目にジーザス（神）の顔を見たフィンは、その“チーザス”様に自分の願い事を祈る。すると不思議なことに次々とその願いが叶い、フィンは有頂天になる。そんな時、カートの父親バートが突然倒れ、意識不明の重体に陥ってしまう。落ち込むカートを心配したグリー部のメンバーたちは、歌と祈りで慰めようとするが、神を信じないカートはかたくなに拒否する。そんな彼をメンバーはますます心配する。

パックが突然少年鑑別所に送られてしまいメンバーを失ったグリー部。サムが新たに入部し、ウィルはデュエット対決を提案する。カートはサムがゲイではないかと推測し、彼にペアを申し込む。それを見たフィンはカートが原因でサムが退部してしまうことを恐れ、ペアを組まないように仕向ける。一方レイチェルはフィンとのデュエットに絶対の自信を持っていたのだが、サムを退部させないためにこの勝負にわざと負けようとフィンに提案する。

ウィルの想いとは裏腹に、エマは新しい彼氏のカールと順調に交際していた。極度の潔癖症が徐々に改善し、エマがカールとデートで『ロッキー・ホラー・ショー』を観に行ったことを知ったウィルは、対抗心からついグリー部でも『ロッキー・ホラー・ショー』をやると嘘を付く。そんなきっかけとは露知らず、グリー部のメンバーはやる気満々で練習に励む。そんな中、サムの肉体美を見て自信を失くしたフィンだけは浮かない顔だった…。

地区大会の出場校が決定した。ウィルはみんなを奮起させるために男女別に対抗させるが、男子チームに入れられたカートは不満顔。そんな時、偵察に行ったライバル校でブレインと出会ったカートは、彼に励まされ自分を敵視するアメフト部のカロフスキーに立ち向かうことを決めるが、思わぬ結果を招いてしまう。その頃、男子生徒たちの間ではデート中の欲望を抑えるためにビーストの下着姿を想像することが流行し、大問題に発展していた。

校長が悪性インフルエンザで休む間にちゃっかり校長の座についたスーは、ウィルにもそのインフルエンザを感染させ学校を休ませる。レイチェルは倒れたウィルの代わりに張り切ってグリー部を仕切りだすが、それに納得がいかないカートは、代理教師のホリーに代理の顧問を依頼する。古い曲を好むウィルとは違い、部員たちの自由にやらせてくれる彼女は大好評。不満なレイチェルは病床のウィルにこのままではグリー部が奪われると忠告する。

ついにバートがフィンの母親キャロルにプロポーズ。カートはグリー部の協力で結婚式を演出しようと張り切るが、フィンはあまり乗り気になれなかった。その矢先、カロフスキーのカートいじめは激化する。男子たちは彼にいじめをやめるよう忠告しケンカになる。バートは学校に抗議し、カートはある決断を下す。その頃スーは自分とオンライン・デート・サービスでマッチするのが自分だけだと知り、なんと自分と結婚式を挙げようとする。

マンネリを打開するために、地区大会ではサムとクインがソロを歌い、ブリトニーとマイクのダンスを強化したプログラムで挑むことになるグリー部。納得がいかないレイチェルは猛抗議。さらにマイクとブリトニーの浮気疑惑が持ち上がり、部員たちは険悪なムードのまま地区大会の日を迎える。一方、ライバル校のダルトン・アカデミーに転校したカートは、個性より調和を重視するダルトンのグリー部、ウォブラーズのやり方に馴染めずにいた。

クリスマス直前、子供たちのための寄付を募ろうと教室で歌を披露するがブーイングの嵐に落ち込む部員たち。その矢先、ブリトニーがいまだにサンタの存在を信じていることを知ったアーティは、彼女にサンタをもう少し信じさせてあげようと奔走する。そんな彼女はサンタへアーティが歩けるように願っていた。その頃教師たちの間でプレゼント交換をすることになり、ウィルはスーにプレゼントを贈るハメに。しかし全てはスーの悪巧みだった。

パフォーマンスに満足できないスーは、大会に向け人間大砲で新境地を開拓し、ブリトニーにその大砲に入るよう命じる。その頃、アメフト部ではカロフスキーとフィンたちの対立が激化。ウィルとビーストは彼らを団結させるためにアメフト部とグリー部で協力してハーフタイム・ショーをすることに。しかし、スーの嫌がらせでチア部とアメフト部の大会が同じ日になる。カロフスキーは反抗し、クインたちチア部が不在のままショー・タイムを迎える。

ウィルがバレンタインに課題にしたのは“愛する人への歌”、部員たちは想いを歌にする。そんな中、レイチェルと別れフリーのフィンは、グリー部遠征費用のためのチャリティとして自分とのキス1回1ドルで寄付を募る。未練たっぷりのレイチェルは気が気でなかった。その頃パックはカートの代わりに入部したローレンに何故か夢中。一方カートはブレインが好きな人に歌を贈ると聞いて、それが自分のことだと舞い上がるのだが…。

チア部の全国大会連覇に失敗し生きがいを失くしたスーは、今まで以上に暴れ、生徒に当たりちらしていた。グリー部への危害を心配したウィルはエマのアドバイスで彼女を期間限定でグリー部に参加させることにする。スーは歌の力で立ち直るのだが、思わぬ結論を出すのだった。その頃、サムはクインの心変わりが心配で気が気でなかった。そこで女子に大人気のジャスティン・ビーバーの曲を歌って彼女の引こうとするのだが…。

校長から飲酒の危険性を訴える集会でのパフォーマンスを依頼されたグリー部。その矢先、メンバーたちはレイチェルが開いたパーティでお酒を飲んで大はしゃぎする。ゲームでレイチェルとブレインはキスをしたことでお互いに意識し始めたため、カートは気が気でなかった。一方、ウィルもストレス発散しようとお酒を飲んで楽しい時間をすごす。集会当日、部員たちは緊張を紛らわせるためにお酒を飲んでパフォーマンスに挑むのだが…。

コウノトリが巣を作ったことで巻き起こったブリトニーの妊娠騒動を受け、ウィルはグリー部の部員の性知識の乏しさを危惧。代理教師として戻ってきていたホリーに相談して、歌で性教育をすることにする。一方、スーの悪知恵を真に受けたブレインは、州大会に向けてセクシーな曲を練習する。そこであまりにウブなカートを見て心配した彼はバートに相談する。その頃、サンタナは自分のある想いのせいで周囲に怒りをぶつけていたと気付くが……。

州大会を目前に控え、グリー部は歌う予定だった楽曲の使用禁止通知が届いたためオリジナル曲で勝負するために自分たちで作曲をすることに。レイチェルはクインとフィンの関係が気になって集中できずにいた。一方、ダルトン校ではカートが面倒見ていたカナリアが死んでしまい、カートはビートルズの曲を歌って追悼する。その姿を見たブレインは自分の気持ちに気付く。その頃、レイチェルは苦悩の末に曲を仕上げ、遂に州大会当日がやってきた……。

全国大会出場のための旅費が足りないグリー部は、資金集めのコンサートを開催することに。スーは邪魔をするためにライバル校のボーカル・アドレナリンのコーチや、クビになったサンディ、ウィルの元妻テリを集め邪悪同盟を結成する。そんな時、グリー部の前にサンシャインが現れコンサートに協力したいと申し出る。レイチェルは猛反対し、メルセデスをたきつける。さらにローレンがメルセデスのマネージャーになると言い出し……。

鼻を骨折したレイチェルは、これを機にコンプレックスである鼻の整形を考えるがみんなは猛反対する。一方、プロムクイーンにサンタナやローレンも立候補し、争いは激化。サンタナはカロフスキーの秘密を知りクイーンになるために付き合うことに。そしてローレンはクインの秘密を見つけ出す。見かねたウィルは生徒たちが自分の個性を受け入るように、レディー・ガガの曲を自分のコンプレックスを書いたTシャツを着て歌うことを提案する。

ウィルは突然戻ってきたエイプリルから一緒にブロードウェイに行こうと誘われ夢と現実の間で心が揺れる。一方、スーはグリー部を陥れるため、学校新聞をゴシップメインに方向転換させる。その結果、部員たちは次々と報道されるゴシップ記事に翻弄され関係が険悪になってしまう。クインとサムの浮気疑惑が気になったレイチェルはフィンと一緒に真相を明かすためモーテルで張り込みを始める。しかし、そこで現れたのはサムとカートだった…。

プロムが目前に迫ったマッキンリー高校。カートはブレインと一緒にプロムへ行けることになり有頂天。そんな彼にあまり目立つことはしない方がいいとフィンとバートは忠告する。少し前からサンタナとカロフスキーの警護を受けていたカートは、しばらくイジメにあっていないと気付く。一方、レイチェルの前には突然ジェシーが現れ、過去を謝罪。別れたくせにレイチェルが気になるフィンは、ジェシーが彼女をプロムに誘ったと知り激しく嫉妬する。

ジェシーをコンサルタントとして雇ったグリー部は、彼の提案でソロ・オーディションをすることに。レイチェル、カート、サンタナ、メルセデスが立候補するが、フィンは彼にけなされたことで自信を失くして辞退してしまう。その頃、スーは突然右腕だったベッキーをチア部から追い出していた。実は最愛の姉ジーンが突然亡くなり、ひどく落ち込んでいたのだった。それを知ったフィンとカートは、ジーンの葬儀をグリー部で手伝うことにする。

全国大会のために憧れのニューヨークにやってきたグリー部。興奮する彼らにウィルはオリジナル曲が完成するまでホテルに缶詰するよう命じる。そんなウィルは生徒たちに舞台出演の話を切り出せずにいた。ウィルの命令を無視して街へ繰り出す生徒たち。クインと別れたフィンは、レイチェルに想いを告げるためデートに誘う。愛かキャリアで揺れるレイチェルをカートはある場所に誘う。そして全国大会当日。フィンとレイチェルは……。

夏休み明けのマッキンリー高校。グリー部員たちの関係も夏の間に大きく変化し、ウィルはバラバラになった部員たちをまとめようと奮闘する。最上級生になったレイチェルとカートはニューヨークの名門演劇学校NYADAへの進学を目指すことに。憧れのニューヨークへの夢が膨らむ一方、カートはブレインがダルトン・アカデミーにいる限りライバルであることに悩んでいた。それを知ったブレインはカートのためにマッキンリーに転校するのだった。

ウィルは全国大会を目指しダンスの猛特訓を始める。そんな彼らの前にボーカル・アドレナリンの元コーチ、シェルビーが現れる。彼女は非常勤講師として雇われたのだった。全国大会の夢破れて不良になったクインと会ったシェルビーは、娘と堂々と会えるよう自分を取り戻せと彼女を諭す。学校ではミュージカル『ウエスト・サイド物語』のオーディションが開催されていた。主役のトニー役でオーディションを受けたカートだったが……。

いつもレイチェルの陰になってしまうことに不満を募らせていたメルセデスは、とうとう我慢できずにグリー部を辞めてしまう。オーディションでのメルセデスのパフォーマンスに焦ったレイチェルは、課外活動のポイントを稼ぐために先に生徒会に立候補していたカートを裏切り自らも立候補する。一方、オーディションを受けるはずだったマイクは、化学でAマイナスを取ったことで父親から激しく叱られ、親の期待と夢の間で葛藤していた。

議員に立候補していたスーの芸術予算削減案のせいでミュージカル上演がピンチに。それを救ったのはカートの父バートだった。ウィルはバートも議員に立候補するよう勧める。ブリトニーはアイルランドからの留学生ローリーの事を妖精だと思い込む。一方、グリー部を辞めたメルセデスはサンタナを誘いトラブルトーンズを結成。その結果ブリトニーまで辞めてしまう。その頃、友達のいないローリーの話を聞いたフィンは、彼をグリー部に誘うのだった。

『ウエスト・サイド物語』の監督になったアーティから、経験もないのに“性の目覚め”が演じられるのかと言われ、動揺するレイチェルとブレイン。レイチェルはフィンとの初体験を急ぐが、魂胆を知ったフィンは激怒。一方、久しぶりにダルトンを訪れたブレインは、そこで転校生のセバスチャンと出会う。露骨にブレインにアプローチしてくるセバスチャンの態度が気に入らないカート。そのせいで2人の関係は次第にギクシャクしていく……。

ニュー・ディレクションズとトラブルトーンズの対立は深まるばかり。ウィルとシェルビーはマッシュオフ対決を提案する。だがフィンはドッジボールで決着を付けようとサンタナに持ちかける。その対決でローリーが集中攻撃されたのを見かねたカートは、生徒会候補者の集会でイジメについて問題提起する。それを聞いたレイチェルは自分の行いを反省し、カートの応援にまわるのだった。その頃サンタナはカミングアウトできない事をフィンから指摘されるが……。

思いがけない形で秘密が暴露されてしまったサンタナ。それでも自分を受け入れられない彼女を励ますためにフィンは女性の曲を歌おうとメンバーに提案する。カートの応援にまわったレイチェルは、彼の劣勢を危惧してあるアイデアを思いつく。シェルビーと急接近したパック。クインはそんな2人の様子がおかしいことに気付く。いよいよ選挙当日。開票の結果カートが勝利するが、投票に不正があったとして校長に呼び出されてしまう。

パックとシェルビーの関係に気付いたクインは、それをネタに娘を取り戻そうと考えるが、レイチェルからみんなが傷つくと諭される。選挙不正で停学になったレイチェル抜きで地区大会に挑むことになった危機を救うため、フィンは転校したサムを連れ戻す事を決意する。一方、マイクは家族のために夢を諦め医学部に進学すると決める。彼に夢を諦めて欲しくないティナはなんとかマイクの父親を説得しようとする。そして地区大会の幕が上がる……。

クリスマスが迫り、スーからホームレス施設で歌って欲しいと頼まれた部員たち。地元テレビ局からもクリスマス特番への出演をオファーされるが、収録日はスーと約束した日だった。それでも特番を優先しようとする彼らに失望するスー。アーティは特番の監督を任され張り切る。ハッピーなショーにしたいと意気込む彼に、サムは悲しい曲も必要と出演を辞退。そして収録の日。ローリーの詩の暗唱でクリスマス精神を思い出した部員たちは……。

ウィルとの関係に悩むエマは、スーやビーストに励まされ、思わず結婚してと彼に言ってしまう。ウィルは彼女にプロポーズする事を決意し、プロポーズの曲を課題にする。だがエマの両親からの指摘で彼女との将来に不安を覚えるように。その頃フィンは将来の事を考え陸軍の関係者に会ったとウィルに話す。父親のような英雄になりたいと言うフィンに、母親は悲しい真実を告げる。そんな中ウィルのプロポーズ作戦が決行される。それを見たフィンは……。

地区大会でマイケル・ジャクソンの曲を歌えなかったメルセデスたちのために、州大会でもマイケルの曲を歌う事に決めたウィル。だがその話をブレインから聞いたセバスチャンが、ウォブラーズでも歌うことにしてしまう。部員たちは歌で対決しようとするが、異物を混入したスラッシーをかけられたブレインが目に怪我をしてしまう。一方、フィンからのプロポーズに戸惑っていたレイチェルは夢と愛の間で悩んだ末、クインに相談するが……。

歴史教師が退職し、終身在職権に空きが出たと知ったウィルは、エマとの将来のためにもなんとか在職権を手に入れようと奮闘。だがその矢先に生徒から授業に対するクレームが入り、彼は夜間のスペイン語クラスに通うことに。そこで講師のデイビッドに会ったウィルは彼をグリー部に招待するが、思った以上に生徒受けがいい彼の存在に焦り始める。その頃スーは子供を産もうと決意、なんとウィルに精子提供を頼む。それを知ったエマはスーに抗議する。

婚約したレイチェルとフィンを止めるため、レイチェルの父親たちはある作戦を思いつく。フィンと両親をディナーに招いた2人は強引にフィンを家に泊める。両親の提案に驚くレイチェルとフィンだったが、結局互いの生活習慣の違いからケンカになってしまう。そんな様子を父親たちは喜んで見ていた。一方、カートは毎日届く謎のファンからのラブレターがブレインからのものと思って大喜び。だが実は贈り主がカロフスキーだったと知り驚くのだった。

州大会が近づく中、セバスチャンに呼び出されたレイチェルは、大会に出場すればフィンの合成ヌード写真をネットにばら撒くと脅迫される。それでも出場しようとするレイチェルにフィンは怒りを隠せない。そんな時、バレンタインの日にカートといるところを同級生に見られたカロフスキーは、学校でイジメの対象になってしまう。彼の窮状を知った部員たちは改めて大切なものとは何か気付き、レイチェルとフィンは州大会の後に結婚しようと決意する。

レイチェルとフィンの結婚式に向かう途中で事故に遭ったクインは、脊髄を損傷し車椅子生活になっていた。罪悪感でいっぱいのレイチェルは結婚式も棚上げにしてクインに謝るが、彼女は今が幸せだと話す。その頃、ブレインの兄で俳優をしているクーパーが突然マッキンリー高校にやってくる。彼が特別レッスンをしてくれると知り大喜びする部員たちの中、ブレインだけは浮かない顔。ブレインは常に自分をけなす兄に対して劣等感を持っていた。

相変わらずディスコ・ミュージックに思い入れのあるウィルに対し、部員たちはディスコはダサいと反発。そんな中、なかなか進路が決まらないフィン、メルセデス、サンタナにもっとやる気を出してもらおうと、ウィルはサタデー・ナイト・フィーバー・コンテストを開催することに。レイチェルは自分のせいでフィンの夢が見つからないのでは？ と心配する。カートとメルセデスはボーカル・アドレナリンのメンバー、ウェイドからある事を相談されるが……。

ニューヨーク行きに夢膨らむカートに対しそっけない態度のブレイン。なんとなく距離を感じ始めた矢先、カートはレコード店で出会ったチャンドラーと意気投合する。彼とメル友になったカートは始終チャンドラーとメールのやり取り。そんな様子にカートの浮気を疑ったブレインは怒りをぶちまける。リハビリが進まず落ち込んでいたクインは新入りのジョセフと急接近。ウィルは部員たちが卒業する前に結婚式を挙げようと躍起になっていた。

ビーストの顔にあるアザを見てからかうサンタナたちの言葉を聞いたスーは、女性の強さを歌った曲を課題に出す。それを聴いたビーストはスーに真実を告白する。一方、男子たちは世界史の追試を受けるパックのために、一緒に猛勉強。だが結局落第点だったパックは激しく落ち込む。カートとレイチェルはいよいよNYADAの最終オーディションに。自分らしい曲で勝負に出たカートは好評価。レイチェルも自分の十八番の曲でオーディションに挑むが……。

プロムが近づき学校内もわくわくムード。生徒会長のブリトニーの発案でテーマが恐竜に決定する。プロム・クイーンを目指すクインはフィンに協力を求める。オーディションに失敗して落ち込んでいたレイチェルはそれを知って激怒。プロムに気乗りしないカートとブレインと共に、アンチ・プロムパーティを開く事にする。落第してやる気をなくしていたパックと、プロム・クイーン候補になれなかった事に怒っているベッキーも参加することになるが……。

いよいよ全国大会が目前に迫る中、相変わらずレイチェルがソロを歌うことに飽き飽きしていたティナ。そんな時、ショッピング・モールで転んで頭を打ったティナが目覚めると、なんとティナはレイチェルになっていた。彼女には彼女なりの悩みがあると実感したティナは、NYADAの校長に再オーディションを懇願する彼女に協力する。一方、落第して以来すっかりひねくれていたパック。そんな彼を見かねたビーストの計らいで、再追試してもらえることになる。

全国大会の地、シカゴにやってきたニュー・ディレクションズ。だがメルセデスが食あたりでダウンしてしまう。バックアップ・プランを考えるメンバーたち。だがスーの謎の特効薬のおかげでメルセデスは本番直前でなんとか復帰する。NYADAの校長を招いていたレイチェルだが、校長は来ていなかった。それでもソロを熱唱する中、校長がやってくる。メンバー全員の渾身の歌とダンスは会場を大いに沸かせ、達成感を味わう部員たち。その結果は……。

ウィルはあと数日で卒業するメンバーのために、別れの曲を課題として出す。思い出を振り返りながら、それぞれの想いを歌に込めるメンバーたち。パックは最追試のために猛勉強。クインの協力もあり見事合格点を取り、ギリギリで卒業が決まる。こうして無事に卒業したレイチェルたち。それぞれの進路も決まる中、アクターズ・スタジオに願書を出したフィンと、NYADAの結果を待つレイチェルとカートは、3人で一緒に合否通知を見る事にするが……。

オハイオからＮＹに引っ越しＮＹＡＤＡに通うレイチェルは孤独な生活を送っている。ＮＹＡＤＡのダンス講師カサンドラにはＮＹ式の歓迎を受け、フィンからは2ヵ月連絡がない。男女共用のバスルームで知り合った3年生のブロディに励まされるが、グリーの仲間が恋しくて仕方がない。一方、全国制覇をしたグリークラブは人気急上昇！　憧れの存在になったグリークラブに全国大会のＭＶＰ、ウェイド・ユニーク・アダムスが入部した。新メンバーを募ったオーディションで新メンバーを加わるのは一体誰？

Ｆマイナスを取ったため、スー先生からチア部を追放されたブリトニー。さらにユニフォームとポニーテールを禁止され、トップの座はキティに譲ることになった。ブリトニーを励ますためにシュー先生が選んだ選曲のテーマは“ブリトニー 2.0”。一方、ＮＹではレイチェルとカートが共同生活を始めることになる。ＮＹＡＤＡのダンス講師がブロードウェイ史に残る事件を起こした人物だとカートから聞かされたレイチェルは、セクシーになって彼女を見返す決心をする。

課外活動でカートのいない寂しさを埋めているブレインは、学年委員長に立候補し、ブリトニーと選挙戦で戦うことになる。一方、ＮＹではカートがヴォーグ・ドット・コムの面接を受けに行き、新編集長のイザベル・ライトに採用される。高校にいたときと同様にダサいとバカにされて落ち込むレイチェルを励ますため、カートはレイチェルをヴォーグの“オートクチュール保管庫”に連れて行き、イメチェンさせようとしたところにイザベルがやってきた…。レイチェルは華麗なる変身を遂げられるか？

フィンはレイチェルに、ブレインはカートに会いにニューヨークを訪れる。しかし、それぞれの秘めた想いがぶつかった時、2組のカップルに試練が訪れ…。 一方、ウィルはマッキンリー高校を数カ月間離れることを決めるが、エマは難色を示す。

名作ミュージカル「グリース」を披露することになったグリークラブは出演者を決めるためのオーディションを開催。そこで、フィンとアーティは主役を演じられる逸材を探すことに。オーディションでは、主役の座を巡る思いや、気になる異性とペアになるため、さまざまな思惑が交差する。

スーの妨害を受けながら、フィンは「グリース」公演に向け、グリークラブのメンバーたちと練習を始める。そんな中、主役を射止めたマーリーが気に入らないキティは、ある方法でマーリーを失敗に追い込もうと企む。ＮＹでは、レイチェルが初オーディションのチャンスをつかみ、練習に意欲を燃やしていた。カートはブレインに会うため、「グリース」を見に行こうとレイチェルを誘う。公演の日、二人は高校でフィン、ブレインと再会するが…。

ウィルの代理としてグリー部をまとめようとするフィンだったが、せっかく考えたプランにダメ出しされて落ち込む。キティとライダーがグリー部に入部するが、キティはマーリーと、ライダーはジェイクと険悪なままだった。仲良くなれるようにと、デュエットの課題を与えられるのだが…一方、ウォブラーズに優勝トロフィーを盗まれて取り戻しに行ったブレインは、新キャプテンのハンターたちから戻ってくるよう誘われて心が揺れる。

感謝祭の休暇が始まった。マッキンリー高校には卒業生のクイン、パック、マイク、サンタナ、メルセデスが戻り、フィンに頼まれて地区大会を目前にしたグリー部の練習を伝うことになる。そんな中、リードボーカルを任されたマーリーは、みんなの期待に応えなければとプレッシャーで押しつぶされそうになっていた。一方、カートとレイチェルはＮＹに残り、二人だけで感謝祭を祝うことにする。感謝祭の日。いよいよ地区大会が幕を開ける。

スーは、地区大会で敗退したグリー部に追い打ちをかけるように、音楽室を奪ってチア部の練習場所にする。全国制覇の夢に破れた上、音楽室や講堂からも追い出されたグリー部のメンバーたちはすっかりやる気をなくし、マーリー以外は全員が別の部に入ってしまう。一方、レイチェルは、カルメンから冬の発表会の招待状を受け取り大喜び。 再びＮＹＡＤＡに応募したカートは、カルメンの元を訪れるが、歌に深みがないと言われショックを受ける。

クリスマスに贈る５つの物語。転んでケガをし、保健室で寝ていたアーティの見た夢は？ＮＹでクリスマス休暇を過ごすカートの元に、思いがけずバートがやってくる。ジェイクはパックに誘われ、休暇をロスで過ごそうとハリウッドの撮影所やパックの家を訪れる。マヤの終末論を信じるブリトニーとサムは、世界の終わりに備え、ある決断をする。教職員で交換するプレゼントをマーリーの母親に贈ることになったスーは、何を贈ろうかと悩む。

マッキンリー高校で、女子が男子を誘うダンスパーティが開催されることになった。ふとしたことからブレインが気になっていたティナは、思いきって誘ってみるのだが…。一方、ニューヨークでは、ブロディといい感じになったレイチェルはデートで忙しい。ＮＹＡＤＡに入学したカートは、新しい友達を作るため課外活動に参加しようとし“アダムのリンゴ”というグリー部に興味を持つが、キャリアの墓場だとささやかれる部だった。

ウォブラーズが失格し、繰り上げ優勝で州大会へ進むことになったマッキンリー高校グリー部は、資金集めのために男子をモデルにしたセクシーなカレンダーを作って売ることにする。中でもサムは、ある理由から肉体のアピールに必死になる。一方、ニューヨークでは、レイチェルが学生映画のオーディションに合格する。トップレスシーンがあると知り悩むレイチェルだったが、女優として避けられない道だと考え脱ぐことを決心する。

州大会を勝ち抜くには、レイチェルやカートのような存在が必要だと考えたフィンは、エマのアドバイスを受けて、グリー部のメンバーにディーバ対決をさせることに。ブレインへの想いを抑えきれなくなったティナは、けなげにアプローチするのだが…一方、発表会で優勝してから周りにチヤホヤされてつけ上がり、ワガママが目に余るようになったレイチェル。耐えかねたカートが、ＮＹＡＤＡ伝統の“真夜中の決闘”でレイチェルに勝負を挑む。

ウィルがワシントンDCから戻り、ついにエマとの結婚式の日を迎える。しかし、一人で準備を進めてきたエマのストレスは極限に達しようとしていた。当日はバレンタインデー。グリー部の卒業生と現役生が集合し、様々なカップルの恋模様が繰り広げられる。レイチェルはブロディ抜きで出席し、エマとのキスで悩むフィンとデュエットを歌うことに。カートもブレインと再会。ジェイクはライダーの協力を得て、マーリーに様々な愛のプレゼントを贈る。

結婚式でエマに逃げられて傷心のウィルは、毎日古い映画を見ていたことから、“映画音楽をマッシュアップして男女対決する”という課題をグリー部に出す。エマの居場所は分からないままだったため、彼女にキスして責任を感じていたフィンは何とかして彼女を捜し出そうとする。一方NYでは、レイチェルたちの部屋に転がり込んだサンタナが勝手に部屋をあさり、ブロディの秘密を見つけて、彼がドラッグの売人なのではと疑う。

フィンがエマへのキスを告白して以来、ウィルとフィンの間には緊張関係が生まれていた。見かねたグリー部員は、2人を歌で対決させる。ブレインは、彼をチア部に入れようとするスーの策略に怒り、歌での対決を挑む。ライダーは、ユニークのアイデンティティーを理解できずにいたが、ネットで知り合った女の子に、ユニークと歌で対決してはどうかと勧められる。

サムのとある秘密を偶然発見してしまったブレイン。恥ずかしくて言えなかった楽しみを打ち明け分かち合うことで絆が深まることを知った2人は、“禁断の楽しみ”を課題にする。ワム！の歌などで盛り上がるグリー部だったが、ジェイクが選んだ歌だけは女子から大ブーイングを受けてしまう。NYでは、突然ブロディに別れを切り出されて落ち込むレイチェルだったが、実は彼が学費のためにジゴロをしていたことを、いまだ知らずにいた。

ブリトニーが町に隕石が落ち、まもなく世界が終わると発表する。これを受けてウィルは、州大会の練習も兼ねグリー部の課題を互いに最後に贈りたい曲にする。隕石騒動の中、サムはタビントン閣下に愛情を注ぐブリトニーを見て複雑な気持ちに、ビーストはウィルを手作りのディナーに招待、ベッキーは卒業後の人生に不安を抱き、ライダーはネットで知り合ったケイティに会いたい気持ちを募らせていた。そんな時、校内で大きな事件が起きる…。

「ファニー･ガール」のオーディションに向け、バーブラになりきり特訓していたレイチェルの前にシェルビーが現れる。フィンは教師になるべく大学に通い始めるが、なんとパックもやってきて、パーティに明け暮れる日々だった。一方、発砲事件のショックからいまだ抜け出せないのか、様子がおかしいサムやユニーク。州大会のテーマが決まり、マーリーは勇気を出して自作の歌も使ってほしいというが、みんなに却下されてしまう。

相変わらずケイティの正体を探し続けるライダーには、彼女だけにしか話していない秘密があった。その秘密をグリー部に打ち明けた時、思わぬ人物が彼に手を差し伸べる。学校を辞めたスーは新しい仕事に就き、充実した日々を送っていたが、ある生徒が彼女のもとを訪れる。ニューヨークでは、バーの仕事を掛け持ちするサンタナに、レイチェルとカートが夢のために有意義に生きろと忠告する。そんな時、3人はニューヨーク・シティ･バレエ団のガラ公演を手伝うことになる。

ウィルに頼まれ、州大会に向けてグリー部を鍛えるため、メルセデスとマイクが戻ってくる。メルセデスは1年かけて制作したCDのリリースを控えていたが、プロデューサーからの思わぬ要求に激怒。レイチェルは最終候補者3名のうちの1人に選ばれる。アーティはブルックリン映画学校に合格していたが誰にも知らせずにいた。しかしキティに問い詰められて、母親の反対で映画学校への進学をあきらめるつもりだと打ち明けるのだが…。

ブリトニーはMITにキャンパス見学に行くが、戻ってくると態度が大きくなり、みんなを困惑させる。心配したサムは、ある人物に助けを求める。依然として“なりすまし”に心を悩ますライダーは、本人が名乗り出ないと州大会に出ないと言い出す。ついに、ある人物が白状するが…。周囲の反対も聞かず、カートにプロポーズすることで頭がいっぱいのブレインは、指輪を買いに行った店で心強い味方に出会う。そして、いよいよ州大会が幕を開ける。

「ファニー・ガール」のオーディションで経験不足を指摘されて落ち込むレイチェル。アーティはキティと急接近するが、周りの目が気になるキティから、隠れて付き合おうと言われる。しかしティナにバレてしまい…。一方、カートとヨリを戻したブレインは、サプライズでプロポーズをしようと壮大な計画を立てる。マッキンリー高校にスーが戻ってくることになったが、汚い手を使ってフィギンズを失脚させ、まんまと校長代理の座に収まるのだった。

グリー部の課題は引き続きビートルズ。マッキンリー高校ではプロムに向けて候補者が発表され、ブレインとアーティがキング、ティナとキティがクイーンの候補に選ばれる。中でもティナはプロム･クイーンの座を獲得しようと躍起になる。サムは、保健室に新しく来た看護師に恋心を抱く。ＮＹでは、オーディションの結果が来ないレイチェルが、あきらめムードになっていた。サンタナはＣＭ契約が決まり、バイト先の同僚ともいい雰囲気になる。

フィンが亡くなった。誰もが彼の突然すぎる死を受け入れられず悲しみに沈む。ウィルの提案で卒業生も集まり、グリー部らしく歌でフィンを追悼することにした。カートはフィンの遺品のジャケットをサンタナに譲るが盗まれてしまい、誰もがパックを疑うが、持ち去ったのは意外な人物だった。サンタナはこんな時でも意地悪なスーに怒りを抑えられず、暴言を吐き突き飛ばしてしまう。レイチェルはフィンへの思いを語り、２人の思い出の歌を歌う。

全国大会の出場校が発表された。話題の前衛的グリー部がいることが分かり、グリー部は２チームに分かれ、レディー･ガガとケイティ･ペリー、それぞれ苦手なジャンルの克服に挑む。サムはペニーに認められようと、ガガのショーに力を入れる。一方、ブリーは不穏な行動を開始する。
ニューヨークでは、カートがバンドのオーディションを開く。派手な衣装で現れた応募者スターチャイルドは、誰もが目を見張るパフォーマンスを披露するが、カートは不合格にする。

ブレインが“トワーク”という激しく腰を振るダンスを自主練していた姿をティナが撮影。みんなで爆笑していたが、ウィルは全国大会で審査員をくぎづけにできると考える。グリー部で練習することにしたが、スーからの激しい妨害に遭う。ユニークは、こっそり女子トイレを利用していたが、ブリーに見つかり、それを機に男女が入り混じってトイレを使うことに。一方、レイチェルとカートは思い切ってタトゥーを入れることにするのだが…。

歌の課題はビリー・ジョエル。ブレインとサムは、それぞれＮＹＡＤＡのオーディションと大学の面接のためにニューヨークへ。だがブレインは、カートにオーディションを受けたくないと告白、サムは面接に失敗し、実はモデルになるのが夢だったとレイチェルに告白する。アーティは、ベッキーのために大学を探そうとするが、スーは反対、ベッキー本人も頑なに拒絶する。ライダーは、ジェイクとマーリーの中が壊れたのを見て、マーリーにデートを申し込む。

ブレインがグリー部で全国大会のアイデアを話したところ、みんなから仕切り屋だとブーイングを受けてしまう。怒ったブレインが黙って音楽室の後ろの席に座っていると、なんとガス漏れが発生。ガスを吸ったブレインは、グリー部のみんなが人形になってしまった幻覚を見る。一方NYでは、カートがパメラ･ランズベリーの初ライブの会場を決めてくる。ミュージカルファンが集まるお店だったためサンタナたちは反対するが、意外な展開になる。

2012年に放映されなかったというクリスマスエピソード（架空）を送る。
マッキンリー高校ではクリスマスツリー飾り付け大会が開かれ、グリー部はサムとティナを中心に地球に優しいツリーを作る。ベッキーも出品するが…。降誕劇のために聖母マリア役のオーディションも行われる。だがキティだけは参加しない。ニューヨークでは、モールのサンタランドで妖精のバイトをするレイチェル、カート、サンタナの前にセクシーなサンタクロースが現れる。

ＮＹで芽が出ずにボヤくサンタナに対し、レイチェルはすべてが順調、友達として手を差し伸べるほどだったが、
サンタナが自分の代役のオーディションに現れ、「パレードに雨を降らせないで」を歌った途端、態度は一変。ライバル心を露わにする。
カートはスターチャイルドがバンドを奪う気ではないかと疑い、彼に近づいて真意を探ろうとする。
卒業式を間近に控えたマッキンリー高校では、アーティとティナが卒業生総代の座をスピーチで争うことになり、ぶつかり合う。

全国大会と卒業式が迫る中、グリー部の仲間と離れる心の準備ができていないティナは、“卒業”という言葉を聞くと泣き出してしまうほどナーバスになっていた。そんな彼女を見かねたブレインとサムは、学校でオールナイト・パーティをしようと提案する。ＮＹではレイチェルがエリオットの部屋に押しかけて同居することに。しかし、エリオットはサンタナとレイチェルのケンカに巻き込まれてウンザリし、バンドをやめると言い出す。

いよいよロスでの全国大会。グリー部を率いてきたフィンの思いを胸にキャロルとバートの２人もロスへ同行する。サムはシューにリーダーとしてグリー部をまとめるように頼まれるが、スロート･エクスプロージョンの嫌がらせに遭う。マーリーはシンガーソングライターになる夢をあきらめようとしていたが、ある人物に励まされる。卒業生にとっては最後の全国大会。果たして２連覇はなるのだろうか？

全国大会で敗れ、スーに廃部を宣言されたグリー部。ウィルに呼ばれた卒業生たちも集まり、最後に大好きな歌をもう一度歌うことにする。しかし、レイチェルとメルセデスは互いの成功を祝福せずに張り合い、どちらが本物のスターかを決めるために歌姫決定戦をすることになる。講堂に寄付して、かつてグリー部の窮地を救ってくれたエイプリルも現れ、出資者の権限を使い、講堂でのグリー部の活動をスーに認めさせようとするのだが…

卒業式と共にグリー部が廃部になる日も近づいていた。そんな中、いまだ大学が決まらずに焦るティナは、みんなと一緒にニューヨークに行こうと考え、新たに大学に願書を出す。仲間の歌に心を動かされて和解を申し出たレイチェルをサンタナは冷たくはねつける。エイプリルとホリーはウィルやグリー部員を救うため、他のクラブに音楽を取り入れようと試みる。はたしてグリー部はこのまま廃部となってしまうのだろうか。

ブレインとサム、アーティもＮＹへ出てくる。ブレインはカートと暮らし始めるが、距離が近くなりすぎて関係がギクシャクし始める。モデルを目指してＮＹに来たサムだったが、仕事が１つもなく、数ヵ月たった今でもカートのロフトに居候して毎日ダラダラと過ごしていた。アーティはＮＹの暮らしにワクワクしていたが、なんと地下鉄で強盗に遭ってしまう。レイチェルはスポンサーから自分専用の車を贈られて、いつものように調子に乗る。

レイチェルは公演が２週間後に迫って通し稽古が始まり、大学との両立でますます忙しくなる。同時にＮＹＡＤＡでは、成績を左右する冬の批評会が始まり、カルメンの厳しい忠告を受けたレイチェルは、大きな決断をする。サムはメルセデスとヨリを戻そうとするが、メルセデスはある理由からどうしても踏み切れないでいた。街ではゲイが襲われる事件が発生していた。ある夜、襲撃現場を目撃したカートは被害者を助けようと立ち向かうが…。

映画学校でモテモテのアーティは２人の女の子とデートしていたが、
性病の検査を受けたところクラミジアの陽性反応が出てしまう。
カートもＮＹに出てきて以来、筋トレで体を鍛え、
さらにゲイの少年をかばってケガしたことから大学で人気が急上昇。
一方のブレインは新生活のストレスから暴食して太ってしまい、カートに引け目を感じていた。
メルセデスとサムは付き合い始めるが、メルセデスは最後まで進むことを頑なに拒否していた。

試演も終わり、いよいよ公演が近づいて、レイチェルは今まで経験したこともないような不安を感じ、夢を見るほどになっていた。
原因はブロガーや投稿サイトの一般人の批判コメントだ。
カートに禁止されたにもかかわらず、公演初日の前夜、ネットを見てしまったレイチェルは、傷つき自信をなくして舞台に立てないと言い出す。
応援に集まった仲間たちは何とか彼女を救おうとする。
一方、ウィルと共に初めてニューヨークを訪れたスーは、ある男性に出会う。

レイチェルに、テレビ番組のオーディションを受けるチャンスが巡ってくる。
しかし、ウソをついて「ファニー・ガール」の舞台を休んだことから大変な事態に。
カートとブレインは、ＮＹＡＤＡを訪れた社交界の名士ジューン･ドロウェイに歌を披露する。
カートはジューンに憧れていたが、彼女が才能を見いだしたのはブレインの方だった。
メルセデスはアルバムの収録がうまくいっておらず、リリースが危ぶまれるが、サンタナが窮地を救ってくれる。

舞台を休んでテレビのオーディションを受けたことがネットの記事になったレイチェルは、
イメージを上げるために保護犬の里親を探すチャリティーイベントを開くことにし、サンタナが広報を担当する。
カートは元ブロードウェイの女優、マギーと知り合い、
彼女が住む高齢者施設の老人たちが行うミュージカル「ピーター・パン」に出ることにする。
サムは保護犬の施設で犬を引き取ってきて飼おうとするが、メルセデスの反対に遭う。

レイチェルのテレビ番組を作るために脚本家のメアリーがやって来るが、かなりの変わり者だった。
ブレインは、カートもショーに出してもらえるようジューンを説得していたが受け入れてもらえず、
ついに勇気を出してカートに打ち明けるのだが…
一方、モデルの大きな仕事のオーディションを受けたサムは、セックスへの飢えを評価されて見事合格。
まもなくツアーに出る予定のメルセデスは、レイチェルたちからサムと別れた方が２人のためだと諭される。

レイチェルは主演したテレビ番組が大コケしてクビになってしまう。ライマに戻り、パパたちの離婚話を聞かされてさらにショックを受けるが、皆からの励ましで立ち直り、グリー部を復活させようと奮闘する。カートと破局したブレインも町に戻り、ウォブラーズのコーチをしていた。一方、カートは新しい出会いを求めて動き出すが、ブレインへの愛に気づく。ヨリを戻したいと伝えにくるが、なんとブレインは既にある人と付き合っていた。

レイチェルはカートと共にグリー部を再開するが部員が集まらず、ホームカミングで帰郷した元部員たちを呼び集めて協力を頼む。ブレインが指導するウォブラーズには女子の入部希望者が現れ、入部テストを受けるためにレイチェルが力を貸すことになる。レイチェルは校内で謎の歌声を耳にして声の持ち主を探すがなかなか見つからない。それはひっそりと学校生活を送る転校生だった。一方、スーはグリー部を潰すためにある生徒を潜入させようと企む。

新生グリー部の初の課題はマッシュアップに決定するが、
褒めて伸ばしたいレイチェルと厳しい意見を言うカートは指導の仕方で意見が合わずに対立する。
ベッキーは彼氏ができて超ラブラブだったが、ウソをついていることを気に病んでいた。
シャノンは休みを取ってアメフト部の練習をサムに任せることが増え、部員たちから様子が変だと思われていた。
話を聞いたスーは、彼女の机を調べて処方薬を発見。シャノンがガンだと考えるのだが…

ひょんなことからウィルに腹を立てたスーは、本気で彼に復讐しようと誓う。そして、グリー部を潰すために、レイチェルやカートに内緒で招待公演を計画しウォブラーズとボーカル・アドレナリンを招く。レベルの高いパフォーマンスを見て部員の心が折れないように、レイチェルはウィルやブレインに手加減するよう頼むのだった。さらに、スーはクレインを復縁させようと、あの手この手でカロフスキーとブレインの仲を裂こうと画策する。

招待公演はスーの突然の発表で３日間の競技会に変わり、グリー部はさらにメンバーが必要になる。レイチェルはカートの提案でキティを、サムはアメフト部のスペンサーを勧誘しようと動く。レイチェルはグリー部が打ちのめされないよう、審査員スーの心に響く曲を探す。カートとブレインは２人の復縁を望むスーによって偽のエレベーターに閉じ込められ、解放の条件としてあることを強要される。要求を拒んだ２人はひと晩エレベーターで過ごすことになる。

グリー部の指導にやってきたメルセデスは、レイチェルにブロードウェイの舞台に立つため
ニューヨークに戻るべきだと助言し、オーディションを勧める。
しかし再び失敗することを恐れるレイチェルは尻込みする。
ブリトニーは、サンタナと絶縁中の祖母を自分たちの結婚式に呼ぶため、２人を仲直りさせようとサンタナに内緒で会いに行く。
レイチェルとサムはお互いを意識しながらも、互いにメルセデスを思って前に踏み出せずにいた。

レイチェルの密かな妨害もむなしく、家が売れて引っ越すことに。心の整理ができない彼女を励ますため、グリー部がパーティを開く。カートとデュエットしたブレインは、帰り際に思わずカートにキスし自分の気持ちに気づく。一方、手術を受けて復帰したシャノンは、“シェルドン”として新たな人生をスタート。スーたちから温かく迎えられるが、ボーカル・アドレナリンからひどい嫌がらせを受ける。激怒したウィルは、ある作戦を実行する。

ブリトニーとサンタナの結婚式が近づく。会場はブリトニーが生まれた納屋。
グリー部員や卒業生たちが準備を進める中、ブリトニーは結婚式のジンクスに過敏になっていた。
サンタナはスーの出席に猛反対。
カートはウォルターの励ましを受け、ブレインと式に出席することにする。
ティナは友人たちの幸せな様子に刺激を受け、ある計画を立てる。
いよいよ式の当日。サンタナに思いがけない贈り物が届けられる。
そして、みんなが驚く出来事がもう１つ起こる。

ハリス教育長の甥っこマイロンがバル･ミツバーを迎え、グリー部はパフォーマンスするよう頼まれる。一方、ジェーンのことが気になるメイソンは彼女を誘おうとすると、いつもマディソンに邪魔されうんざりしていた。スペンサーは、ロデリックの友達アリステアに恋をしていたが、うまくアプローチできずにいた。ロデリックの体を鍛える手伝いをする代わりに、仲を取り持つよう話をつけるが、キツいことを言ってしまいケンカになる。

ダルトン・アカデミーが火事に遭って焼け落ちる。居場所をなくしたウォブラーズを救うために、ウィルはマッキンリー校グリー部との合同チームを作ろうと提案する。スーは、合同チームの結成を阻もうとするが、“憎悪のロッカー”を教育長に見られてしまい、人生最大のピンチを迎える。レイチェルはニューヨークで再出発するために、もう一度ＮＹＡＤＡでやり直したいと考えていた。そんな彼女のもとに思いがけない知らせが届く。

レイチェルはＮＹＡＤＡに戻るかブロードウェイの舞台に出るか決めかねていた。一方、グリー部は地区大会を目前に控え、ダンスの特訓に励むが、負ければ廃部となってしまうため、ダンスが苦手なロデリックとスペンサーは足手まといだから後列に下がるようにと言われてしまう。スーがマッキンリー高校に復讐しにやって来て、学校中が大パニックとなる。そして、ついに運命の地区大会の日を迎える。グリー部は果たして存続なるか？

2009年。顧問のいなくなったグリー部をウィルが引き継ぐと決心し、たった５人の新しいグリー部が生まれた。最初のメンバーであるカート、メルセデス、ティナ、アーティは、当時どんなことを考えて高校生活を過ごし、どんなきっかけでグリー部への入部を決めたのだろうか。同時に、当時のウィルの結婚生活やスターを夢見るレイチェルを懐かしく思い出し、さらには、ウィルとスーの衝突の始まり、５人がどんな風にフィンを受け入れたのかが描かれる。

ニュー・ディレクションズが全国大会で優勝し、マッキンリー高校が芸術学校に生まれ変わる。そして、ウィルはハリス教育委員長から校長に任命され、サムがグリー部の顧問を引き継ぐ。月日は流れ、カートとブレインは舞台で成功を収め、アーティはティナ主演の映画を製作し映画祭で上映されることとなり、メルセデスも歌手として忙しい日々を送っていた。レイチェルがトニー賞の候補となり、彼女のために仲間たちが応援に駆けつける。