X-ファイル (字幕版)

相変わらずX-ファイル課は閉鎖されたまま、モルダーは退屈な盗聴、スカリーは古巣のアカデミーで教鞭と、それぞれちがう仕事に就いていた。そんなときモルダーに、プエルトリコの山中にある、いまは放棄されたSETI(地球外生命体との交信を研究する施設)に交信が入ったという極秘の連絡が届く。彼を影からバックアップするリチャード・マシスン上院議員からの情報だ。仕事を放り出し、さっそく現地に向かうモルダーと、そんな彼をあとから追い掛けるスカリー。そこには何かに怯えるメキシコ人の男性と、怪しい緑色の光線が……。

ニューアークの下水道でロシア人男性だと思われる腐乱死体が発見された。スキナーに、このありがちな事件の担当を命じられたモルダーはふてくされながら現地に飛ぶ。だが、モルダーに頼まれて検死したスカリーは死体からウズムシという寄生虫を発見、さらに下水処理場の従業員が下水道のなかで何者かに襲われてしまう。その男は背中に傷を負い、のちに死亡。ありがちな事件のはずが徐々に怪奇な様相を呈しはじめたのだ。そんなとき、スカリーのもとに事件の手がかりとなる新聞記事が何者かによって届けられた。その新聞にはチェルノブイリのことが書かれていた。

ペンシルバニア州フランクリン、この犯罪とは無縁の小さな町で殺人事件が相次いだ。温厚な不動産業者が突如常軌を逸し、見知らぬ人々を4人も殺害したりと、事件の数は半年で7件、殺された人間は22人にも上り、容疑者はみな死亡していた。捜査を依頼されたモルダーはその現場には常に電子機器があり、壊されていることに着目する。依頼を受け容疑者を検死したスカリーは眼球からLSDに似た覚醒物質を発見、モルダーの調査でそれは非許可農薬であることが判明する。だが、その間にも、失業したひとりの男がライフルを手にしていた。

睡眠研究の権威で精神科医のグリッソムという博士が謎の死を遂げた。火災の通報を受けた消防隊員が彼のアパートに急行すると火の気はなく、彼の死体だけが転がっていたのだ。翌日、その事件を知ったモルダーのもとに通報時の録音テープが送られてきた。興味を持ったモルダーはその事件にとりかかるが、スキナーに新しい相棒の同行を命じられる。その相棒はアレック・クライチェック。クサるモルダーに、検死をしたスカリーが驚くべき事実を告げる。博士の死体は外傷がないものの、体内の反応は火事に遭ったことを物語っていたというのだ。モルダーは博士の過去を探りはじめる。

ドエーン・バリーという名の元CIAの男が旅行会社に人質をとって籠城した。エイリアンにアブダクトされたと言ったために精神病院に入れられていたのだが、担当医を人質にとって逃亡したのだ。バリーの説得を頼まれたモルダーは現場に急行、白ら人質となってバリーに接触を試みる。バリーの口からこぼれるアブダクトの恐怖、第三者の無理解を聞き、心揺れるモルダーだが、耳に隠したマイクからスカリーの「バリーは脳にある障害で虚言症になったのよ」という言葉が。決断を迫られたモルダーは機転を利かせ、バリーを逮捕。だが、病院で意外な真実が彼を待ち受けていた。

バリーによって連れ去られてしまったスカリー。彼はスカリーを縛りあげて車のトランクに押し込み、目的地であるスカイランド・マウンテンに向かう。その途中、警察に尋問を受けたバリーは彼を殺害して逃亡。その様子を収めたビデオテープを見たモルダーはバリーの目的地を割り出しクライチェックと向かう。その地こそ、バリーが宇宙人と交信しようとしている場所にちがいないと推理したのだ。しかし、モルダーヘの妨害をスモーキング・マンに命じられたクライチェックは彼の乗るロープウエイを止め、モルダーがやっとの思いで山頂に着いたときはすでにスカリーの姿はなかった。

依然、消息をつかめないスカリー。しかし、X-ファイル課に戻ったモルダーには新たな事件が待っていた。ロスで体内の血を抜かれた老人の死体が発見されたのだ。似た事件は他の州からも報告され、犯人が血を欲しているのではないかと推理したモルダーは血液銀行を調査。夜警の従業員を雇用した会社に目をつけ出向くと、その男が貯蔵庫で保存血液を吸っていたところに出くわす。連行し尋問をするモルダーに彼は不死身の吸血鬼だといい、光を極端に恐れた。そして朝日を浴びると煙をあげながら息絶えてしまったのだ。モルダーは彼の通っていたクラブに行き、そこでミステリアスな美女に出会う。

失踪中のスカリーが重体で発見された。その過程は謎だらけで、当の本人も昏睡状態だ。真実を欲するモルダーはミスターXに連絡をとり、ローンガンメンに協力を仰ぐ。彼らの調査によるとスカリーの血液には毒性を持つ未知のタンパク質が含まれ、回復の見込みはないという結果が出た。落ち込むモルダーのまえで、その貴重な血液サンプルが消えた。近くにいた男を追い掛けるモルダーだが、ミスターXが現れ彼を射殺。「おまえは甘いんだ」といわれてしまい動揺を隠せないモルダーは、すべてのカギを握ると思われるスモーキング・マンの部屋に押し掛けるのだった。

カスケート山脈の火口を調査する火山学者チームが消息を断った。バックアップのグループが無人探査機を遠隔操作すると、それは火口に横たわったメンバーの死体と謎の黒い影を映し出した。捜査を依頼されたモルダー&スカリーは現場に直行、するとメンバーのひとりが襲いかかってきた。彼を含め生存しているメンバーに話を聞いたところ、彼らがチームのリーダー、トレプコス博士を恐れていることがわかった。姿を消した博士の日記を発見したモルダーは、彼らが火山のなかで未知の生物を発見したことを知る。その生命体とは？そして博士の真の目的は！？

ウィスコンシン州のデルタ・グレン。ここは精肉業で成り立っている田舎町だ。その平和な町で高校生が誘拐され、つぎの日、下着姿で発見される奇妙な事件が頻発する。彼らの身体には”HE IS ONE SHE IS ONE”と謎の言葉が書かれていた。捜査に乗り出したモルダー&スカリーは、その町にレッド・ミュージアムという菜食主義を謳う新興の宗教団体がいることを知る。犯人は精肉に反対する彼らなのか？そんなとき犠牲者を調べていたスカリーは体内から大量のスコポラミンを検出。幻覚症状を起こすこの劇薬を調達できるのは医師だけだと推理し、子供たちの主治医ラーソンに疑いの目を向ける。

マサチューセッツ州の老人療養所、「神の家」で奇妙な看護婦レイプ事件が発生。被害者は見えない何者かにレイプされ、その犯人として74歳のアルツハイマー症老人を告訴したのだ。彼女の傷付いた姿を収めたビデオを見せられたモルダーはホルターガイスト事件にちがいないと思い、「神の家」に赴く。だが、その老人はアルツハイマーには見えないほど元気な上に、謎の薬を服用したあと突如、息絶えてしまう。納得行かないモルダーとスカリーはその後も療養所を訪れるが、今度は介護人の男性が屋根から転落死、もうひとりの介護人も行方不明になってしまう。

ミズーリー州オーブリーの女性刑事B・Jは、男が死体を埋める夢を見た。同じ場所を掘り起こしてみると白骨死体があり、それは1942年に消息を断ったFBI捜査官チェイニーのものだとわかる。彼が追っていた事件は20代の女性を殺害し、胸に”SISTER”の文字を刻むという猟奇的殺人。モルダー&スカリーがチェイニーの骨を分析するとそこには”BROTHER”の文字が刻まれていたことが判明。しかし、それはB・Jの悪夢にも登場したことだった。スカリーは彼女が上司の子供を妊娠していることを知るが、それにも増して彼女の様子は尋常じゃない。そんなとき、その50年前と同じ手口の事件が再発する。

ミネアポリスで、墓を掘り起こされ死体の頭髪と爪が剥がれる異常な事件が発生。エイリアンの仕業と思った担当刑事はすぐにモルダー&スカリーに連絡、ふたりは現場に急行する。だが、その様子を見たモルダーは、犯人が女性の爪と頭髪に執着するフェチストであると推理。とき同じくして同一犯人と思われる者によるコールガール殺害事件が起き、モルダーは犯人の暴走がはじまったことを危倶する。そんなときコールガールに暴行を働いた男が逮捕されモルダー&スカリーは尋問に行くが、その留置所には真犯人がほかの罪で捕らえれていた。そして彼はスカリーの金髪に目をつける……。

ニューハンプシャー州の小さな町で高校生が殺される事件が発生。目と心臓がえぐられていたことから悪魔崇拝者に殺されたと信じる地元警察はモルダー&スカリーに協力を仰ぐ。さっそく現地にやってきたふたりは、学内の不穏な空気を感じ取る。というのも悪魔崇拝者は教師とPTAだったのだ。が、だからといって彼らが生徒を殺害したわけではなく、不信感が募りはじめる。そんなとき、女性生物教師パドックが臨時で教鞭をとることになった。パドックは殺された高校生の仲間であり、悪魔崇拝教師の義理の娘シャノンに近付き彼女の持ち物を盗む。そしてシャノンは謎の死を遂げた……。

入国帰化管理局に駐屯する海兵隊員マカルピンが死亡。妻はブードゥーの呪いだといってモルダーたちに調査を依頼する。ふたりは彼の勤務先に行って上司の大佐から詳しい話を聞き、ブルベイという男がハイチ難民を扇動し、施設で暴動を起こそうとしたことを知る。留置されているブルベイに事情を尋ねたモルダーは逆に、大佐が彼らの帰化を妨害しているといわれ、その食い違いに疑問を抱く。そんなとき、マカルピンの死体を調べようと安置所を訪れたスカリーだが、そこに彼の死体はなかった。それもそのはず、マカルピンは生き返っていたのだ！？

北極海に墜落した飛行物体の生存者が病院から失踪。それからしばらくしてモルダーは奇妙な情報を得る。原因不明の火災で3人の医師が死亡、彼らはみな人工中絶を施す病院に勤務し、驚くほど似ているうえに、彼らの出生記録は存在しないというものだ。モルダーは彼らに酷似した4人目の医師がいることを突き止め捜査官を派遣。だが、そこには失踪した謎の男も現れ、医師と捜査官は殺害される。そうとは知らず、現場に赴いたモルダーたちは、そこで殺害されたはずの捜査官に遭遇。謎の男は姿を自在に変えることができたのだ。そんなとき、モルダーに実家から連絡が入る。行方不明の妹サマンサが帰ってきた……！？

姿を変えられる謎の男にスカリーを拉致されたモルダーはサマンサとの交換を提案され、スキナーに応援を頼む。ふたりとも助けようというのだ。だが、その計画は失敗し、スカリーは救出するもののサマンサは死亡、謎の男もとり逃がしてしまう。落胆するモルダーが家に帰ると、そこにはメリッサのメッセージと、ある中絶病院に入るパスカードが残されていた。さっそくその病院に向かったモルダーのまえにサマンサそっくりのクローンが現れ、しかも彼女たちは「妹は生きているわ」と告げる。だが、そこにまたも謎の男が登場、病院は火に包まれる。

アイダホ州フェアフィールドで奇妙な事件が頻発。見えない力によって建物が壊れたり、従業員が殺されたりしたのだ。さらにゾウがハイウェイに現れ、間もなく死体で発見される事件も起きた。モルダー&スカリーは町の動物園で、過激な動物愛護団体WAOがからんでいるのではないかという情報を入手。またローンガンメンに、動物園の近くでUFOが頻繁に目撃されていることを教えられる。そのころ、またも動物園では事件が発生。忍び込んだWAOのメンバーがトラの橿のまえで何者かに殺され、その檻は力ギのかかったまま空っぽになっていたのだ。失踪したトラはなぜか町をうろついていた。

ノルウェイ沖で消息を断った米海軍の駆逐艦の救命艇が発見された。だが、乗り込んでいたクルーたちはなぜか90歳を超えたような老人に変わっていた。話を聞いたモルダーは、時空連続体によって時間の流れが加速されているのではないかと考え、真相を確かめるべくスカリーとともに現地に向かう。船をチャーターし駆逐艦を発見したふたりだが、その船は91年に建造されたにもかかわらずすでに朽ち果てていた。また艦内にはミイラ化した死体が転がり、船長だけが生存していたものの、老衰のために絶命してしまう。が、恐怖はそれに留まらなかった。モルダーとスカリーにも老化がはじまったのだ。

皮膚が魚の鱗のような男が何者かに惨殺された。その傷口が、過去の未解決の怪死事件と酷似していることを知ったモルダー&スカリーは捜査を開始。殺された男はサーカスに所属し、そのメンバーの多くは事件の起きた町に集まっているらしい。町を訪れたふたりは、レストランのメニューに描かれたイラストに目をとめる。それはフィージー・マーメイドと呼ばれる、ミイラ化したサルと魚を合体させて作った人魚を描いたもので、殺人現場にはサルのような足跡が残されていたからだ。その夜、町に泊まることになったふたりは奇妙な人々と遭遇。そのなかには、腹に弟を接合している男までいた。

遊園地で2歳になる幼児がミニチュアの列車に礫かれて死亡。その様子を偶然収めた写真からは、奇妙な影が浮かび上がった。ホルターガイスト現象の発生を疑うモルダーは捜査に乗り出し、最近その家族の周囲で異変が起きていることを知る。ルーマニア人の祖母が死亡した幼児の兄、8歳のチャーリーを忌み嫌う一方で異常に怖れていたのだ。スカリーは父親にチャーリーをソーシャルワーカーに見せることを勧めるが、その途中の車で父親は死亡。ますますこの家族の周囲には不穏な空気がたちこめる。そんなとき、祖母がルーマニアの”カルサリ”と呼ばれる祈祷者を集め、不気味な儀式をはじめた。

南米コスタリカの熱帯雨林で不気味な死体が発見される。彼は科学者で、病気で死亡したブタを調べているうちにブタの膿を浴び死んでしまったのだ。同じころ、バージニア州の刑務所の囚人に差出人不明の小包みが届けられ、なかにはブタの足が。彼はすぐにそれを捨てるものの、間もなく高熱と膿泡で死亡。側に居た囚人も絶命し所内はパニック状態になる。が、問題はそれに留まらなかった。その機に乗じて囚人ふたりが脱獄、未知の伝染病の存在を知ったモルダー&スカリーは、片や囚人捜査、片や伝染病の究明に奔走する。モルダーは脱獄囚を発見するものの、すでに絶命していたのだった。

密室状態のホテルの一室から宿泊客が忽然と消えた。アカデミーの教え子ケリー刑事に捜査協力を頼まれたスカリーがモルダーとともに現場に赴くと、その部屋のカーペットには不可解な黒いシミが残っていた。似た事件が過去にも起きていることを知ったふたりは、その現場で同じような黒いシミを発見。加えて捨てられた列車の切符を見付け、駅で張り込みをつづけることに。と、そこに不審な男が現れた。彼はバンドン博士といい、勤めていた開発会社で実験中に事故に遭い、その直後に失踪したことを突き止める。近付くモルダーに「おれから離れろ！」と必死で訴える博士。彼に何が起きたのか？

ダドリーという町で農務省の役人が行方不明になった。現場近くに不審な火(狐火)を目撃したという証言からモルダー&スカリーが乗り出すことに。役人はその町を支える企業、鶏肉業のチャコ・チキン会社に違法の疑いがあるとして調査している最中に消えたらしい。チャコ社を訪れたモルダーらはそこで、突如女性従業員が暴れだす現場に遭遇。彼女は保安官に射殺されてしまう。その女性はチャコ社の創立者の孫娘で、スカリーの検死の結果、クロイツェル・ヤコブ病という珍しいウィルス性疾患に罹っていたことが判明。行方不明の役人もこの奇病に罹っていたことがわかり、ふたりの疑問は膨れる。

あるハッカーが国防省のコンピュータに侵入、UFOに関するファイル「MJ資料」を盗み出した。彼はローンガンメンを通じてモルダーと接触をはかり、そのディスクを手渡す。ディスクを開けてみるモルダーとスカリーだが、そこに書かれていたのは彼らには解読不可能なナバホ語だった。モルダーがディスクを手に入れたことをスモーキング・マンに知らされたモルダーの父ビルは息子を呼び出し説得に当たるものの、何者かに射殺されてしまう。ショックで落ち込むモルダー。が、傷心に浸る間もなく今度はモルダーが襲われる。それは失踪していたクライチェックだった。彼が父親を殺したのか？