A CEToolbox alkalmazás egy számológép a kapilláris elektroforézishez. Célja, hogy több információt nyújtson a vegyületek elválasztásáról, például a hidrodinamikai befecskendezésről, a kapilláris térfogatáról, az injektálási dugó hosszáról vagy az injektált analit mennyiségéről. Az alkalmazás bármilyen típusú CE-rendszerrel működik.
A CEToolbox egy ingyenes alkalmazás, amelyet Java-val fejlesztettek ki és az Apache licenc alatt adtak ki. A forráskód elérhető a GitHub webhelyen. További információk a https://cetoolbox.github.io weboldalon szerezhetők be.