Öğrencilerin sorgulama yoluyla bilim ve matematikle ilgilenmelerine yardımcı olmak için PhET simülasyonları aşağıdaki tasarım ilkeleri kullanılarak geliştirilmiştir:
Bilimsel sorgulamayı teşvik edin
Etkileşim sağlayın
Görünmeyeni görünür yapın
Görsel zihinsel modelleri gösterin
Birden çok gösterimi dahil edin (ör; nesne hareketi, grafikler, sayılar vb.)
Gerçek dünya bağlantılarını kullanın
Verimli keşifte kullanıcılara örtülü rehberlik (ör. kontrolleri sınırlandırarak) sağlayın.