Re-Pair er et action-puslespil, hvor du spiller, mens en gul terning er tvunget til at blive delt op alias "De-Paired" i to terninger (grøn og blå), der spejler hinanden. Målet med spillet er at "Gen-parre" de to terninger igen ved at undgå forhindringer, løse gåderne og samle kugler, der fungerer som nøgler, der aktiverer portaler, der sender dig til næste niveau.