PHREEQC plus

Alan Liška, Veronika Růžičková (JHI Prague, CZ)

Περιγραφή εφαρμογής

Περιγραφή & Χρήση:
Το PHREEQC (συγγραφείς: David L. Parkhurst, C.A.J. Appelo) είναι ένας αγαπημένος γεωχημικός κώδικας που χρησιμοποιείται για τη μοντελοποίηση ειδών. Η εφαρμογή μας προσφέρει στους χρήστες την εμπειρία εκτεταμένων δυνατοτήτων λόγω της ενσωμάτωσης των MOPAC (συγγραφέας: James JP Stewart), CHEMSOL (συγγραφείς: Jan Florián, Arieh Warshel), XTB (συγγραφείς: C. Bannwarth, E. Caldeweyher, S. Ehlert, A. Hansen, P. Pracht, J. Seibert, S. Spicher, S. Grimme, P. Shushkov, M. Stahn, H. Neugebauer, J.-M. Mewes, V. Asgeirsson, C. Bauer, J. Koopman ) και DFTB+ (συγγραφείς: B. Hourahine, B. Aradi, V. Blum, F. Bonafé, A. Buccheri, C. Camacho, C. Cevallos, M. Y. Deshaye, T. Dumitrică, A. Dominguez, S. Ehlert, M Elstner, T. van der Heide, J. Hermann, S. Irle, J. J. Kranz, C. Köhler, T. Kowalczyk, T. Kubař, I. S. Lee, V. Lutsker, R. J. Maurer, S. K. Min, I. Mitchell, C Negre, T. A. Niehaus, A. M. N. Niklasson, A. J. Page, A. Pecchia, G. Penazzi, M. P. Persson, J. Řezáč, C. G. Sánchez, M. Sternberg, M. Stöhr, F. Stuckenberg, A. Wkatchenko, V. Yu, T. Frauenheim). Οποιαδήποτε προσαρμοσμένα είδη που δεν υπάρχουν στις ενσωματωμένες βάσεις δεδομένων μπορούν να υπολογιστούν εντός της εφαρμογής και τα αποτελέσματα να χρησιμοποιηθούν στο μοντέλο (με άλλα λόγια, μια νέα, συγκεκριμένη βάση δεδομένων μπορεί να κατασκευαστεί σε κάθε εκτέλεση ξεχωριστά). Επιπλέον, το τρέχον πακέτο περιέχει πολυάριθμες μη συμβατικές βάσεις δεδομένων που χρησιμοποιούν τόσο πειραματικά όσο και προβλεπόμενα / υπολογισμένα δεδομένα από μεγάλες βάσεις δεδομένων όπως CHNOSZ, ModelSEED, Alexandria library, KEGG και άλλες κυριολεκτικές πηγές.
Εκτός από την κατάσταση ισορροπίας, ο κώδικας υποστηρίζει επίσης μοντελοποίηση κινητικής, για την οποία τα αντίστοιχα μπλοκ λέξεων-κλειδιών μπορούν να δημιουργηθούν αυτόματα με βάση τον προηγούμενο υπολογισμό μεταβατικής κατάστασης. Ως εναλλακτική λύση για μη υδατικά συστήματα, είναι επίσης διαθέσιμη η μοντελοποίηση ειδώλων FastChem Cond. Όλες οι λειτουργίες του προγράμματος είναι διαθέσιμες εκτός σύνδεσης.

Προειδοποίηση σχετικά με την υπολογιστική ακρίβεια: Το MOPAC αντιπροσωπεύει έναν εύλογο συμβιβασμό μεταξύ της ισχύος της συσκευής/χρόνου υπολογισμού και της ακρίβειας πρόβλεψης για μεγάλη ποικιλία τύπων ενώσεων που κυμαίνονται από μικρού έως μεσαίου μεγέθους μόρια. Ωστόσο, η ακρίβεια είναι περιορισμένη. Προκειμένου να συντονιστούν οι προκύπτουσες ενέργειες, το μοντέλο COSMO από το MOPAC καθώς και τα μοντέλα επίλυσης CHEMSOL είναι ενσωματωμένα, αν και το CHEMSOL αρχικά προτίθεται να χρησιμοποιηθεί σε σχέση με τις δομές και τα φορτία που υπολογίζονται σε υψηλότερα επίπεδα θεωρίας. Επομένως, όλες οι υπολογισμένες σταθερές ισορροπίας και ρυθμού θα πρέπει να αντιμετωπίζονται με προσοχή και να θεωρούνται ως μια πρόχειρη εκτίμηση σε περιπτώσεις που δεν υπάρχουν διαθέσιμα πειραματικά δεδομένα (από τις βάσεις δεδομένων που περιλαμβάνονται). Η ενσωμάτωση XTB και DFTB+ είναι πειραματική μέχρι στιγμής.

ΣΠΟΥΔΑΙΟΣ !!!
Αν και αυτή η εφαρμογή αποτελείται από κώδικες και πόρους ανοιχτού κώδικα, οι άδειες χρήσης για ορισμένα στοιχεία απαιτούν από τους χρήστες να αναφέρουν τις αρχικές αναφορές κατά τη δημοσίευση των αποτελεσμάτων. Ελέγξτε όλες τις πληροφορίες αδειοδότησης κάτω από τα κουμπιά «Άδεια χρήσης» και «Σχετικά με την εφαρμογή».
Όλοι οι χρήστες της εφαρμογής PHREEQC PLUS συμμορφώνονται με τη λήψη, την εγκατάσταση και τη χρήση της με όλους τους όρους άδειας χρήσης των επιμέρους στοιχείων λογισμικού και αναλαμβάνουν την ευθύνη για τη διατήρησή τους.

Πηγαίος κώδικας εφαρμογής: https://github.com/alanliska/PHREEQC-plus

Επικοινωνία:
Η συλλογή του πηγαίου κώδικα για Android καθώς και η ανάπτυξη εφαρμογών Android έγινε από τους Alan Liška ([e-mail]) και Veronika Růžičková ([e-mail]), J. Heyrovský Institute of Physical Chemistry of the CAS, v.v.i., Dolejškova 3/2155, 182 23 Praha 8, Τσεχία.
Ιστοσελίδα: http://www.jh-inst.cas.cz/~liska/MobileChemistry.htm

Λίστα χρησιμοποιημένου λογισμικού τρίτων:
ACPDFVIEW, ANDROID SHELL, BLAS, CHEMSOL, DFTB+, DFTD4, EIGEN3, FASTCHEM Cond, GMP, GRAPHVIEW, LAPACK, MCTC-LIB, MOPAC, MSTORE, MULTICHARGE, OPENBABEL, OPENMOPLAS, OPSH, OPENMOPS, OPENMOPS QCXMS, S-DFTD3, STDA, TBLITE, TEST-DRIVE, TOML-F, TRANSPOSE, X11-BASIC, XTB, XTB4STDA.

Περισσότερες πληροφορίες για άδειες και αναφορές - ανατρέξτε στις πληροφορίες αδειοδότησης μέσα στην εφαρμογή.

Τι νέο υπάρχει

Fixed compatibilty of the plotting options on Android 7 devices.