Päähenkilö on puolimekaaninen sammakko Froggy, jonka loi hullu tiedemies. Pelaajan tehtävänä on sijoittaa värillisiä palloja erilaisiin esineisiin (jotka vaihtelevat suuresti jokaisessa maailmassa). Sinun on kiinni heidät huolellisesti, jotta et menetä pisteitä ja Froggyn elämää. Tämän ansiosta Froggy pakenee laboratoriosta ja voi pelastaa ystävänsä. Tämän seikkailun aikana pelaaja tutkii monia maailmoja: laboratoriota, vedenalaista biomia, kaivon sisäpuolta, trooppista viidakkoa, taivasta ja jäisiä vuoria. Jokaisella on oma ainutlaatuinen mekaniikkansa. Sillä välin keräät osat, jotka tarvitset aluksen rakentamiseen avaruuteen menemiseksi!