PHREEQC plus
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PHREEQC(저자: David L. Parkhurst, C.A.J. Appelo)는 종분화 모델링에 사용되는 인기 있는 지구화학적 코드입니다. 우리 애플리케이션은 MOPAC(저자: James JP Stewart), CHEMSOL(저자: Jan Florián, Arieh Warshel), XTB(저자: C. Bannwarth, E. Caldeweyher, S. Ehlert, A. Hansen, P. Pracht, J. Seibert, S. Spicher, S. Grimme, P. Shushkov, M. Stahn, H. Neugebauer, J.-M. Mewes, V. Asgeirsson, C. Bauer, J. Koopman ) 및 DFTB+(저자: B. Hourahine, B. Aradi, V. Blum, F. Bonafé, A. Buccheri, C. Camacho, C. Cevallos, M. Y. Deshaye, T. Dumitrică, A. Dominguez, S. Ehlert, M Elstner, T. van der Heide, J. Hermann, S. Irle, J. J. Kranz, C. Köhler, T. Kowalczyk, T. Kubař, I. S. Lee, V. Lutsker, R. J. Maurer, S. K. Min, I. Mitchell, C Negre, T. A. Niehaus, A. M. N. Niklasson, A. J. Page, A. Pecchia, G. Penazzi, M. P. Persson, J. Řezáč, C. G. Sánchez, M. Sternberg, M. Stöhr, F. Stuckenberg, A. Tkatchenko, V. W.-z. Yu, T. Frauenheim). 내장 데이터베이스에 없는 모든 사용자 정의 종은 앱 내에서 계산될 수 있으며 결과는 모델에 사용됩니다(즉, 새로운 특정 데이터베이스가 각 실행에서 별도로 구성될 수 있습니다). 또한 현재 패키지에는 CHNOSZ, ModelSEED, Alexandria 라이브러리, KEGG 및 기타 리터럴 소스와 같은 대규모 데이터베이스의 실험 데이터와 예측/계산 데이터를 모두 활용하는 수많은 비전통적 데이터베이스가 포함되어 있습니다.
평형 상태를 제외하고 코드는 동역학 모델링도 지원하며, 이에 대한 각 키워드 블록은 이전 전환 상태 계산을 기반으로 자동으로 생성될 수 있습니다. 비수성 시스템의 대안으로 FastChem Cond 종분화 모델링도 사용할 수 있습니다. 모든 프로그램 기능은 오프라인에서 사용할 수 있습니다.
계산 정확도에 대한 경고: MOPAC은 중소형 분자에 이르는 다양한 화합물 유형에 대한 장치 성능/계산 시간과 예측 정확도 간의 합리적인 절충안을 나타냅니다. 그러나 정확도에는 제한이 있습니다. 결과 에너지를 조정하기 위해 CHEMSOL 용매화 모델뿐만 아니라 MOPAC의 COSMO 모델도 통합되었습니다. 그러나 CHEMSOL은 원래 더 높은 수준의 이론에서 계산된 구조 및 전하와 관련하여 사용하도록 의도되었습니다. 따라서 계산된 모든 평형 및 속도 상수는 주의 깊게 처리되어야 하며 포함된 데이터베이스의 실험 데이터가 없는 경우 대략적인 추정치로 간주되어야 합니다. XTB 및 DFTB+ 통합은 지금까지 실험적입니다.
중요한 !!!
이 앱은 오픈 소스 코드와 리소스로 구성되어 있지만 일부 구성 요소에 대한 라이선스에서는 사용자가 결과를 게시할 때 원본 참조를 인용해야 합니다. '라이선스' 및 '앱 정보' 버튼 아래에서 모든 라이선스 정보를 확인하세요.
PHREEQC PLUS 앱의 모든 사용자는 개별 소프트웨어 구성 요소의 모든 라이센스 조건을 다운로드, 설치 및 사용함으로써 이를 준수하고 이를 유지할 책임을 집니다.
앱 소스 코드: https://github.com/alanliska/PHREEQC-plus
연락하다:
Android용 소스 코드 편집과 Android 앱 개발은 Alan Liška(alan.liska@jh-inst.cas.cz) 및 Veronika Růžičková(sucha.ver@gmail.com), J. Heyrovský Institute of에 의해 수행되었습니다. CAS의 물리화학, v.v.i., Dolejškova 3/2155, 182 23 Praha 8, Czech Republic.
웹사이트: http://www.jh-inst.cas.cz/~liska/MobileChemistry.htm
사용된 타사 소프트웨어 목록:
ACPDFVIEW, ANDROID SHELL, BLAS, CHEMSOL, DFTB+, DFTD4, EIGEN3, FASTCHEM Cond, GMP, GRAPHVIEW, LAPACK, MCTC-LIB, MOPAC, MSTORE, MULTICHARGE, OPENBABEL, OPENBLAS, OPENMOPAC, OPSIN, PHREEQC, PLOTMS, PYTHON, QCXMS, S-DFTD3, STDA, TBLITE, 테스트 드라이브, TOML-F, TRANSPOSE, X11-BASIC, XTB, XTB4STDA.
라이선스 및 참조에 대한 자세한 내용은 앱 내부의 라이선스 정보를 참조하세요.
PHREEQC(저자: David L. Parkhurst, C.A.J. Appelo)는 종분화 모델링에 사용되는 인기 있는 지구화학적 코드입니다. 우리 애플리케이션은 MOPAC(저자: James JP Stewart), CHEMSOL(저자: Jan Florián, Arieh Warshel), XTB(저자: C. Bannwarth, E. Caldeweyher, S. Ehlert, A. Hansen, P. Pracht, J. Seibert, S. Spicher, S. Grimme, P. Shushkov, M. Stahn, H. Neugebauer, J.-M. Mewes, V. Asgeirsson, C. Bauer, J. Koopman ) 및 DFTB+(저자: B. Hourahine, B. Aradi, V. Blum, F. Bonafé, A. Buccheri, C. Camacho, C. Cevallos, M. Y. Deshaye, T. Dumitrică, A. Dominguez, S. Ehlert, M Elstner, T. van der Heide, J. Hermann, S. Irle, J. J. Kranz, C. Köhler, T. Kowalczyk, T. Kubař, I. S. Lee, V. Lutsker, R. J. Maurer, S. K. Min, I. Mitchell, C Negre, T. A. Niehaus, A. M. N. Niklasson, A. J. Page, A. Pecchia, G. Penazzi, M. P. Persson, J. Řezáč, C. G. Sánchez, M. Sternberg, M. Stöhr, F. Stuckenberg, A. Tkatchenko, V. W.-z. Yu, T. Frauenheim). 내장 데이터베이스에 없는 모든 사용자 정의 종은 앱 내에서 계산될 수 있으며 결과는 모델에 사용됩니다(즉, 새로운 특정 데이터베이스가 각 실행에서 별도로 구성될 수 있습니다). 또한 현재 패키지에는 CHNOSZ, ModelSEED, Alexandria 라이브러리, KEGG 및 기타 리터럴 소스와 같은 대규모 데이터베이스의 실험 데이터와 예측/계산 데이터를 모두 활용하는 수많은 비전통적 데이터베이스가 포함되어 있습니다.
평형 상태를 제외하고 코드는 동역학 모델링도 지원하며, 이에 대한 각 키워드 블록은 이전 전환 상태 계산을 기반으로 자동으로 생성될 수 있습니다. 비수성 시스템의 대안으로 FastChem Cond 종분화 모델링도 사용할 수 있습니다. 모든 프로그램 기능은 오프라인에서 사용할 수 있습니다.
계산 정확도에 대한 경고: MOPAC은 중소형 분자에 이르는 다양한 화합물 유형에 대한 장치 성능/계산 시간과 예측 정확도 간의 합리적인 절충안을 나타냅니다. 그러나 정확도에는 제한이 있습니다. 결과 에너지를 조정하기 위해 CHEMSOL 용매화 모델뿐만 아니라 MOPAC의 COSMO 모델도 통합되었습니다. 그러나 CHEMSOL은 원래 더 높은 수준의 이론에서 계산된 구조 및 전하와 관련하여 사용하도록 의도되었습니다. 따라서 계산된 모든 평형 및 속도 상수는 주의 깊게 처리되어야 하며 포함된 데이터베이스의 실험 데이터가 없는 경우 대략적인 추정치로 간주되어야 합니다. XTB 및 DFTB+ 통합은 지금까지 실험적입니다.
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앱 소스 코드: https://github.com/alanliska/PHREEQC-plus
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Android용 소스 코드 편집과 Android 앱 개발은 Alan Liška(alan.liska@jh-inst.cas.cz) 및 Veronika Růžičková(sucha.ver@gmail.com), J. Heyrovský Institute of에 의해 수행되었습니다. CAS의 물리화학, v.v.i., Dolejškova 3/2155, 182 23 Praha 8, Czech Republic.
웹사이트: http://www.jh-inst.cas.cz/~liska/MobileChemistry.htm
사용된 타사 소프트웨어 목록:
ACPDFVIEW, ANDROID SHELL, BLAS, CHEMSOL, DFTB+, DFTD4, EIGEN3, FASTCHEM Cond, GMP, GRAPHVIEW, LAPACK, MCTC-LIB, MOPAC, MSTORE, MULTICHARGE, OPENBABEL, OPENBLAS, OPENMOPAC, OPSIN, PHREEQC, PLOTMS, PYTHON, QCXMS, S-DFTD3, STDA, TBLITE, 테스트 드라이브, TOML-F, TRANSPOSE, X11-BASIC, XTB, XTB4STDA.
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새로운 기능
Fixed compatibilty of the plotting options on Android 7 devices.
