PHREEQC plus

Alan Liška, Veronika Růžičková (JHI Prague, CZ)

Perihal apl ini

Penerangan & Penggunaan:
PHREEQC (pengarang: David L. Parkhurst, C.A.J. Appelo) ialah kod geokimia kegemaran yang digunakan untuk pemodelan spesiasi. Aplikasi kami membawa pengguna pengalaman keupayaan lanjutan kerana penyepaduan MOPAC (pengarang: James JP Stewart), CHEMSOL (pengarang: Jan Florián, Arieh Warshel), XTB (pengarang: C. Bannwarth, E. Caldeweyher, S. Ehlert, A. Hansen, P. Pracht, J. Seibert, S. Spicher, S. Grimme, P. Shushkov, M. Stahn, H. Neugebauer, J.-M. Mewes, V. Asgeirsson, C. Bauer, J. Koopman ) dan DFTB+ (pengarang: B. Hourahine, B. Aradi, V. Blum, F. Bonafé, A. Buccheri, C. Camacho, C. Cevallos, M. Y. Deshaye, T. Dumitrică, A. Dominguez, S. Ehlert, M . Elstner, T. van der Heide, J. Hermann, S. Irle, J. J. Kranz, C. Köhler, T. Kowalczyk, T. Kubař, I. S. Lee, V. Lutsker, R. J. Maurer, S. K. Min, I. Mitchell, C . Negre, T. A. Niehaus, A. M. N. Niklasson, A. J. Page, A. Pecchia, G. Penazzi, M. P. Persson, J. Řezáč, C. G. Sánchez, M. Sternberg, M. Stöhr, F. Stuckenberg, A. Tkatchenko, V. W.-z. Yu, T. Frauenheim). Mana-mana spesies tersuai yang tidak terdapat dalam pangkalan data terbina dalam boleh dikira dalam apl dan hasil yang digunakan dalam model (dengan kata lain, pangkalan data khusus baharu boleh dibina dalam setiap larian secara berasingan). Tambahan pula, pakej semasa mengandungi banyak pangkalan data bukan konvensional yang menggunakan kedua-dua data eksperimen serta ramalan/kira daripada pangkalan data besar seperti CHNOSZ, ModelSEED, perpustakaan Alexandria, KEGG dan sumber literal lain.
Kecuali daripada keadaan keseimbangan, kod ini juga menyokong pemodelan kinetik, yang mana blok kata kunci masing-masing boleh dijana secara automatik berdasarkan pengiraan keadaan peralihan sebelumnya. Sebagai alternatif untuk sistem bukan air, pemodelan spesiasi FastChem Cond juga tersedia. Semua ciri program tersedia di luar talian.

Amaran tentang ketepatan pengiraan: MOPAC mewakili kompromi yang munasabah antara kuasa peranti/masa pengiraan dan ketepatan ramalan untuk pelbagai jenis kompaun yang besar daripada molekul kecil hingga sederhana. Walau bagaimanapun, ketepatan adalah terhad. Untuk menala tenaga yang terhasil, model COSMO daripada MOPAC serta model penyelesaian CHEMSOL disepadukan, walaupun CHEMSOL pada asalnya bertujuan untuk digunakan berkaitan dengan struktur dan caj yang dikira pada tahap teori yang lebih tinggi. Oleh itu, semua keseimbangan yang dikira dan pemalar kadar harus dilayan dengan berhati-hati dan dianggap sebagai anggaran kasar dalam kes apabila tiada data eksperimen (dari pangkalan data yang disertakan) tersedia. Penyepaduan XTB dan DFTB+ adalah percubaan setakat ini.

PENTING!!!
Walaupun apl ini terdiri daripada kod dan sumber sumber terbuka, lesen untuk sesetengah komponen memerlukan pengguna untuk memetik rujukan asal semasa menerbitkan hasil carian. Sila semak semua maklumat pelesenan di bawah butang 'Lesen' dan 'Perihal aplikasi'.
Semua pengguna apl PHREEQC PLUS mematuhi dengan memuat turun, memasang dan menggunakannya dengan semua syarat pelesenan komponen perisian individu dan bertanggungjawab untuk menyimpannya.

Kod sumber apl: https://github.com/alanliska/PHREEQC-plus

Hubungi:
Penyusunan kod sumber untuk Android serta pembangunan aplikasi Android telah dilakukan oleh Alan Liška ([e-mail]) dan Veronika Růžičková ([e-mail]), Institut J. Heyrovský Kimia Fizikal CAS, v.v.i., Dolejškova 3/2155, 182 23 Praha 8, Republik Czech.
Tapak web: http://www.jh-inst.cas.cz/~liska/MobileChemistry.htm

Senarai perisian pihak ketiga yang digunakan:
ACPDFVIEW, ANDROID SHELL, BLAS, CHEMSOL, DFTB+, DFTD4, EIGEN3, FASTCHEM Cond, GMP, GRAPHVIEW, LAPACK, MCTC-LIB, MOPAC, MSTORE, MULTICHARGE, OPENBABEL, OPENBLAS, OPENMOPAC, OPSY, PHREEMSQC S-DFTD3, STDA, TBLITE, TEST-DRIVE, TOML-F, TRANSPOSE, X11-BASIC, XTB, XTB4STDA.

Maklumat lanjut tentang lesen & rujukan - sila rujuk maklumat pelesenan di dalam apl.

Terbaharu

Fixed compatibilty of the plotting options on Android 7 devices.