In Reef Encounter is het doel om de grootste en sterkste koralen op het rif te laten groeien en deze vervolgens in de korte beschikbare tijd aan je papegaaivissen te voeren. Aan het einde van het spel worden punten toegekend voor het aantal en type poliepen dat je papegaaivis heeft opgegeten.
Elke beurt komen er nieuwe koraallarven in het spel terecht. Met larvenblokjes kunnen spelers hun polieptegels op de borden spelen en nieuwe en grotere koralen maken. Garnalen zullen deze koralen dan koloniseren en de koralen beschermen tegen aanvallen.
Een koraal bestaat uit een of meer aaneengesloten polieptegels. Koralen die twee of meer poliepen groot zijn, kunnen andere zwakkere soorten koraal aantasten. Poliepen van een verslagen koraal kunnen worden gerecycled als nieuwe poliepen of als alternatief worden gebruikt om algencilinders of larvenblokjes te verkrijgen.
Het zijn de algencilinders die sommige soorten koralen zullen versterken ten opzichte van andere soorten. Een algencilinder kan ook de hiërarchie tussen twee bepaalde soorten koraal bepalen voor de rest van het spel.
Reef Encounter eindigt meestal zodra de hiërarchie van alle koralen is vastgesteld of zodra de papegaaivis van een speler vier koralen heeft opgegeten.