Em Reef Encounter, o objetivo é cultivar os maiores e mais fortes corais do recife e depois alimentá-los com seu peixe-papagaio no curto espaço de tempo disponível. Os pontos são concedidos no final do jogo pelo número e tipo de pólipos que seu peixe-papagaio consumiu.
A cada turno, novas larvas de coral entram no jogo. Os cubos de larva permitem que os jogadores joguem suas peças de pólipos nas placas e criem corais novos e maiores. Os camarões colonizarão esses corais e protegerão os corais do ataque.
Um coral consiste em um ou mais blocos de pólipos conectados. Os corais com dois ou mais pólipos de tamanho podem atacar outros tipos de corais mais fracos. Os pólipos de um coral derrotado podem ser reciclados como novos pólipos ou alternativamente usados para obter cilindros de algas ou cubos de larvas.
São os cilindros de algas, que vão fortalecer alguns tipos de corais em relação aos outros tipos. Um cilindro de alga também pode fixar a hierarquia entre dois tipos específicos de coral para o restante do jogo.
O Reef Encounter geralmente termina quando a hierarquia de todos os corais é estabelecida ou quando o peixe-papagaio de um jogador consumiu quatro corais.