PHREEQC plus

Alan Liška, Veronika Růžičková (JHI Prague, CZ)

Acerca desta app

Descrição e uso:
PHREEQC (autores: David L. Parkhurst, CAJ Appelo) é um código geoquímico favorito usado para modelagem de especiação. Nossa aplicação traz aos usuários a experiência de capacidades estendidas devido à integração de MOPAC (autor: James JP Stewart), CHEMSOL (autores: Jan Florián, Arieh Warshel), XTB (autores: C. Bannwarth, E. Caldeweyher, S. Ehlert, A. Hansen, P. Pracht, J. Seibert, S. Spicher, S. Grimme, P. Shushkov, M. Stahn, H. Neugebauer, J.-M. Mewes, V. Asgeirsson, C. Bauer, J. Koopman ) e DFTB+ (autores: B. Hourahine, B. Aradi, V. Blum, F. Bonafé, A. Buccheri, C. Camacho, C. Cevallos, M. Y. Deshaye, T. Dumitrică, A. Dominguez, S. Ehlert, M Elstner, T. van der Heide, J. Hermann, S. Irle, JJ Kranz, C. Köhler, T. Kowalczyk, T. Kubař, IS Lee, V. Lutsker, RJ Maurer, SK Min, I. Mitchell, C . Yu, T. Frauenheim). Quaisquer espécies personalizadas não presentes nos bancos de dados integrados podem ser calculadas no aplicativo e os resultados usados ​​no modelo (em outras palavras, um novo banco de dados específico pode ser construído em cada execução separadamente). Além disso, o pacote atual contém vários bancos de dados não convencionais utilizando dados experimentais e também dados previstos/calculados de grandes bancos de dados, como CHNOSZ, ModelSEED, biblioteca Alexandria, KEGG e outras fontes literais.
Exceto no estado de equilíbrio, o código também suporta modelagem cinética, para a qual os respectivos blocos de palavras-chave podem ser gerados automaticamente com base no cálculo do estado de transição anterior. Como alternativa para sistemas não aquosos, a modelagem de especiação FastChem Cond também está disponível. Todos os recursos do programa estão disponíveis offline.

Aviso sobre a precisão computacional: o MOPAC representa um compromisso razoável entre a potência do dispositivo/tempo de cálculo e a precisão da previsão para uma grande variedade de tipos de compostos, variando de moléculas pequenas a médias. No entanto, a precisão é limitada. Para ajustar as energias resultantes, o modelo COSMO do MOPAC, bem como os modelos de solvatação CHEMSOL, são integrados, embora o CHEMSOL seja originalmente planejado para ser usado em conexão com as estruturas e cargas calculadas em níveis superiores de teoria. Portanto, todas as constantes de equilíbrio e de taxa calculadas devem ser tratadas com cautela e consideradas como uma estimativa aproximada nos casos em que não estão disponíveis dados experimentais (das bases de dados incluídas). A integração XTB e DFTB+ é experimental até agora.

IMPORTANTE !!!
Embora este aplicativo seja composto por códigos e recursos de código aberto, as licenças de alguns componentes exigem que os usuários citem as referências originais ao publicar os resultados. Verifique todas as informações de licenciamento nos botões 'Licença' e 'Sobre o aplicativo'.
Todos os usuários do aplicativo PHREEQC PLUS cumprem, baixando, instalando e utilizando-o, todas as condições de licenciamento dos componentes de software individuais e assumem a responsabilidade por mantê-los.

Código-fonte do aplicativo: https://github.com/alanliska/PHREEQC-plus

Contato:
A compilação do código-fonte para Android, bem como o desenvolvimento do aplicativo Android, foi feita por Alan Liška ([e-mail]) e Veronika Růžičková ([e-mail]), J. Heyrovský Institute of Química Física do CAS, vvi, Dolejškova 3/2155, 182 23 Praha 8, República Tcheca.
Site: http://www.jh-inst.cas.cz/~liska/MobileChemistry.htm

Lista de software de terceiros usado:
ACPDFVIEW, ANDROID SHELL, BLAS, CHEMSOL, DFTB+, DFTD4, EIGEN3, FASTCHEM Cond, GMP, GRAPHVIEW, LAPACK, MCTC-LIB, MOPAC, MSTORE, MULTICHARGE, OPENBABEL, OPENBLAS, OPENMOPAC, OPSIN, PHREEQC, PLOTMS, PYTHON, QCXMS, S-DFTD3, STDA, TBLITE, TEST-DRIVE, TOML-F, TRANSPOSE, X11-BASIC, XTB, XTB4STDA.

Mais informações sobre licenças e referências - consulte as informações de licenciamento dentro do aplicativo.

Novidades

Fixed compatibilty of the plotting options on Android 7 devices.