PHREEQC plus

Alan Liška, Veronika Růžičková (JHI Prague, CZ)

Bu uygulama hakkında

Açıklama ve Kullanım:
PHREEQC (yazarlar: David L. Parkhurst, C.A.J. Appelo), türleşme modellemesi için kullanılan favori bir jeokimyasal koddur. Uygulamamız kullanıcılara MOPAC (yazar: James JP Stewart), CHEMSOL (yazarlar: Jan Florián, Arieh Warshel), XTB (yazarlar: C. Bannwarth, E. Caldeweyher, S. Ehlert, A. Hansen, P. Pracht, J. Seibert, S. Spicher, S. Grimme, P. Shushkov, M. Stahn, H. Neugebauer, J.-M. Mewes, V. Asgeirsson, C. Bauer, J. Koopman ) ve DFTB+ (yazarlar: B. Hourahine, B. Aradi, V. Blum, F. Bonafé, A. Buccheri, C. Camacho, C. Cevallos, M. Y. Deshaye, T. Dumitrică, A. Dominguez, S. Ehlert, M . Elstner, T. van der Heide, J. Hermann, S. Irle, J. J. Kranz, C. Köhler, T. Kowalczyk, T. Kubař, I.S. Lee, V. Lutsker, R.J. Maurer, S.K. Min, I. Mitchell, C Negre, T. A. Niehaus, A. M. N. Niklasson, A. J. Page, A. Pecchia, G. Penazzi, M. P. Persson, J. Řezáč, C. G. Sánchez, M. Sternberg, M. Stöhr, F. Stuckenberg, A. Tkatchenko, V. W.-z. Yu, T. Frauenheim). Yerleşik veritabanlarında bulunmayan herhangi bir özel tür, uygulama içinde hesaplanabilir ve modelde kullanılan sonuçlar (başka bir deyişle, her çalıştırmada ayrı ayrı yeni, spesifik bir veritabanı oluşturulabilir). Ayrıca mevcut paket, CHNOSZ, ModelSEED, Alexandria kütüphanesi, KEGG ve diğer gerçek kaynaklar gibi büyük veritabanlarından hem deneysel hem de tahmin edilen/hesaplanan verileri kullanan çok sayıda geleneksel olmayan veri tabanı içerir.
Denge durumu dışında kod, ilgili anahtar kelime bloklarının önceki geçiş durumu hesaplamasına dayalı olarak otomatik olarak oluşturulabildiği kinetik modellemeyi de destekler. Sulu olmayan sistemlere alternatif olarak FastChem Cond spesifikasyon modellemesi de mevcuttur. Programın tüm özellikleri çevrimdışı olarak kullanılabilir.

Hesaplama doğruluğu hakkında uyarı: MOPAC, cihazın gücü/hesaplama süresi ile küçükten orta büyüklükteki moleküllere kadar çok çeşitli bileşik türleri için tahmin doğruluğu arasında makul bir uzlaşmayı temsil eder. Ancak doğruluğu sınırlıdır. Ortaya çıkan enerjileri ayarlamak için, MOPAC'ın COSMO modeli ve CHEMSOL çözme modelleri entegre edilmiştir, ancak CHEMSOL başlangıçta daha yüksek teori seviyelerinde hesaplanan yapılar ve yüklerle bağlantılı olarak kullanılmak üzere tasarlanmıştır. Bu nedenle, hesaplanan tüm denge ve hız sabitleri dikkatle ele alınmalı ve (dahil edilen veritabanlarından) hiçbir deneysel verinin mevcut olmadığı durumlarda kaba bir tahmin olarak kabul edilmelidir. XTB ve DFTB+ entegrasyonu şu ana kadar deneyseldir.

ÖNEMLİ !!!
Bu uygulama açık kaynak kodları ve kaynaklardan oluşsa da, bazı bileşenlerin lisansları, kullanıcıların sonuçları yayınlarken orijinal referanslardan alıntı yapmalarını gerektirir. Lütfen 'Lisans' ve 'Uygulama hakkında' düğmelerinin altındaki tüm lisans bilgilerini kontrol edin.
PHREEQC PLUS uygulamasının tüm kullanıcıları, uygulamayı indirerek, kurarak ve kullanarak, ayrı ayrı yazılım bileşenlerinin tüm lisans koşullarına uyar ve bunları saklama sorumluluğunu üstlenirler.

Uygulama kaynak kodu: https://github.com/alanliska/PHREEQC-plus

Temas etmek:
Android için kaynak kodunun derlenmesi ve Android uygulamasının geliştirilmesi Alan Liška ([e-mail]) ve Veronika Růžičková ([e-mail]), J. Heyrovsky Enstitüsü tarafından yapıldı. CAS Fiziksel Kimyası, v.v.i., Dolejškova 3/2155, 182 23 Praha 8, Çek Cumhuriyeti.
Web sitesi: http://www.jh-inst.cas.cz/~liska/MobileChemistry.htm

Kullanılan üçüncü taraf yazılımların listesi:
ACPDFVIEW, ANDROID SHELL, BLAS, CHEMSOL, DFTB+, DFTD4, EIGEN3, FASTCHEM Cond, GMP, GRAPHVIEW, LAPACK, MCTC-LIB, MOPAC, MSTORE, MULTICHARGE, OPENBABEL, OPENBLAS, OPENMOPAC, OPSIN, PHREEQC, PLOTMS, PYTHON, QCXMS, S-DFTD3, STDA, TBLITE, TEST-DRIVE, TOML-F, TRANSPOSE, X11-BASIC, XTB, XTB4STDA.

Lisanslar ve referanslar hakkında daha fazla bilgi için lütfen uygulamanın içindeki lisans bilgilerine bakın.

Yenilikler

Fixed compatibilty of the plotting options on Android 7 devices.