easy Primer Design

easy Primer Design

เกี่ยวกับแอปนี้

easy Primer Design เป็นเครื่องมือที่ช่วยให้คุณออกแบบไพรเมอร์ PCR ได้ทุกที่ในเวลาที่มีประสิทธิภาพ: ที่โต๊ะระหว่างรอการทดลอง ระหว่างเดินทางไปหรือกลับจากที่ทำงาน หรือที่สำนักงาน เพียงวางลำดับนิวคลีโอไทด์ของคุณและระบุความต้องการของคุณเพื่อสร้างลำดับไพรเมอร์สำหรับแอปพลิเคชันการโคลน PCR ของคุณ

คุณสมบัติ:
- ใช้ปุ่มวางเพื่อป้อนลำดับของคุณ CDS/ลำดับที่ป้อนประกอบด้วยตัวเลข ช่องว่าง ตัวแบ่งบรรทัด ตัวพิมพ์ใหญ่หรือตัวพิมพ์เล็ก? ไม่เป็นไร! Easy Primer Design ลบตัวเลข ช่องว่าง และตัวแบ่งบรรทัด และเปลี่ยนทุกอย่างเป็นตัวอักษรพิมพ์ใหญ่!
-ป้อนลำดับของคุณโดยไม่ต้องเริ่มและหยุด codon (และรับข้อความเตือนหากคุณลืมลบอันใดอันหนึ่งออก) เพื่อให้มีความยืดหยุ่นสำหรับการออกแบบไพรเมอร์สำหรับพลาสมิดที่มีแท็ก N-terminal หรือ C-terminal
- เลือกจากไซต์เอนไซม์จำกัดที่แตกต่างกันมากกว่า 20 แห่ง รองรับการโคลน Golden Gate ผ่าน BsaI และ BsbI คุณยังสามารถเข้าสู่ส่วนที่ยื่นออกมา
- รับข้อความเตือนหากเอนไซม์ที่คุณเลือกจะตัดลำดับที่คุณป้อน
- ความยืดหยุ่นสูงสุดผ่านตัวเลือกเอ็นไซม์จำกัด 'อื่นๆ' ป้อนไซต์เอ็นไซม์จำกัดของคุณหากไม่อยู่ในรายการ - รองรับลำดับที่ไม่ใช่พาลินโดรมิก! หากไซต์ข้อจำกัดที่คุณป้อนอยู่ในลำดับที่คุณป้อนหรือเป็นส่วนเสริมที่ย้อนกลับ คุณจะได้รับข้อความเตือน!
- รับข้อความเตือนเพื่อหลีกเลี่ยงข้อผิดพลาด 'คัดลอกวาง' ทั่วไป หากลำดับที่คุณป้อนมีรหัสที่ไม่สมบูรณ์!
- รวมลำดับ KOZAK ในไพรเมอร์ไปข้างหน้าหากคุณต้องการ
- เลือกว่าคุณต้องการ Start codon และถ้าคุณต้องการ Stop codon (สามารถเลือกได้ทั้ง 3 codon ทั่วไป)
- ป้อนอุณหภูมิหลอมเหลวสำหรับไพรเมอร์ของคุณ ซึ่งคำนวณโดยใช้อุณหภูมิหลอมเหลวที่ปรับด้วยเกลือ
-ป้อนความเข้มข้นของเกลือ (Na+)
- ใส่ส่วนขยาย 5'-end สำหรับไพรเมอร์ทั้งสองของคุณ
- ไพรเมอร์ถูกสร้างขึ้นเพื่อลงท้ายด้วย G หรือ C
-แสดงอุณหภูมิการหลอม ปริมาณ G/C และความยาวไพรเมอร์
- กระบวนการออกแบบที่โปร่งใส! ขั้นตอนกลางทั้งหมดจะปรากฏขึ้น! ตัวเลือกที่คุณเลือกจะแสดงอยู่ใต้ผลลัพธ์สุดท้าย!
ปุ่มคัดลอกเพื่อคัดลอกผลลัพธ์ทั้งหมดและส่งทางอีเมลไปยังเดสก์ท็อปพีซีของคุณสำหรับขั้นตอนการออกแบบต่อไปหรือบันทึกเป็นไฟล์!
- อัปเดตเวอร์ชัน 0.03: คุณลักษณะใหม่ 'DeletionIn': ช่วยให้คุณออกแบบไพรเมอร์สำหรับ PCR ส่วนขยายที่ทับซ้อนกันเพื่อลบพื้นที่ภายในเฉพาะจากลำดับ (เช่น ลบโดเมน)
- อัปเดตเวอร์ชัน 0.045: คุณลักษณะใหม่ 'การกลายพันธุ์' ช่วยให้คุณออกแบบไพรเมอร์สำหรับ PCR ส่วนขยายที่ทับซ้อนกันเพื่อกลายพันธุ์รหัสเฉพาะในลำดับของคุณเป็นรหัสสำหรับกรดอะมิโนอื่น
- อัปเดตเวอร์ชัน 0.060: คุณลักษณะใหม่: 'DeletionNC' - ช่วยให้คุณออกแบบไพรเมอร์เพื่อลบพื้นที่เทอร์มินัล N(5')- หรือ C(3') จากลำดับของคุณ
- อัปเดตเวอร์ชัน 0.080: คุณลักษณะใหม่: 'การแทรก' - ปัดไปทางซ้ายในเมนูหลักด้านบนและค้นหาความช่วยเหลือสำหรับการออกแบบไพรเมอร์สำหรับส่วนขยายการทับซ้อน PCR เพื่อแทรกลำดับการแทรกลงในลำดับของคุณ
- อัปเดตเวอร์ชัน 0.085: คุณสมบัติใหม่: 'แทนที่' - ปัดไปทางซ้ายในเมนูหลักด้านบนเพื่อรับความช่วยเหลือในการออกแบบไพรเมอร์สำหรับ PCR ส่วนขยายที่ทับซ้อน ซึ่งจะแทนที่พื้นที่ภายในด้วยลำดับการแทรกที่ป้อน

โปรดทราบ: แอพมือถือ easy Primer Design ไม่ได้ให้ลำดับไพรเมอร์ที่พร้อมใช้งาน แต่จะสนับสนุนคุณในระหว่างกระบวนการออกแบบไพรเมอร์เท่านั้น ผู้ใช้ต้องตรวจสอบความถูกต้องของทุกส่วนของผลลัพธ์ที่สร้างขึ้นอย่างระมัดระวังและดำเนินการทดสอบที่จำเป็นอื่นๆ ทั้งหมด!

มีความสุขในการโคลน! - หวังว่ามันจะช่วยได้ :)

มีอะไรใหม่

-New Feature: Replace - swipe left in the top main menu to get help for designing primers for overlap extension PCR, that replace an internal region with an entered insert-sequence
-help section updated