ใน Reef Encounter เป้าหมายคือการปลูกปะการังที่ใหญ่ที่สุดและแข็งแรงที่สุดในแนวปะการัง จากนั้นให้อาหารเหล่านี้แก่ปลานกแก้วของคุณในเวลาอันสั้นที่มี คะแนนจะมอบให้เมื่อสิ้นสุดเกมตามจำนวนและชนิดของติ่งเนื้อที่คุณกินเข้าไป
แต่ละรอบจะมีตัวอ่อนของปะการังเข้ามาในเกม ลูกบาศก์ตัวอ่อนช่วยให้ผู้เล่นเล่นกระเบื้องโพลิปบนกระดานและสร้างปะการังใหม่และใหญ่ขึ้น กุ้งจะเกาะปะการังเหล่านี้และปกป้องปะการังจากการถูกโจมตี
ปะการังประกอบด้วยแผ่นโพลิปที่เชื่อมต่อกันตั้งแต่หนึ่งแผ่นขึ้นไป ปะการังที่มีขนาดตั้งแต่สองติ่งขึ้นไปอาจโจมตีปะการังชนิดอื่นที่อ่อนแอกว่าได้ ติ่งจากปะการังที่ถูกทำลายสามารถนำมารีไซเคิลเป็นติ่งใหม่หรือใช้อีกทางหนึ่งเพื่อให้ได้กระบอกสาหร่ายหรือก้อนตัวอ่อน
มันคือถังสาหร่ายซึ่งจะช่วยเสริมความแข็งแรงของปะการังบางชนิดเมื่อเทียบกับชนิดอื่นๆ กระบอกสาหร่ายยังสามารถแก้ไขลำดับชั้นระหว่างปะการังสองประเภทสำหรับส่วนที่เหลือของเกม
Reef Encounter มักจะจบลงเมื่อลำดับชั้นของปะการังทั้งหมดถูกสร้างขึ้นหรือเมื่อปลานกแก้วของผู้เล่นคนหนึ่งกินปะการังไปสี่ตัว