PHREEQC plus

J. Heyrovsky Institute Prague‏

لمحة عن هذا التطبيق

الوصف والاستخدام:
PHREEQC (المؤلفون: David L. Parkhurst, C.A.J. Appelo) هو رمز جيوكيميائي مفضل يستخدم لنمذجة الأنواع. يقدم تطبيقنا للمستخدمين تجربة القدرات الموسعة بسبب تكامل MOPAC (المؤلف: جيمس جي بي ستيوارت)، CHEMSOL (المؤلفون: جان فلوريان، آرييه وارشيل)، XTB (المؤلفون: C. Bannwarth، E. Caldeweyher، S. Ehlert، A. Hansen، P. Pracht، J. Seibert، S. Spicher، S. Grimme، P. Shushkov، M. Stahn، H. Neugebauer، J.-M Mewes، V. Asgeirsson، C. Bauer، J. Koopman ) و DFTB+ (المؤلفون: B. Hourahine، B. Aradi، V. Blum، F. Bonafé، A. Buccheri، C. Camacho، C. Cevallos، M. Y. Deshaye، T. Dumitrică، A. Dominguez، S. Ehlert، M Elstner، T. van der Heide، J. Hermann، S. Irle، J. J. Kranz، C. Köhler، T. Kowalczyk، T. Kubař، I. S. Lee، V. Lutsker، R. J. Maurer، S. K. Min، I. Mitchell، C. نيجري، T. A. Niehaus، A. M. N. Niklasson، A. J. Page، A. Pecchia، G. Penazzi، M. P. Persson، J. Řezáč، C. G. Sánchez، M. Sternberg، M. Stöhr، F. Stuckenberg، A. Tkatchenko، V. W.-z. Yu، T. Frauenheim) وغيرها من الرموز مفتوحة المصدر. يمكن حساب أي أنواع مخصصة غير موجودة في قواعد البيانات المضمنة داخل التطبيق والنتائج المستخدمة في النموذج (وبعبارة أخرى، يمكن إنشاء قاعدة بيانات جديدة ومحددة في كل عملية تشغيل على حدة). علاوة على ذلك، تحتوي الحزمة الحالية على العديد من قواعد البيانات غير التقليدية التي تستخدم البيانات التجريبية وكذلك البيانات المتوقعة/المحسوبة من قواعد البيانات الكبيرة مثل CHNOSZ، ModelSEED، مكتبة الإسكندرية، KEGG وغيرها من المصادر الحرفية.
باستثناء حالة التوازن، يدعم الكود أيضًا النمذجة الحركية، والتي يمكن إنشاء كتل الكلمات الرئيسية الخاصة بها تلقائيًا بناءً على حساب الحالة الانتقالية السابقة. كبديل للأنظمة غير المائية، يتوفر أيضًا نموذج FastChem Cond لنمذجة الأنواع. جميع ميزات البرنامج متاحة دون اتصال بالإنترنت.

تحذير بشأن الدقة الحسابية: يمثل MOPAC حلاً وسطًا معقولًا بين قوة الجهاز/وقت الحساب ودقة التنبؤ لمجموعة كبيرة ومتنوعة من أنواع المركبات التي تتراوح من الجزيئات الصغيرة إلى المتوسطة الحجم. ومع ذلك، فإن الدقة محدودة. من أجل ضبط الطاقات الناتجة، تم دمج نموذج COSMO من MOPAC بالإضافة إلى نماذج الذوبان CHEMSOL، على الرغم من أن CHEMSOL كان مصممًا في الأصل لاستخدامه فيما يتعلق بالهياكل والشحنات المحسوبة على مستويات أعلى من النظرية. ولذلك، يجب التعامل مع جميع التوازنات المحسوبة وثوابت المعدل بحذر واعتبارها تقديرًا تقريبيًا في الحالات التي لا تتوفر فيها بيانات تجريبية (من قواعد البيانات المضمنة).

مهم !!!
على الرغم من أن هذا التطبيق يتكون من أكواد وموارد مفتوحة المصدر، إلا أن تراخيص بعض المكونات تتطلب من المستخدمين الاستشهاد بالمراجع الأصلية عند نشر النتائج. يرجى التحقق من جميع معلومات الترخيص ضمن الأزرار "الترخيص" و"حول التطبيق".
يلتزم جميع مستخدمي تطبيق PHREEQC PLUS بتنزيله وتثبيته واستخدامه بجميع شروط الترخيص الخاصة بمكونات البرنامج الفردية ويتحملون مسؤولية الاحتفاظ بها.

كود مصدر التطبيق: https://github.com/alanliska/PHREEQC-plus

اتصال:
تم تجميع الكود المصدري لنظام Android بالإضافة إلى تطوير تطبيق Android بواسطة Alan Liška ([e-mail]) وVeronika Růžičková ( [e-mail])، معهد J. Heyrovský الكيمياء الفيزيائية لـ CAS، v.v.i.، Dolejškova 3/2155، 182 23 Praha 8، جمهورية التشيك.
الموقع الإلكتروني: http://www.jh-inst.cas.cz/~liska/MobileChemistry.htm

قائمة برامج الطرف الثالث المستخدمة:
ACPDFVIEW، ANDROID SHELL، ARPACK، BLAS، CHEMSOL، CHIMESCALC، CPCM-X، CREST، DFTB+، DFTD4، EIGEN3، FASTCHEM Cond، GMP، GRAPHVIEW، LAPACK، LWONIOM، MBD، MCTC-LIB، MOPAC، MSTORE، MULTICHARGE، NUMSA، OPENBABEL، OPENBLAS، OPENMOPAC، OPSIN، PHREEQC، PLOTMS، PYTHON، QCXMS، S-DFTD3، STDA، TBLITE، TEST-DRIVE، TOML-F، TRANSPOSE، X11-BASIC، XTB، XTB4STDA.

مزيد من المعلومات حول التراخيص والمراجع - يرجى الرجوع إلى معلومات الترخيص داخل التطبيق.

أحدث الميزات

Bug in structure transfer into the MolCanvas editor fixed