Касцёл, першапачаткова прысвечаны Санта-Марыя-дэльі-Анджэлі, быў заснаваны Манфрэды III з К'ярамонтэ паміж 1371 і 1383 гадамі і давераны манахам-бенедыктынцам Сан-Марціна-дэле-Скале. Пасля таго, як улада К'ярамонтэ скончылася, яна перайшла пад каралеўскі кантроль і ўпала.
Пасля 107 гадоў поўнага закідвання арцыбіскуп Джавані Патэрно з каралеўскай саступкі атрымаў клопат аб Касцёле з абавязацельствам утрымліваць там манахаў і аднаўляць збудаванні. Ён узбагаціў тэрыторыю адпаведнай сістэмай водазабеспячэння і размеркавання, а таксама, выкарыстоўваючы непадалёку крыніцу, пабудаваў некалькі фантанаў, пасадзіў сады і пасевы. У 1510 годзе ён распачаў рэстаўрацыйныя і ўпрыгожваючыя работы, у канцы якіх прысвяціў касцёл Сан-Джавані Батыста. З гэтай нагоды ён паставіў унутры царквы скульптуру святога Гагіні, якая стала цэнтрам прыцягнення жыхароў Палерма, якія пачалі хадзіць туды ў паломніцтвы.
У 1596 г. касцёл і кляштар былі перададзены Братам Сан-Франчэска, якія з тых часоў жывуць там.
Фасаду, звернутаму на захад, папярэднічае зубчасты порцік з трыма ліхтарамі: адпаведна двума бакавымі аднасветлавымі вокнамі з кратамі і цэнтральным для доступу. Праход размяжоўваюць слупы, увенчаныя на агіве эмблемай з гербам К'ярамонтэ, па фасадзе раскіданыя гербы Патэрно, Кароны Арагона, горада Палерма і сям'і Сябіча. У прытворы з крыжовымі скляпеннямі задакументаваныя фрэскі, якія адлюстроўваюць два гістарычныя эпізоды: 1) Езус, які гнаўся за купцамі з Храма, 2) Смерць Геліядора і Дрэва з францысканскага роду.
Верхняя частка з пакатым франтонам вылучаецца аркай з упісаным стогавым акном, уся размежаваная мнагаслойнай рамай. Уваходны партал аўтарства Антоніа Ванэлы з 1507 года з прысвячэннем і гербам Патэрно. Цяперашні інтэр'ер - вынік некалькіх рэканструкцый. У 1753 г. з-за пажару кроквенны дах быў знішчаны і заменены бочкавым скляпеннем; трыумфальная арка 1300-х гадоў была пакрыта ляпнінай і перапрацаваны прэзбітэрый.
У 1950-я гады першапачатковы стан касцёла быў адноўлены з паўторным адкрыццём трыумфальнай аркі і апсіды К'ярамонта; быў пабудаваны алтар з каштоўнага мармуру, за якім размясцілі драўляны хор ХVІ стагоддзя з касцёла Ганчы.
У 1986 годзе іншыя сучасныя рэканструкцыі змянілі францысканскую прастату Касцёла.