Galaksen er i fare. En fremmed trussel, robot på slæb, ønsker at overtage teknologien, der tjener til at sikre interstellar balance og fred. Opdelt i 3 planeter, Fungal, Pluvius, Darkon, er denne teknologi beskyttet inde i Commodore-beholdere. Omega, vores helt, vil kæmpe mod menneskehedens fjender. En dygtig galaktisk forsvarer, han har Commodore ved sin side, som vil støtte ham og hjælpe ham i hans kampe. Hans våben er blasteren bevæbnet med kvanteenergikugler og Commodore Engine, et mirakuløst rumdragtforbedringssystem, der takket være energien fra de galaktiske krystaller vil give ham den nødvendige kraft til at transformere sig selv fra Omega til Astro og fra Astro til Ultra, bliver dermed stærkere og stærkere. Hans udseende vil undergå ændringer, men hans frygtløse hjerte vil altid banke for galaksens skyld. Spillet udfolder sig over 15 niveauer, fem for hver planet. Omega vil konstant støde sammen med fjendens robotter ved at engagere sig i en massiv kamp mod tre meget stærke Bosses, hvis nederlag vil afhænge af fremskridtene i dens mission og fremtiden for alle de planeter, der er truet af den truende rumvæseninvasion.