Hovedpersonen er den semi-mekaniske frø Froggy, der blev skabt af en gal videnskabsmand. Spillerens opgave er at placere farvede bolde i forskellige objekter (som varierer meget i hver verden). Du er nødt til at fange dem omhyggeligt for ikke at miste point og Froggys liv. Takket være dette vil Froggy flygte fra laboratoriet og være i stand til at redde sine venner. I løbet af dette eventyr vil spilleren udforske en række forskellige verdener: laboratoriet, undervandsbiomet, indersiden af brønden, den tropiske jungle, himlen og de iskolde bjerge. Hver har sin egen unikke mekanik. I mellemtiden samler du de dele, du har brug for til at bygge et skib for at komme ud i rummet!