Den dybe, mørke underverden er et sted, hvor rester af teknologi, der er forladt for længe siden, og spor af tabt magi sameksisterer. Den avancerede mekaniske civilisation i den tynde undergrund og den dybe undergrunds mystiske sjælsenergi har udviklet sig på forskellige måder, men en dag begynder den onde ånd Magellan, født i den dybe 'Raul', at drive hele undergrunden ud i kaos. Påvirkningen strækker sig til lysets helligdom, Luminarie, og 'lyset' i underverdenen forsvinder gradvist.
Spilleren begiver sig ud på en rejse for at kæmpe mod Magellans mørke med 'Drill Girls' samlet omkring Siren. Lidenskabelige krigere fra slumkvartererne, mystiske væsener, der bærer sjælesværd, overlevende fra giftige zoner, istroldmænd, mekanikere, videnskabsmænd, ninjaer og andre unikke piger har deres egen fortid, kampstile og mål og renser mørket med kraftfulde borevåben og unikke evner.
Spillet kredser om et unikt verdensbillede, hvor handling og strategi, videnskab og magi og fortid og fremtid krydser hinanden. Når spillerne udforsker hvert område, oplever de kampe, der kombinerer maskineri og magi, og kommer gradvist tættere på sandheden gennem relationerne og fortællingerne mellem karakterer. Det skiftende underjordiske landskab og karakterer med forskellige personligheder giver spillerne en dyb følelse af fordybelse.