Hovedmålet med Helix Jump er at lede en hoppende bold gennem en spiralformet tårnlabyrint og nå bunden.
Spillere styrer boldens retning ved at stryge til venstre eller højre på skærmen. Der er ingen andre kontroller, hvilket gør det nemt at samle op og spille.
Tårnet består af forskellige farvede platforme, og spilleren skal navigere bolden gennem huller i disse platforme. Hvis bolden rammer en platform, vil den bryde, og spilleren fortsætter med at hoppe ned.
Point optjenes, efterhånden som bolden bevæger sig gennem labyrinten. At bryde flere platforme i et enkelt fald eller lande på specielle platforme kan øge scoren.
Helix Jump byder på endeløs gameplay, hvilket betyder, at der ikke er noget ultimativt mål eller endeligt niveau. Spillere fortsætter med at spille og forsøger at slå deres egen high score.