Rogue Star er et space shoot 'em up med RPG og rogue-lignende elementer. Du bekæmper bølger af fjender som en stjerne med fire forskellige evner. Hver evne giver dig planeter, der kredser omkring dig og fungerer som din sundhedsbar. Når du gennemfører etaper, optjener du "energi", som du kan bruge til at gå op i niveau og tilpasse dine evner. Når du spiller gennem stadier, kan du vælge power-ups, der kun gælder for et bestemt antal stadier. Disse powerups kan gøre etaper lettere eller vanskeligere, men tilbyder flere belønninger.