Squidi Colors es un juego de rompecabezas, que en algún momento es tipo 3 match. A lo largo de sus 4 mundos, gradualmente, se implementan múltiples mecánicas, basadas en colores. Cada mundo es distinto entre sí y posee vida propia, aunque comparten algunas mecánicas esenciales.
Todos los objetivos tienen relación con los colores. Una de sus dinámicas centrales es, precisamente, formar diversos colores usando los Squidis que inicialmente nos da el juego.
Algunas veces los rompecabezas son difíciles, pero el juego proveé asistencia: se pueden saltar esos niveles y también se pueden deshacer todos los movimientos erróneos, aunque ya se haya perdido (hay un límite en el número de rebobinados). En el segundo mundo no está disponible la mecánica del rebobinado, debido a la naturaleza de sus rompecabezas, la cual es competir contra un rival.