Después de la reciente derrota del Sr. Alfiler, se topa con un templo antiguo. Por curiosidad, explora el área y accidentalmente libera al Señor de las Sombras. Ahora los dos mundos, el mundo del bowly y el mundo de las sombras, se están fusionando lentamente. Para detener la fusión, Bowly avanza junto con su contraparte en la sombra para detener al Sr. Alfiler y al Señor de las Sombras.
Experimenta Bowly World de una manera nueva con nuevas características:
El doble salto: Bowly y su contraparte en la sombra pueden saltar una vez más después de su primer salto inicial, ¡lo que les permite cruzar mayores distancias en el aire!
Derrotar enemigos: una característica completamente nueva ( que debería haber estado presente en el juego original) que te permite derrotar a los enemigos saltando sobre ellos.
Shadow Run: un modo que se encuentra en la selección de nivel ( al que ahora es más fácil acceder) que te permite jugar todos los niveles de Shadow.