AquaGrinin tarkoitus on yksinkertainen: täytä tyhjä lasi tarkalla määrällä vettä. Tämän tavoitteen saavuttaminen edellyttää kuitenkin navigointia useiden monimutkaisesti suunniteltujen tasojen läpi, joista jokaisella on omat ainutlaatuiset käänteensä ja haasteensa. Pelaajien tulee taitavasti ohjata vesivirtoja, ylittää esteitä ja käyttää esineitä strategisesti ohjaamaan ja hallitsemaan virtausta.
Pelin intuitiiviset säätimet antavat pelaajille mahdollisuuden manipuloida ympäristöä helposti. Kallista laitettasi, pyyhkäise näytön poikki ja ole vuorovaikutuksessa esineiden kanssa löytääksesi parhaan polun lasin täyttämiseen. Kun edistyt, palapelit muuttuvat yhä monimutkaisemmiksi ja vaativat tarkempaa ajoitusta ja kekseliäisempiä ongelmanratkaisutaitoja.