Vizualizálja a molekulákat és a kristályszerkezeteket. 19 példát tartalmaz, amelyek kiemelik a kémiai szerkezet szépségét, a DNS-től a szupravezetőkön át a mindennapi anyagokig, mint a só és a cukor. Mindegyik példához tartozik egy rövid leírás a vegyület történetéről és a kémia, a biológia vagy az anyagtudomány szempontjából betöltött jelentőségéről.
Az Atom 3D lehetővé teszi molekuláris geometriák importálását XYZ és egyszerű Protein Data Bank (PDB) fájlokból.