Atomix ხდება სათამაშო მოედანზე, რომელიც შედგება რამდენიმე კედლისგან, ატომებით მიმოფანტული.
მოთამაშეს ევალება ატომებიდან მოლეკულის აწყობა. ატომები უნდა იყოს მოწყობილი ისე, რომ ზუსტად ემთხვეოდეს ეკრანის მარცხენა მხარეს გამოსახულ მოლეკულას.
მოთამაშეს შეუძლია აირჩიოს ატომი და გადაიტანოს იგი ოთხივე კარდინალური მიმართულებით. გადაადგილებული ატომი სრიალებს ერთი მიმართულებით, სანამ არ მოხვდება კედელზე ან სხვა ატომზე.
თავსატეხების გადაჭრა მოითხოვს ატომების გადაადგილების სტრატეგიულ დაგეგმვას, ხოლო შემდგომ დონეზე მცირე თავისუფალი სივრცით, დასრულებული მოლეკულისთვის ადგილის პოვნაც კი შეიძლება იყოს პრობლემა. მოლეკულის აწყობის შემდეგ მოთამაშეს ეძლევა ქულა; რაც უფრო სწრაფად სრულდებოდა თავსატეხი, მით უფრო მაღალია ქულა.
თითოეული თავსატეხი უნდა დასრულდეს დროის ლიმიტში. მოთამაშის ქულის ნაწილი შეიძლება დაიხარჯოს წარუმატებელი თავსატეხის გადატვირთვაზე. მთელი თამაში შედგება მზარდი სირთულის 30 თავსატეხისგან.
გარდა ამისა, ყოველი ხუთი თავსატეხის შემდეგ, არის ბონუსის დონე, სადაც მოთამაშემ უნდა გადაიტანოს სხვადასხვა რაოდენობის სითხით სავსე ლაბორატორიული კოლბები, რათა მოაწყოს ისინი ცარიელიდან სავსეზე.