Atomix는 여러 개의 벽으로 구성된 운동장에서 진행되며 원자는 여기저기 흩어져 있습니다.
플레이어는 원자에서 분자를 조립해야 합니다. 원자는 화면 왼쪽에 표시된 분자와 정확히 일치하도록 배열되어야 합니다.
플레이어는 원자를 선택하고 네 가지 기본 방향 중 하나로 이동할 수 있습니다. 움직이는 원자는 벽이나 다른 원자에 부딪힐 때까지 한 방향으로 계속 미끄러집니다.
퍼즐을 풀려면 원자를 이동시키는 전략적 계획이 필요하며 여유 공간이 거의 없는 나중 수준에서는 완성된 분자를 위한 공간을 찾는 것조차 문제가 될 수 있습니다. 분자가 조립되면 플레이어에게 점수가 부여됩니다. 퍼즐이 빨리 완료될수록 점수가 높아집니다.
각 퍼즐은 제한 시간 내에 완료해야 합니다. 플레이어 점수의 일부를 사용하여 실패한 퍼즐을 다시 시작할 수 있습니다. 전체 게임은 점점 어려워지는 30개의 퍼즐로 구성되어 있습니다.
또한 5개의 퍼즐마다 플레이어가 다양한 양의 액체로 채워진 실험실 플라스크를 이동하여 빈 상태에서 가득 찬 상태로 정렬해야 하는 보너스 레벨이 있습니다.