Dėl pavėluoto GST mokėjimo taikomos palūkanos. Palūkanas turi mokėti kiekvienas registruotas mokesčių mokėtojas, kuris
Sumoka GST pasibaigus terminui arba
Pretenzijos, viršijančios pirkimo mokesčio kreditą (ITC) arba
Sumažina perteklinį pardavimo mokesčio įsipareigojimą.
 Palūkanos mokamos nuo kitos GST deklaracijos pateikimo termino dienos.