Pitagoro šifras yra klasikinės kriptografijos kriptosistema, senesnė už kitas sistemas, tokias kaip Cezario šifras. Ją aprašė pitagoriečiai, remdamiesi Pitagoro pradėta muzikos teorija, o Graikijos imperija plačiai naudojo Antrojo Pūnų karo metu.
Pasak Plutarcho, Romos imperija pirmenybę teikė Cezario šifrui, nes jis buvo paprastesnis nei Pitagoro šifras, taip pat dėl šio tipo šifro apribojimų dėl vilko penktos problemos, dėl kurios atsirado klaidų iššifravimo procese. nuo nukrypimo Pitagoro kableliu. Procedūros aprašymą galima rasti Plutarcho darbe, be palyginimo su Spartos scytale šifru.
Kitų istorikų teigimu, šiam šifrui reikėjo kriptologų arba raštininkų, išmanančių muzikos teoriją ir turinčių labai išsilavinusią muzikinę klausą. Ir nors tai leido jį perduoti dideliais atstumais naudojant skirtingus to meto muzikos instrumentus, vyravo kitos sistemos.
Filosofas Platonas savo dialogų fragmente nurodo Pitagoro sistemos pirmtaką, kurį naudojo atlantai. Netgi joje akivaizdi jo apibrėžimo ir naudojimo įtaka. Kadangi nėra jokių dokumentų nei apie Atlantidą, nei apie jos tikrąjį egzistavimą, šis teiginys negali būti patvirtintas.
Viduramžiais sukurtų muzikinių notacijų sistemų tobulinimas leido išplisti tokio tipo klasikiniam šifrui, be to, leido daugintis variantams. Tačiau lygiai taip pat problemos, kilusios dėl temperamento, atsirandančio dėl pitagoriško derinimo, lėmė nuolatines problemas iššifruojant, nors kriptograma buvo perduodama raštu lazdele, o ne skleidžiant garsus naudojant muzikos instrumentą. Be to, nuolatinė painiava dėl šifravimo kriterijų tuo metu, kai nebuvo sutarimų, tokių kaip tik intonacija. Tuo metu muzikinių standartų nebuvo ir tai apsunkino šifravimo metodą, nors abi šalys turėjo simetrinį raktą ir procedūrą.
Pasak kai kurių kronikų, kriptosistema buvo labai svarbi per musulmonų invaziją į Al-Andalusą, nes ji buvo naudojama svarbiems kariniams pranešimams perduoti. Kai kurie to meto metraštininkai tikina, kad dėl menkos jo sklaidos buvo daug kultūrų, kurios nežinojo apie šį šifravimo metodą, kuris buvo kriptovaliutų stiprybė.
Renesanso epochoje dėl naujų temperamentų atsiradimo kai kurie kriptogolai pirmenybę teikė Pitagoro šifrui, o ne Vigenère šifrui. Vyko gyvos diskusijos apie abiejų kriptosistemų jautrumą dažnio analizei ir kriptogramų, reikalingų bet kuriam metodui sulaužyti, skaičių. Tiesa ta, kad klasikinių pakeitimo sistemų paprastumas buvo didelis pranašumas prieš muzikos teorija pagrįstą procedūrą, kuriai reikėjo didesnės mokymosi kreivės. Kita vertus, žodinis perdavimas nebuvo pateiktas kaip pranašumas, iš tikrųjų jie galiausiai siųsdavo pranešimus naudodami rašytinę muzikinę koduotę. Kas taip pat atrodė prieštaringa, palyginti su pirminiu procedūros aprašymu pagal įvairius šaltinius.
Šiuo metu Pitagoro šifras turi tik pedagoginį susidomėjimą, yra tiriamas kaip įvadinė dalis klasikinėse kriptosistemose. Tiesa, kai kurie mokslininkai teigia, kad tuo metu, kai ji buvo apibrėžta, tai buvo savo laiku pažangi kriptosistema ir labai tvirta, palyginti su kitais šiuolaikiniais metodais. Tačiau taip pat yra daug manančių, kad jo sudėtingumas nebuvo pagrįstas, nes yra paprastesnių ir judresnių alternatyvų, kurios siūlo lygiavertį saugumą.