Bažnyčia, iš pradžių skirta Santa Maria degli Angeli, buvo įkurta Manfredi III iš Chiaramonte 1371–1383 m. ir buvo patikėta San Martino delle Scale benediktinų vienuoliams. Pasibaigus Chiaramonte valdžiai, ji pateko į karališkąją kontrolę ir nukrito.
Po 107 metų visiško apleidimo arkivyskupas Giovanni Paternò pagal karališkąją nuolaidą gavo rūpintis Bažnyčia, įpareigodamas joje išlaikyti vienuolius ir konstrukcijų atkūrimą. Jis praturtino svetainę tinkama vandens tiekimo ir paskirstymo sistema, o naudodamasis šalia esančiu šaltiniu pastatė keletą fontanų, pasodino sodus ir pasėlius. 1510 m. jis pradėjo restauravimo ir puošybos darbus, kurių pabaigoje bažnyčią paskyrė San Giovanni Battista. Šia proga jis turėjo Gagini skulptūrą šventajam, pastatytą bažnyčios viduje ir kuri tapo Palermo gyventojų, pradėjusių ten vykti piligriminės kelionės, traukos centru.
1596 m. bažnyčia ir vienuolynas buvo perduoti San Francesco mažesniems broliams, kurie nuo to laiko ten gyveno.
Prieš fasadą, nukreiptą į vakarus, yra creneled portikas su trimis šviestuvais: atitinkamai du šoniniai vieno žibinto langai su grotelėmis ir centrinis prieigai. Perėjimą riboja stulpai, ant kurių viršūnėje yra emblema su Chiaramonte atramomis, aplink fasadą išsibarstę Paternò, Aragono karūnos, Palermo miesto ir Xiabicha šeimos stulpai. Prieškambaryje su kryžminiais skliautais užfiksuotos freskos, vaizduojančios du istorinius epizodus: 1) Jėzus vijosi pirklius iš šventyklos, 2) Heliodoro ir pranciškonų šeimos medžio mirtis.
Viršutinėje dalyje su nuožulniu dvišlaičiu yra arka su įspaustu langu, kurį riboja daugiasluoksnis rėmas. Įėjimo portalą sukūrė Antonio Vanella iš 1507 m. su Paternò dedikacija ir herbu. Dabartinis interjeras yra kelių atnaujinimų rezultatas. 1753 m. dėl gaisro santvarinis stogas buvo sugriautas ir jį pakeitė statinės skliautas; 1300-ųjų triumfo arka buvo padengta tinku, o presbiterija pakeista.
1950 m. pradinė bažnyčios būklė buvo atkurta iš naujo atradus triumfo arką ir Chiaramonte apsidė; buvo pastatytas brangaus marmuro altorius, už kurio buvo pastatytas XVI amžiaus medinis choras iš Gancijos bažnyčios.
1986 m. kiti modernūs atnaujinimai pakeitė pranciškonišką bažnyčios paprastumą.