Историјата на Јужен Судан ја опфаќа историјата на територијата на денешен Јужен Судан и народите што го населуваат регионот.
Јужен Судан се отцепи од Република Судан во 2011 година. Географски, Јужен Судан воопшто не е дел од регионот на Судан (Сахел), како што е дел од Субсахарска Африка. Во модерната терминологија, сепак, вклучува делови од источносуданската савана. Неговото вклучување во „Судан“ се должи на ширењето на југ на Отоманскиот Кедиват на Египет во 19 век, и неговото последователно вклучување во махдистички Судан, англо-египетски Судан и Република Судан во текот на 1885 до 2011 година.
Јужен Судан е претежно населен со народи кои зборуваат Нило-Сахара, а малцинствата што зборуваат Нигер-Конго. Историски гледано, на сегашен Јужен Судан доминирале народи кои зборуваат централносудански, но присуството на нилотските народи може да се претпостави и од праисторијата. Од околу 14 век, по распадот на христијанските нубијски кралства Макурија и Алодија, народите на Нилот постепено доминирале во регионот.