Bone Storm toont een raster van hondenfoto's. Om elk level te voltooien, kies je een van de honden en raak je alle bijpassende tegels aan, waarbij je ze markeert met een bot. Tegels die niet gemarkeerd zijn, worden bijgewerkt en tonen een andere hond. Wanneer alle tegels gemarkeerd zijn en allemaal dezelfde hond tonen, is het level voltooid.
Updates volgen altijd dezelfde volgorde. Voltooi levels zo snel mogelijk door de volgorde te leren en de tegels in de beste volgorde te kiezen.