Galaksen er i fare. En fremmed trussel, robot på slep, ønsker å ta over teknologien som tjener til å sikre interstellar balanse og fred. Delt inn i 3 planeter, Fungal, Pluvius, Darkon, er denne teknologien beskyttet inne i Commodore-beholdere. Omega, vår helt, vil kjempe mot menneskehetens fiender. En dyktig galaktisk forsvarer, han har Commodore ved sin side, som vil støtte ham og hjelpe ham i kampene hans. Våpnene hans er blasteren bevæpnet med kvanteenergikuler og Commodore Engine, et mirakuløst romdraktforbedringssystem som, takket være energien til de galaktiske krystallene, vil gi ham kraften som er nødvendig for å transformere seg selv fra Omega til Astro, og fra Astro til Ultra, og blir dermed sterkere og sterkere. Utseendet hans vil gjennomgå endringer, men hans fryktløse hjerte vil alltid slå for galaksens skyld. Spillet utfolder seg over 15 nivåer, fem for hver planet. Omega vil kontinuerlig kollidere med fiendtlige roboter ved å delta i en massiv kamp mot tre veldig sterke sjefer, hvis nederlag vil avhenge av fremdriften til oppdraget og fremtiden til alle planetene som er truet av den truende romveseninvasjonen.