Sør-Sudans historie omfatter historien til territoriet til dagens Sør-Sudan og folkene som bor i regionen.
Sør-Sudan løsrev seg fra republikken Sudan i 2011. Geografisk er ikke Sør-Sudan en del av Sudan-regionen i det hele tatt (Sahel), og utgjør på samme måte som en del av Afrika sør for Sahara. I moderne terminologi inkluderer det imidlertid deler av den østsudanske savannen. Dens inkludering i "Sudan" skyldes utvidelsen sørover av det osmanske Khedivatet i Egypt på 1800-tallet, og dens påfølgende inkludering i Mahdist Sudan, anglo-egyptiske Sudan og Republikken Sudan i løpet av 1885 til 2011.
Sør-Sudan er for det meste bebodd av Nilo-Sahara-talende folk, med Niger-Kongo-talende minoriteter. Historisk sett var det som nå er Sør-Sudan dominert av sentralsudansktalende folk, men tilstedeværelsen av nilotiske folk kan også antas fra forhistorisk tid. Siden omkring 1300-tallet, etter sammenbruddet av de kristne nubiske kongedømmene Makuria og Alodia, kom de nilotiske folkene gradvis til å dominere regionen.