Spillet fokuserer på Junpei, en gutt hvis liv plutselig endres etter at faren meldte ham inn på en internatskole full av regler: School for Handsome Boys. Der vil han møte en rekke unge mennesker fulle av hemmeligheter. Spillet følger også Yuki, Junpeis barndomsvenn. Han studerer ikke på samme skole, men mens han gjør alt for å finne ham igjen, går han for å undersøke de skjulte årsakene som førte til at Junpei ble overført.