A história do Sudão do Sul compreende a história do território do atual Sudão do Sul e dos povos que habitam a região.
O Sudão do Sul separou-se da República do Sudão em 2011. Geograficamente, o Sudão do Sul não faz parte da região do Sudão (o Sahel), formando parte da África Subsaariana. Na terminologia moderna, inclui, no entanto, partes da Savana do Sudão Oriental. A sua inclusão no "Sudão" deve-se à expansão para sul do Quedivato Otomano do Egipto no século XIX, e à sua consequente inclusão no Sudão Mahdista, no Sudão Anglo-Egípcio e na República do Sudão durante 1885 a 2011.
O Sudão do Sul é habitado principalmente por povos de língua Nilo-Saariana, com minorias de língua Níger-Congo. Historicamente, o que hoje é o Sudão do Sul foi dominado por povos de língua central do Sudão, mas a presença de povos nilóticos também pode ser presumida desde os tempos pré-históricos. Desde cerca do século XIV, após o colapso dos reinos cristãos núbios de Makuria e Alodia, os povos nilóticos gradualmente passaram a dominar a região.