A Faculdade de Engenharia, Anantapur foi iniciada em Guindy, Madras em 1946 e mudou para Anantapur em 1948. A faculdade foi inicialmente afiliada à Universidade de Madras durante 1946-1955 e à Universidade Sri Venkateswara, Tirupathi durante 1955-1972. Em 1972, por uma Lei do Legislativo Estadual, a Universidade JNT foi estabelecida em Hyderabad e a Faculdade de Engenharia, Anantapur passou para o rebanho da JNTU. Mais tarde, no ano de 2008, por uma lei da AP Legislatura do Estado, JNTU foi trifurcado em três universidades independentes viz., JNTU, Hyderabad, JNTU, Kakinada e JNTU Anantapur. JNTU College of Engineering, Anantapur tornou-se uma faculdade constituinte da JNTUA e foi renomeada como JNTUA College of Engineering, Anantapur.