Археолошки музеј Ајдоне је археолошки музеј у Аидону, у провинцији Ена (Италија); смештена је у самостану капуцина при истоименој цркви. Свечано је отворен у лето 1984. године и у њему се налазе налази са преко тридесет година ископавања у Моргантини, поређани по хронолошким и тематским критеријумима.