Мисија Радио Марије је да евангелизује и подржава и стимулише слушаоце у њиховој вери. Радио је идеалан медиј за то јер се католички звук може чути свуда: на послу, код куће или на путу.
Радио Марија је у срцу Римокатоличке цркве. Зато је то пре свега молитвени радио. Централно место заузимају свакодневно служење Евхаристије, молитва Часова и крунице са намерама слушалаца.
Поред тога, Радио Марија жели да на сваком нивоу информише о благу Цркве, са посебном пажњом, као у Јеванђељу, за слабије у друштву: болесне, старе и усамљене. Радио Марија жели да донесе удобност и повезаност и снагу у тешким временима. По могућности у директном контакту са слушаоцима. Стога су изричито позвани да се моле, разговарају и размишљају. На тај начин слушаоци и програмери чине блиску заједницу вере која употпуњује парохијски живот.