Oyuncu, insanlık dışı deneyler yapan karanlık bir ekibin izini sürmektedir. Hikâye, oyuncunun kendini terkedilmiş bir limanda, konteynerler arasında bulmasıyla başlar. Henüz sevkiyat gerçekleşmeden önce, hedefi olan kritik koliyi ele geçirir ve limandan başarıyla ayrılır. Kolinin içinden çıkan belgeler ve malzemeler, çetenin para yönetimini üstlenen kilit bir ismin yerini açığa çıkarır.

Bir sonraki aşamada, oyuncuya özel bir yardımcı katılır. Bu yetenekli yardımcı, ikinci bölümde yer alan kilitli elektronik kapıları açmada büyük rol oynayacaktır. Ancak unutulmamalıdır ki; oyuncu, sadece kendi hayatından değil, yardımcısının güvenliğinden de sorumludur.

Oyuncu, para patronuna ulaştığında onu yakalamalı, fakat öldürmemelidir. Bu kritik görev başarıyla tamamlandığında, para patronundan alınan bilgiler doğrultusunda, oyuncu yeraltında gizlenmiş bir hapishaneye doğru yola çıkar. Fakat burası, sıradan bir hapishane değildir. İçerisi, genetikleri değiştirilmiş, son derece tehlikeli insanlarla doludur.

Oyuncunun görevi, bu ölümcül insanların arasından sağ çıkmak, elindeki beş adet bombayı stratejik noktalara yerleştirmek, laboratuvardaki bir laptopu ele geçirmek ve ardından burayı havaya uçurarak yapıyı tamamen yok etmektir.

Sonrasında büyük final zamanı gelir.

Oyuncu, çetenin merkez binasına gizlice sızar. Artık sessizlik en büyük silahtır. Silahına takılan susturucu sayesinde, düşman askerlerini uzaktan, tek bir atışla etkisiz hale getirmek zorundadır. Eğer alarm çalarsa, tüm üs ayağa kalkar, askerler oyuncuya saldırır ve çete lideri ekibiyle birlikte helikopterle kaçmaya çalışır. Bu gibi bir durumda, oyuncunun tek şansı, havalanmak üzere olan helikopteri füzeyle vurarak kaçışlarını engellemektir.

Başarı, sadece dikkat, hız ve soğukkanlılıkla mümkündür.