หลังจากได้รับการคุ้มกันภัยจากโลกมนุษย์หลายปี พี่น้องเต่านินจาออกมาพิชิตใจชาวนิวยอร์กและได้รับการยอมรับว่าเป็นวัยรุ่นปกติผ่านการกระทำอันกล้าหาญ เอพริล โอนีล เพื่อนใหม่ช่วยเหลือพวกเขาจัดการองค์กรอาชญากรรมปริศนา แต่ไม่นานพวกเขาเข้าไปเกี่ยวพันกับสถานการณ์ยุ่งยากเมื่อมีการปล่อยตัวเหล่าสิ่งมีชีวิตกลายพันธุ์มากมายออกมาจัดการพวกเขา