मनुष्यों की दुनिया में वर्षों तक आश्रय पाने के बाद, कछुआ भाइयों ने अपने बहादुरी के कामों के जरिए न्यूयॉर्क के लोगों का दिल जीतने और साधारण किशोरों के रूप में स्वीकार किए जाने का लक्ष्य निर्धारित किया। उनका नया दोस्त एप्रिल ओ'नील एक रहस्यमय अपराध सिंडिकेट से निपटने में उनकी मदद करता है, लेकिन जब म्युटेंट लोगों की एक सेना उन पर हमला कर देती है तो वे जल्दी ही उनके दिमाग पर हावी हो जाते हैं।