Etter å ha vært skjermet fra mennesker i årevis, bestemmer Turtle-brødrene seg for å vinne New Yorks hjerter og bli akseptert som normale tenåringer med heltemodige handlinger. Deres nye venninne April O'Neil hjelper dem med å ta opp kampen mot et mystisk forbrytersyndikat, men de innser snart at de har tatt seg vann over hodet når en hær av mutanter slippes løs på dem.